PDB-6ni4: Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 277 K G150T mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ni4

タイトル

Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase at 277 K G150T mutant

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / ThiJ/PfpI / DJ-1 superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Wilson, M.A. / Dasgupta, M. / van den Bedem, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mix-and-inject XFEL crystallography reveals gated conformational dynamics during enzyme catalysis.
著者: Dasgupta, M. / Budday, D. / de Oliveira, S.H.P. / Madzelan, P. / Marchany-Rivera, D. / Seravalli, J. / Hayes, B. / Sierra, R.G. / Boutet, S. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Batyuk, A. / ...

履歴

登録	2018年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ni4.cif.gz	152.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ni4.ent.gz	122.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ni4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/6ni4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ni5C 6ni6C 6ni7C 6ni9C 6niaC 6npqC 6undC 6unfC 3nonS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lav-1 6und-d 7lb9-1 7la3-d 7ldo-1 7ldm-1 6npq-d 6unf-d 7ldb-d 7la0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isonitrile hydratase InhA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.110, 59.744, 56.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-345- HOH
2	1	A-443- HOH

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 25% PEG 3350, 200 mM magnesium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.6, 2 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月15日 / 詳細: Rh coated flat bent mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→35.5 Å / Num. obs: 84284 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8284 / CC_1/2: 0.715 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.59 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NON

3non

解像度: 1.1→35.144 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 11.03

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1283	4186	4.97 %	RANDOM
R_work	0.1098	-	-	-
obs	0.1108	84275	97.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→35.144 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1673	0	0	149	1822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1922
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.376	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.156	716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1001-1.1126	0.2294	115	0.2332	2542	X-RAY DIFFRACTION	93
1.1126-1.1257	0.2343	140	0.208	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1257-1.1395	0.1905	133	0.1815	2681	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1395-1.1539	0.1729	145	0.169	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1539-1.1691	0.1685	146	0.1509	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1691-1.1851	0.1544	138	0.1411	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
1.1851-1.202	0.1618	136	0.1338	2716	X-RAY DIFFRACTION	98
1.202-1.22	0.165	113	0.1238	2718	X-RAY DIFFRACTION	97
1.22-1.239	0.1454	139	0.1182	2641	X-RAY DIFFRACTION	98
1.239-1.2593	0.1506	144	0.111	2657	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2593-1.2811	0.1241	139	0.1025	2643	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2811-1.3044	0.1392	143	0.0998	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3044-1.3294	0.0999	125	0.0917	2674	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3294-1.3566	0.1132	147	0.087	2643	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3566-1.3861	0.112	139	0.0845	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3861-1.4183	0.1123	150	0.0809	2693	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4183-1.4538	0.1071	118	0.0753	2648	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4538-1.4931	0.0957	123	0.0732	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4931-1.537	0.1063	155	0.0728	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
1.537-1.5867	0.096	124	0.0767	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5867-1.6434	0.1052	152	0.0765	2648	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6434-1.7092	0.0969	158	0.0834	2656	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7092-1.7869	0.1061	155	0.0857	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7869-1.8811	0.1092	163	0.0864	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8811-1.999	0.1181	121	0.0901	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
1.999-2.1533	0.109	154	0.0926	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1533-2.37	0.1191	146	0.0996	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.7128	0.1246	133	0.1177	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7128-3.4174	0.1344	140	0.1406	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4174-35.1614	0.1525	152	0.1234	2611	X-RAY DIFFRACTION	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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