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- PDB-6siy: PaaK family AMP-ligase with AMP and substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6siy
タイトルPaaK family AMP-ligase with AMP and substrate
要素AMP-dependent synthetase and ligase
キーワードLIGASE / PaaK like ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / AMP-dependent synthetase and ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Song, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: The Biosynthesis of the Benzoxazole in Nataxazole Proceeds via an Unstable Ester and has Synthetic Utility.
著者: Song, H. / Rao, C. / Deng, Z. / Yu, Y. / Naismith, J.H.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-dependent synthetase and ligase
B: AMP-dependent synthetase and ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,61320
ポリマ－96,5792
非ポリマー2,03318
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.373, 138.584, 130.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-670-

HOH

21B-691-

HOH

31B-697-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 435 / Label seq-ID: 4 - 435

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AMP-dependent synthetase and ligase / Coenzyme F390 synthetase


分子量: 48289.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Tu 6176 (バクテリア)
遺伝子: natL2, CF54_07380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A022MRT4

-
非ポリマー , 7種, 187分子

#2: 化合物
ChemComp-3HA / 3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / 2-AMINO-3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシアントラニル酸


分子量: 153.135 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M KSCN, 0.1 M sodium citrate pH 6.0, 30% PEG MME 2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→69.29 Å / Num. obs: 70886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3771 / CC1/2: 0.51 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SIW

6siw


解像度: 1.95→69.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 12.155 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 3684 5.2 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1883 67170 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.52 Å2 / Biso mean: 59.112 Å2 / Biso min: 31.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→69.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6773 0 129 169 7071
Biso mean--67.44 52.98 -
残基数----869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0137107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.6689690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.57315138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.5919.695394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.996151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0011579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021627
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13238 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 266 -
Rwork0.384 4859 -
all-5125 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5516-0.34060.37190.7962-0.03432.26630.1015-0.3386-0.31870.06150.09810.19380.4479-0.3551-0.19960.104-0.1045-0.05660.26730.19480.1843-31.3817-23.9939-13.5052
21.3641-0.23860.42140.9624-0.13871.9049-0.04270.1836-0.0478-0.35280.01460.0615-0.0660.00720.02810.1689-0.0477-0.0410.15060.02830.024-25.8598-8.8838-42.6289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 1301
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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