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Yorodumi- PDB-4h3p: Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h3p | ||||||
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Title | Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / kinase domain / signaling / linear motif / surface mutation | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / Suppression of apoptosis / RAF-independent MAPK1/3 activation ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / Suppression of apoptosis / RAF-independent MAPK1/3 activation / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / negative regulation of TOR signaling / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of cellular pH / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of Golgi inheritance / outer ear morphogenesis / Regulation of the apoptosome activity / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of cytoskeleton organization / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / IFNG signaling activates MAPKs / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to exogenous dsRNA / lung morphogenesis / face development / Recycling pathway of L1 / Activation of the AP-1 family of transcription factors / androgen receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of telomere capping / Bergmann glial cell differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / MAPK1 (ERK2) activation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of ossification / MAP kinase activity / phosphatase binding / mitogen-activated protein kinase / Schwann cell development / Signal attenuation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / stress-activated MAPK cascade / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / myelination / positive regulation of telomerase activity / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to cadmium ion / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to amino acid starvation / NPAS4 regulates expression of target genes / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / ESR-mediated signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / response to nicotine / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / caveola / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Gogl, G. / Toeroe, I. / Remenyi, A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: Protein-peptide complex crystallization: a case study on the ERK2 mitogen-activated protein kinase Authors: Gogl, G. / Toeroe, I. / Remenyi, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h3p.cif.gz | 301.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h3p.ent.gz | 245.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h3p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/4h3p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4h3qC 3teiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41444.633 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: kinase domain / Mutation: R77A, E314A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase #2: Protein/peptide | Mass: 2664.217 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-TERMINAL DOCKING PEPTIDE, UNP residues 712-735 / Mutation: S719A, Q724A / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic construct / Source: (synth.) Homo sapiens (human) References: UniProt: Q15418, non-specific serine/threonine protein kinase #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25-30% PEG6000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2012 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→42.37 Å / Num. all: 32220 / Num. obs: 30568 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 2.39 / Observed criterion σ(I): 2.39 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / % possible all: 93.31 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3TEI Resolution: 2.3→42.37 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→42.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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