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- PDB-4dyk: Crystal structure of an adenosine deaminase from pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dyk
タイトルCrystal structure of an adenosine deaminase from pseudomonas aeruginosa pao1 (target nysgrc-200449) with bound zn
要素AMIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase / Adenosine deaminase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-methylthioadenosine deaminase activity / adenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amidohydrolase-related domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an adenosine deaminase from pseudomonas aeruginosa pao1 (target nysgrc-200449) with bound zn
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W. ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMIDOHYDROLASE
B: AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2889
ポリマ－98,8322
非ポリマー4567
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.906, 98.776, 119.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 AMIDOHYDROLASE


分子量: 49416.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3170 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZ64
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol); Reservoir (0.2 M MgCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% Peg3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol); Reservoir (0.2 M MgCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% Peg3350); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 59764 / Num. obs: 59764 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.576 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.034.70.75328921.212198.9
2.03-2.074.80.67729621.257199.2
2.07-2.114.80.53629011.201198.8
2.11-2.154.80.50629461.22199.7
2.15-2.24.90.43129621.246199.3
2.2-2.254.90.35429561.277199.9
2.25-2.3150.30629651.248199.6
2.31-2.375.10.2529531.251199.8
2.37-2.445.10.22629591.263199.9
2.44-2.525.20.18629921.272199.9
2.52-2.615.20.14629861.253199.9
2.61-2.715.30.12329681.2951100
2.71-2.845.40.11129821.4991100
2.84-2.995.40.10430111.828199.9
2.99-3.175.50.0929962.245199.8
3.17-3.425.50.07330102.519199.7
3.42-3.765.50.06230162.844199.9
3.76-4.315.70.04430532.127199.9
4.31-5.435.70.03230771.6199.9
5.43-505.30.02531771.293198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3LNP

3lnp


解像度: 2→31.748 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8405 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 1870 3.35 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
all0.1774 55862 --
obs0.1774 55862 93.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.771 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 124.24 Å2 / Biso mean: 45.3523 Å2 / Biso min: 18.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.147 Å20 Å20 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3---5.937 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6704 0 22 309 7035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1039375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1992504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9988-2.05290.35391240.27693485360979
2.0529-2.11320.32121360.24893755389186
2.1132-2.18140.27681360.22823838397487
2.1814-2.25940.24071390.20583954409390
2.2594-2.34980.24151360.18894073420992
2.3498-2.45670.2311410.19414082422392
2.4567-2.58620.25091470.19124177432494
2.5862-2.74810.23021420.18754276441896
2.7481-2.96020.25661470.19534322446997
2.9602-3.25780.23821490.19264367451698
3.2578-3.72860.20681550.16694465462099
3.7286-4.69520.18921560.134845314687100
4.6952-31.75250.19461620.16084667482999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9804-0.0068-0.1340.4747-0.40970.58330.0475-0.0455-0.228-0.02550.0258-0.3020.02460.2472-0.00090.2332-0.0433-0.03720.2795-0.01310.288741.664652.403164.8788
20.2470.08860.03740.2539-0.03770.0303-0.0279-0.1717-0.56860.00470.0556-0.29170.13630.14880.18810.31210.0772-0.15160.24130.21920.61441.344134.932574.1856
30.10570.0179-0.10430.19030.04150.1340.0461-0.2345-0.03280.17640.088-0.1195-0.05040.07380.020.3056-0.0372-0.09030.31880.08190.258934.41754.81579.8847
40.2754-0.15770.02080.11170.01840.04590.06490.12850.1514-0.077-0.0011-0.0131-0.1141-0.14690.02990.2837-0.0527-0.02660.29040.07360.155931.763359.291861.0501
50.077-0.02150.04220.22990.01640.04880.08310.1526-0.0444-0.17110.11060.34440.1033-0.45760.02750.3174-0.0376-0.17950.4930.10.35182.830855.362853.6241
60.17190.0894-0.05710.17780.03070.12810.0544-0.2532-0.06540.1220.04210.2997-0.089-0.1185-0.00030.35220.00460.03260.42020.12350.31686.936759.578387.0345
70.47280.65590.08551.00190.50731.7583-0.1344-0.2403-0.12330.3361-0.12440.43060.1153-0.4809-1.22030.2631-0.14660.17560.45050.38520.5578-2.712144.434388.5013
80.8477-0.0613-0.13510.25180.0190.42060.03780.0578-0.12790.00350.03770.2479-0.0232-0.18950.00090.2369-0.0557-0.06370.24810.1150.293810.839250.294771.3423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 6:200)A6 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 201:318)A201 - 318
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 319:389)A319 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 390:442)A390 - 442
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 6:74)B6 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 75:166)B75 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 167:263)B167 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 264:442)B264 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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