PDB-7la0: Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-2) at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7la0

タイトル

Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-2) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / DJ-1/PfpI superfamily

機能・相同性

: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7la0.cif.gz	220.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7la0.ent.gz	174.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7la0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9sC 7l9wC 7l9zC 7la3C 7lavC 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7la3-d 7ldb-d 6ni4-1 4nfg-d 6foq-2 6npq-d 7lb9-1 4ylk-d 2az4-1 1wam-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.155, 57.870, 68.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.744, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 23% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL PH 8.6, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 2 MM DITHIOTHREITOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→39 Å / Num. obs: 109380 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5115 / CC_1/2: 0.317 / R_rim(I) all: 1.851 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NI5

6ni5

解像度: 1.25→38.999 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / SU B: 1.973 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1524	3309	3.06 %	random
R_work	0.1237	104818	-	-
all	0.125	-	-	-
obs	-	108127	94.281 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.185 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.159 Å²	0 Å²	0.09 Å²
2-	-	-0.288 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.275 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	0	334	3708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.642	6303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.442	1.573	10000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.531	20.656	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.782	15	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.875	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.366	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.512	1.575	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.498	1.572	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.919	2.366	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.922	2.368	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.217	1.997	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.217	1.999	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.78	2.856	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.779	2.858	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.302	19.952	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.109	19.534	4824
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.606	3	8884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.282	0.318	237	0.331	6800	X-RAY DIFFRACTION	83.3965
1.282-1.317	0.338	227	0.309	7324	X-RAY DIFFRACTION	91.7274
1.317-1.356	0.271	206	0.273	7337	X-RAY DIFFRACTION	94.1815
1.356-1.397	0.265	208	0.23	7227	X-RAY DIFFRACTION	95.5656
1.397-1.443	0.231	239	0.205	6983	X-RAY DIFFRACTION	95.9097
1.443-1.494	0.193	204	0.161	6779	X-RAY DIFFRACTION	95.8282
1.494-1.55	0.162	194	0.135	6384	X-RAY DIFFRACTION	93.12
1.55-1.613	0.166	194	0.112	5994	X-RAY DIFFRACTION	91.3628
1.613-1.685	0.142	188	0.102	6166	X-RAY DIFFRACTION	97.4092
1.685-1.767	0.132	187	0.094	5873	X-RAY DIFFRACTION	97.6317
1.767-1.863	0.134	194	0.089	5595	X-RAY DIFFRACTION	97.3923
1.863-1.976	0.139	162	0.088	5275	X-RAY DIFFRACTION	97.0893
1.976-2.112	0.108	179	0.085	4878	X-RAY DIFFRACTION	96.0494
2.112-2.281	0.127	120	0.089	4266	X-RAY DIFFRACTION	89.1645
2.281-2.498	0.123	157	0.087	4304	X-RAY DIFFRACTION	98.4768
2.498-2.793	0.117	129	0.102	3896	X-RAY DIFFRACTION	98.2186
2.793-3.224	0.152	89	0.12	3458	X-RAY DIFFRACTION	97.4718
3.224-3.946	0.117	77	0.105	2867	X-RAY DIFFRACTION	95.8958
3.946-5.569	0.145	75	0.117	2116	X-RAY DIFFRACTION	91.2157
5.569-38.999	0.172	43	0.152	1296	X-RAY DIFFRACTION	97.311

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関連情報:EMDBヘッダ

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