PDB-6wuq: Crystal structure of AjiA1 in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wuq

タイトル

Crystal structure of AjiA1 in apo form

要素

AjiA1

キーワード

LIGASE / ATP-dependent Ligase

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.003 Å

データ登録者

Paiva, F.C.R. / Chan, K. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of AjiA1 reveals a novel structural motion mechanism in the adenylate-forming enzyme family
著者: Paiva, F.C.R. / Chan, K. / Samborskyy, M. / Silber, A.M. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.

履歴

登録	2020年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wuq.cif.gz	350.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wuq.ent.gz	285.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wuq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wuq_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wuq_full_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示
XML形式データ	6wuq_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	6wuq_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wuq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wuq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y27S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tm4-d 5uld-2 6okz-1 6siy-d 2y4n-d 5ul9-2 6siz-d 6p3q-d 5ule-1 6siw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AjiA1

B: AjiA1

ヘテロ分子

96.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.777, 128.777, 101.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	AjiA1 分子量: 48341.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35% PEG 300, 100 mM Potassium Citrate Phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976195 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976195 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.87 Å / Num. obs: 65461 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.2 % / B_iso Wilson estimate: 46.82 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 24.4 / Num. measured all: 1320343

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2-2.05	20.7	2.573	92631	4483	0.688	0.576	2.637	1.7	97.9
9.18-48.87	16.8	0.027	12726	757	1	0.007	0.028	95.6	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2y27

2y27

解像度: 2.003→33.816 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	3205	4.9 %
R_work	0.1879	-	-
obs	0.1898	65401	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.65 Å² / B_iso mean: 63.5695 Å² / B_iso min: 35.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.003→33.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6693	0	4	152	6849
B_iso mean	-	-	53.38	58.01	-
残基数	-	-	-	-	859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6879
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.924	9385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.947	4148

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0026-2.0325	0.3892	133	0.3501	2564	2697	97
2.0325-2.0643	0.3879	118	0.3132	2708	2826	100
2.0643-2.0981	0.3454	135	0.2934	2678	2813	100
2.0981-2.1343	0.3174	128	0.2745	2682	2810	100
2.1343-2.1731	0.333	130	0.2584	2691	2821	100
2.1731-2.2149	0.2733	134	0.2443	2723	2857	100
2.2149-2.2601	0.3236	144	0.2328	2656	2800	100
2.2601-2.3092	0.2514	141	0.2262	2727	2868	100
2.3092-2.3629	0.2558	133	0.2154	2657	2790	100
2.3629-2.422	0.2119	143	0.2127	2699	2842	100
2.422-2.4875	0.2496	174	0.2055	2655	2829	100
2.4875-2.5606	0.2751	124	0.2103	2721	2845	100
2.5606-2.6433	0.2393	125	0.2117	2709	2834	100
2.6433-2.7377	0.267	137	0.2052	2692	2829	100
2.7377-2.8473	0.2866	141	0.2147	2687	2828	100
2.8473-2.9768	0.2766	130	0.2225	2735	2865	100
2.9768-3.1336	0.264	153	0.2313	2683	2836	100
3.1336-3.3298	0.2682	156	0.2113	2702	2858	100
3.3298-3.5866	0.2211	140	0.1978	2729	2869	100
3.5866-3.947	0.201	146	0.1712	2706	2852	100
3.947-4.517	0.1758	167	0.1452	2718	2885	100
4.517-5.6866	0.1828	136	0.1533	2795	2931	100
5.6866-33.8211	0.1929	137	0.161	2879	3016	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 51.1809 Å / Origin y: 12.875 Å / Origin z: 12.2218 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4991 Å²	0.0702 Å²	-0.0572 Å²	-	0.3406 Å²	0.0058 Å²	-	-	0.3751 Å²
L	0.6347 °²	-0.321 °²	0.0987 °²	-	0.8478 °²	0.0451 °²	-	-	0.3141 °²
S	0.0986 Å °	0.1359 Å °	-0.0412 Å °	-0.1447 Å °	-0.0974 Å °	0.1389 Å °	0.0636 Å °	0.0192 Å °	0.002 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 432
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	4 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 4
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)