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万見
- PDB-2zc4: Penicillin-binding protein 2X (PBP 2X) acyl-enzyme complex (tebip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zc4
タイトルPenicillin-binding protein 2X (PBP 2X) acyl-enzyme complex (tebipenem) from Streptococcus pneumoniae
要素(Penicillin-binding protein ...) x 3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / PENICILLIN-BINDING / ANTIBIOTICS / TEBIPENEM / Antibiotic resistance / Cell cycle / Cell division / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Membrane / Secreted / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2110 / : / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain ...Alpha-Beta Plaits - #2110 / : / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TEB / Penicillin-binding protein 2x / Penicillin-binding protein 2X
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yamada, M. / Watanabe, T. / Takeuchi, Y.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Biapenem and Tebipenem Complexed with Penicillin-Binding Proteins 2X and 1A from Streptococcus pneumoniae
著者: Yamada, M. / Watanabe, T. / Baba, N. / Takeuchi, Y. / Ohsawa, F. / Gomi, S.
履歴
登録2007年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2X
B: Penicillin-binding protein 2X
C: Penicillin-binding protein 2X
D: Penicillin-binding protein 2X
E: Penicillin-binding protein 2X
F: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2299
ポリマ－148,3626
非ポリマー8673
水59433
1
A: Penicillin-binding protein 2X
B: Penicillin-binding protein 2X
C: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5674
ポリマ－74,1813
非ポリマー3861
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Penicillin-binding protein 2X
E: Penicillin-binding protein 2X
F: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6635
ポリマ－74,1813
非ポリマー4822
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Penicillin-binding protein 2X
B: Penicillin-binding protein 2X
C: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子

D: Penicillin-binding protein 2X
E: Penicillin-binding protein 2X
F: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2299
ポリマ－148,3626
非ポリマー8673
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-67.6 kcal/mol
Surface area53970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.305, 172.063, 88.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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Penicillin-binding protein ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2X / PBP-2X / PBP2X


分子量: 18473.584 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 71-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal domain
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59676, UniProt: P14677*PLUS
#2: タンパク質 Penicillin-binding protein 2X / PBP-2X / PBP2X


分子量: 42000.016 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 241-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Transpeptidase domain
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59676, UniProt: P14677*PLUS
#3: タンパク質 Penicillin-binding protein 2X / PBP-2X / PBP2X


分子量: 13707.433 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 626-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pbpX / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59676, UniProt: P14677*PLUS

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非ポリマー , 3種, 36分子

#4: 化合物 ChemComp-TEB / (4R,5S)-3-(1-(4,5-dihydrothiazol-2-yl)azetidin-3-ylthio)-5-((2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl)-4-methyl-4,5- dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Tebipenem (open form)


分子量: 385.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23N3O4S2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10-25% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
詳細: A fixed exit SI double crystal monochromator followed bystandard double crystal monochromator and RH-coated downward-deflection mirror with a typical glancing angle of 3.7MRAD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.69 Å / Num. obs: 41099 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 67.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
BSSデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z2L

2z2l


解像度: 2.8→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 15.814 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27438 2059 5 %RANDOM
Rwork0.22497 ---
obs0.22743 39009 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---3.06 Å20 Å2
3---1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9698 0 55 33 9786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.96813444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49951256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55225.835437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.713151710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6531536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.24508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.26874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.431.56414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.772210111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65933921
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1284.53329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 164 -
Rwork0.296 2792 -
obs--98.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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