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- PDB-3qsq: Crystal structure of the projection domain of the human astroviru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsq
タイトルCrystal structure of the projection domain of the human astrovirus capsid protein
要素Capsid polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding domain / astrovirus capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Turkey astrovirus capsid protein / Turkey astrovirus capsid protein / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid polyprotein VP90
類似検索 - 構成要素
生物種Human astrovirus 8 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dong, J. / Dong, L. / Mendez, E. / Tao, Y.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the human astrovirus capsid spike.
著者: Dong, J. / Dong, L. / Mendez, E. / Tao, Y.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2231
ポリマ－27,2231
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Capsid polyprotein

A: Capsid polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4452
ポリマ－54,4452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.374, 48.374, 167.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-61-

HOH

21A-119-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Capsid polyprotein


分子量: 27222.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 415-646 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus 8 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9IFX1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 28% PEG 3000, 0.1 M CHES, 0.1 M glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器日付: 2010年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.7 Å / Num. obs: 21767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→23.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.932 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1115 5.1 %RANDOM
Rwork0.17971 ---
obs0.18142 20628 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20.33 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 0 137 1868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9272630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28624.42195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.403158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0531.51133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84921882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1323770
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2884.5732
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.11831903
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 82 -
Rwork0.177 1482 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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