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万見
- PDB-2zc5: Penicillin-binding protein 1A (PBP 1A) acyl-enzyme complex (biape... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zc5
タイトルPenicillin-binding protein 1A (PBP 1A) acyl-enzyme complex (biapenem) from Streptococcus pneumoniae
要素(Penicillin-binding protein 1A) x 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / PENICILLIN-BINDING / ANTIBIOTICS / BIAPENEM / Antibiotic resistance / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Multifunctional enzyme / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily ...Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMG / Penicillin-binding protein 1A / PBP1A family penicillin-binding protein / Penicillin-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yamada, M. / Watanabe, T. / Takeuchi, Y.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Biapenem and Tebipenem Complexed with Penicillin-Binding Proteins 2X and 1A from Streptococcus pneumoniae
著者: Yamada, M. / Watanabe, T. / Baba, N. / Takeuchi, Y. / Ohsawa, F. / Gomi, S.
履歴
登録2007年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1A
B: Penicillin-binding protein 1A
C: Penicillin-binding protein 1A
D: Penicillin-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,64014
ポリマ－92,4124
非ポリマー1,22810
水1086
1
A: Penicillin-binding protein 1A
B: Penicillin-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8207
ポリマ－46,2062
非ポリマー6145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-82.3 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
2
C: Penicillin-binding protein 1A
D: Penicillin-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8207
ポリマ－46,2062
非ポリマー6145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-85.2 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.704, 50.665, 110.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Penicillin-binding protein 1A / PBP-1A / Exported protein 2


分子量: 2639.935 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-70 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Transglycosylase domain
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbpA, exp2 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DR59, UniProt: Q04707*PLUS
#2: タンパク質 Penicillin-binding protein 1A


分子量: 43565.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 264-653 / Mutation: R545Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Transpeptidase domain
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbp1a / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q549Y6, UniProt: Q04707*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BMG / (4R,5S)-3-(6,7-dihydro-5H-pyrazolo[1,2-a][1,2,4]triazol-4-ium-6-ylsulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-meth yl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylate / (4R,5S)-3-(6,7-dihydro-5H-pyrazolo[1,2-a][1,2,4]triazol-4-ium-6-ylthio)-5-((2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl)-4- methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylate


分子量: 352.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N4O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.004-0.006M zinc sulfate, 0.05M MES, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日
詳細: Rotated-inclined double-crystal monochromator, rhodium-coated horizontal mirror
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→29.95 Å / Num. obs: 19127 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 50.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
BSSデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZC6

2zc6


解像度: 3→29.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 21.096 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 977 5.1 %RANDOM
Rwork0.22158 ---
obs0.2244 18139 88.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.74 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6300 0 56 6 6362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.011.9488861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4075796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73825.175315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.506151016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3051.54043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55326391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.46132853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8394.52470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 81 -
Rwork0.316 1322 -
obs--91.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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