PDB-7l9z: Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-1) at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l9z

タイトル

Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-1) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / DJ-1/PfpI superfamily

機能・相同性

: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l9z.cif.gz	219.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l9z.ent.gz	174.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l9z_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l9z_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	7l9z_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	7l9z_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/7l9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9sC 7l9wC 7la0C 7la3C 7lavC 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lbi-d 7ld6-d 7l9s-d 7lbh-d 5o8e-d 6b4h-1 6foq-4 3clw-5 3qsq-1 6ni6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.249, 58.133, 69.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.782, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 23% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL PH 8.6, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 2 MM DITHIOTHREITOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→39.11 Å / Num. obs: 100703 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 4869 / CC_1/2: 0.405 / R_rim(I) all: 1.259 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NI5

6ni5

解像度: 1.3→39.109 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / SU B: 1.867 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1463	3076	3.058 %	random
R_work	0.1191	97521	-	-
all	0.12	-	-	-
obs	-	100597	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.397 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.025 Å²	0 Å²	0.231 Å²
2-	-	-0.265 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	0	334	3708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.642	6270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.426	1.573	9944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.303	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.57	20.705	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.801	15	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.818	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.42	1.708	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.416	1.706	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.841	2.567	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.842	2.569	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.065	2.126	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.065	2.128	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.579	3.051	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.579	3.053	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.122	21.268	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.95	20.867	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.4	3	8836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.31	206	0.298	7138	X-RAY DIFFRACTION	96.7716
1.334-1.37	0.305	206	0.261	7000	X-RAY DIFFRACTION	98.161
1.37-1.41	0.255	223	0.226	6889	X-RAY DIFFRACTION	98.6134
1.41-1.453	0.234	216	0.2	6628	X-RAY DIFFRACTION	98.7163
1.453-1.501	0.185	201	0.159	6476	X-RAY DIFFRACTION	98.3793
1.501-1.554	0.166	189	0.132	6041	X-RAY DIFFRACTION	95.6402
1.554-1.612	0.149	188	0.113	5955	X-RAY DIFFRACTION	97.477
1.612-1.678	0.139	175	0.096	5833	X-RAY DIFFRACTION	98.946
1.678-1.753	0.131	185	0.086	5594	X-RAY DIFFRACTION	99.1252
1.753-1.838	0.132	186	0.09	5331	X-RAY DIFFRACTION	99.1553
1.838-1.937	0.142	152	0.087	5115	X-RAY DIFFRACTION	98.6699
1.937-2.055	0.115	174	0.083	4747	X-RAY DIFFRACTION	98.1452
2.055-2.197	0.131	152	0.095	4390	X-RAY DIFFRACTION	96.2492
2.197-2.372	0.115	133	0.092	4107	X-RAY DIFFRACTION	96.4294
2.372-2.598	0.117	134	0.099	3881	X-RAY DIFFRACTION	98.8186
2.598-2.904	0.15	102	0.118	3523	X-RAY DIFFRACTION	98.5322
2.904-3.353	0.138	85	0.127	3101	X-RAY DIFFRACTION	98.0308
3.353-4.103	0.129	61	0.109	2622	X-RAY DIFFRACTION	96.5803
4.103-5.791	0.137	71	0.117	1971	X-RAY DIFFRACTION	94.9326
5.791-39.109	0.157	36	0.141	1167	X-RAY DIFFRACTION	98.6066

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関連情報:EMDBヘッダ

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