PDB-7l9q: Wild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-1) at ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l9q

タイトル

Wild-type Pseudomonas fluorescens isocyanide hydratase (WT-1) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / isocyanide / isonitrile / DJ-1/PfpI superfamily / diffuse scattering

機能・相同性

: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.149 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l9q.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l9q.ent.gz	161.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l9q_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l9q_full_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示
XML形式データ	7l9q_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	7l9q_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9sC 7l9wC 7l9zC 7la0C 7la3C 7lavC 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lcx-d 7lbh-d 7la3-d 7ld6-d 7l9w-d 3noq-d 7ldb-d 6ni7-d 6ni6-d 6ni8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.305, 58.188, 69.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.808, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24180.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K977, EC: 4.2.1.103

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 23% PEG3350, 100 mM Tris-HCl, pH 8.6, 200 mM magnesium chloride, 2 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日詳細: FLAT SI RH COATED M0, KIRKPATRICK-BAEZ FLAT BENT SI M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.149→39.142 Å / Num. obs: 138486 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.149→1.17 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6553 / CC_1/2: 0.483 / R_rim(I) all: 1.28 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6NI6

6ni6

解像度: 1.149→39.142 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 1.12 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.144	4137	2.988 %	random
R_work	0.1209	134320	-	-
all	0.122	-	-	-
obs	-	138457	93.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.024 Å²	0 Å²	0.107 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.055 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.149→39.142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3368	0	0	363	3731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.639	5719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.491	1.572	9128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.105	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.628	21.075	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.889	15	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.836	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.081	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.176	1.45	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.168	1.448	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2.184	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.523	2.186	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.774	1.848	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.774	1.849	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.256	2.642	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.256	2.643	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.811	18.685	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.592	18.223	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.296	3	8098

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.149-1.179	0.248	281	0.249	9500	X-RAY DIFFRACTION	89.586
1.179-1.212	0.237	271	0.229	8971	X-RAY DIFFRACTION	86.5842
1.212-1.247	0.242	305	0.212	9479	X-RAY DIFFRACTION	94.6778
1.247-1.285	0.195	285	0.189	9294	X-RAY DIFFRACTION	94.6729
1.285-1.327	0.181	283	0.171	8953	X-RAY DIFFRACTION	94.573
1.327-1.374	0.168	276	0.147	8636	X-RAY DIFFRACTION	94.6876
1.374-1.426	0.147	247	0.121	8346	X-RAY DIFFRACTION	93.892
1.426-1.484	0.145	234	0.11	7473	X-RAY DIFFRACTION	87.8391
1.484-1.55	0.122	266	0.094	7544	X-RAY DIFFRACTION	92.6783
1.55-1.625	0.117	231	0.088	7521	X-RAY DIFFRACTION	96.5741
1.625-1.713	0.118	171	0.083	7257	X-RAY DIFFRACTION	96.6181
1.713-1.817	0.102	205	0.086	6786	X-RAY DIFFRACTION	96.0698
1.817-1.942	0.111	188	0.088	6295	X-RAY DIFFRACTION	95.1703
1.942-2.098	0.118	163	0.092	5492	X-RAY DIFFRACTION	89.0131
2.098-2.298	0.121	211	0.1	5334	X-RAY DIFFRACTION	94.4473
2.298-2.569	0.117	155	0.105	5013	X-RAY DIFFRACTION	97.7677
2.569-2.965	0.183	131	0.124	4407	X-RAY DIFFRACTION	96.656
2.965-3.63	0.145	102	0.125	3648	X-RAY DIFFRACTION	93.7734
3.63-5.125	0.132	63	0.118	2711	X-RAY DIFFRACTION	89.3686
5.125-39.142	0.171	69	0.158	1661	X-RAY DIFFRACTION	98.4633

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