ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0253精密化 xia2データスケーリング PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 DIALSデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 6SJ0解像度 : 1.17→83.18 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.979 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.974 / SU B : 1.313 / SU ML : 0.025 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.034 / ESU R Free : 0.033 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1562 15218 5 % RANDOM Rwork 0.136 - - - obs 0.137 290813 94.14 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.7 Å / 減衰半径 : 0.7 Å / VDWプローブ半径 : 1 Å原子変位パラメータ Biso max : 176.97 Å2 / Biso mean : 15.305 Å2 / Biso min : 6.97 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.13 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.37 Å2 0 Å2 3- - - 0.24 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.17→83.18 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7539 0 50 1061 8650 Biso mean - - 27.76 28.13 - 残基数 - - - - 997
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.013 7879 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 7406 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.498 1.641 10699 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.538 1.575 17005 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.476 5 1033 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg29.161 19.757 452 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.362 15 1266 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg16.903 15 96 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.081 0.2 1006 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 9196 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1812 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.045 3 15285
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 15997 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.07 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 1.17→1.2 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.286 777 - Rwork 0.27 14365 - all - 15142 - obs - - 63.46 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.2715 -0.0339 0.0694 0.3147 -0.0683 0.2651 -0.0183 -0.0662 -0.0047 0.0652 0.0238 0.0255 -0.006 -0.0024 -0.0055 0.0149 0.0114 0.0053 0.0386 0.002 0.0021 -0.0768 23.8794 27.8243 2 0.2542 -0.0723 0.0094 0.21 -0.0426 0.1451 0.0055 0.0544 0.0176 -0.0451 -0.0023 0.0191 0.0176 0.0013 -0.0032 0.0113 -0.001 -0.0052 0.0322 0.0052 0.0043 -4.4247 38.6681 -4.0848
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 701 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B-8 - 801