[日本語] English
万見
- PDB-4dzh: Crystal structure of an adenosine deaminase from xanthomonas camp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzh
タイトルCrystal structure of an adenosine deaminase from xanthomonas campestris (target nysgrc-200456) with bound zn
要素AMIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase / Adenosine deaminase / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / TIM-barrel structural fold. PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-methylthioadenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Amidohydrolase-related domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.552 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an adenosine deaminase from xanthomonas campestris (target nysgrc-200456) with bound zn
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W. ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8928
ポリマ－51,4871
非ポリマー4057
水4,450247
1
A: AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,78416
ポリマ－102,9752
非ポリマー80914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7770 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area28080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.645, 53.150, 67.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

21A-611-

HOH

詳細biological unit is a dimer

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AMIDOHYDROLASE


分子量: 51487.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / 遺伝子: XCC2270 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8P8H1

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (1.0 M Succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1% Peg MME 2000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol + ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (1.0 M Succinic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1% Peg MME 2000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol + 10 mM ZnCl, 10 mM Inosine), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 65349 / Num. obs: 65349 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6504 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3LNP

3lnp


解像度: 1.552→17.968 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.7964 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 3314 5.07 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
all0.2095 65346 --
obs0.2095 65346 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.813 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.79 Å2 / Biso mean: 26.2804 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3974 Å20 Å25.0132 Å2
2---0.2672 Å2-0 Å2
3----0.1302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.552→17.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 20 247 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0243519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5084834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1081258
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5517-1.57380.36791050.31622476258195
1.5738-1.59730.34181610.315325912752100
1.5973-1.62230.32881300.29825602690100
1.6223-1.64880.29311290.28125912720100
1.6488-1.67720.34181400.275626092749100
1.6772-1.70770.3041230.270225972720100
1.7077-1.74050.27931420.256725512693100
1.7405-1.7760.311590.260825632722100
1.776-1.81460.29441290.258325882717100
1.8146-1.85680.31611380.249826102748100
1.8568-1.90320.27851540.249325792733100
1.9032-1.95460.25481320.239325852717100
1.9546-2.0120.28281450.238225762721100
2.012-2.07690.27391370.231525642701100
2.0769-2.1510.24321500.224125952745100
2.151-2.23690.25321380.21426082746100
2.2369-2.33850.2511320.212626072739100
2.3385-2.46150.24461420.201525982740100
2.4615-2.61530.22211440.208725772721100
2.6153-2.81660.25241370.206526362773100
2.8166-3.09870.20391440.200125872731100
3.0987-3.54410.20551310.176726532784100
3.5441-4.45390.16451390.15722618275799
4.4539-17.96920.18141330.17572513264693
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3874-0.589-0.45510.4187-0.22581.1547-0.16050.19870.0285-0.0446-0.04270.02220.2498-0.28490.05780.121-0.1069-0.00250.1798-0.0831-0.0297-2.863621.768218.1936
21.5723-0.0499-0.46950.47130.20660.5382-0.10470.23220.5468-0.02340.2712-0.27910.14880.11590.0182-0.0263-0.15050.08-0.14750.13040.06624.846732.775121.304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 9:112)A9 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 113:447)A113 - 447

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る