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- PDB-4h3q: Crystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h3q
タイトルCrystal structure of human ERK2 complexed with a MAPK docking peptide
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2
  • Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase domain / signaling / linear motif / surface mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine autophosphorylation / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / regulation of axon regeneration ...peptidyl-serine autophosphorylation / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / MAP-kinase scaffold activity / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / regulation of axon regeneration / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / Signaling by MAP2K mutants / ERKs are inactivated / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / positive regulation of axonogenesis / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / peroxisomal membrane / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of cell motility / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / MAPK1 (ERK2) activation / pseudopodium / lung morphogenesis / face development / positive regulation of telomere maintenance / MAP kinase kinase activity / Bergmann glial cell differentiation / Recycling pathway of L1 / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of ossification / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Signal attenuation / phosphatase binding / Growth hormone receptor signaling / Schwann cell development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / myelination / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thymus development / protein serine/threonine kinase activator activity / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / B cell receptor signaling pathway / response to nicotine / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / PDZ domain binding / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
類似検索 - 分子機能
: / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase 1 / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gogl, G. / Toeroe, I. / Remenyi, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Protein-peptide complex crystallization: a case study on the ERK2 mitogen-activated protein kinase
著者: Gogl, G. / Toeroe, I. / Remenyi, A.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3563
ポリマ－42,8502
非ポリマー5061
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.750, 58.530, 159.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41372.461 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: R77A, E314A, I255G, C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 2 / MAP kinase kinase 2 / MAPKK 2 / ERK activator kinase 2 / MAPK/ERK kinase 2 / MEK 2


分子量: 1477.816 Da / 分子数: 1 / 断片: DOCKING PEPTIDE, UNP residues 4-16 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P36507, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG1500, 0.1M MIB, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月31日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.15 Å / Num. all: 20638 / Num. obs: 20375 / % possible obs: 99.03 % / Observed criterion σ(F): 2.25 / Observed criterion σ(I): 2.25
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / % possible all: 96.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TEI

3tei


解像度: 2.2→47.149 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1047 5.14 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.1839 20371 99.01 %-
all-20371 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 31 84 3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4154092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0321141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006521
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.31630.29741470.2602266798
2.3163-2.46140.27061290.22912754100
2.4614-2.65140.31091580.22312719100
2.6514-2.91820.26451520.20832743100
2.9182-3.34040.24741480.1919274599
3.3404-4.20820.21181740.1561280099
4.2082-47.16020.19491390.1613289698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.52992.47411.12814.13870.8592.52110.11660.32090.0115-0.1286-0.2006-0.88310.25620.22430.07690.18330.03950.04960.2960.05330.452-0.68628.1631-1.9044
22.0031-0.15721.93192.8918-1.2156.16440.0102-0.30260.160.40090.0520.12980.2655-0.3539-0.05980.1866-00.0530.2703-0.01280.2759-9.59090.833711.6344
35.6027-1.06831.04245.3976-1.86633.86680.2175-0.5543-0.72670.45020.26080.33021.1415-0.5184-0.46990.8963-0.0731-0.06760.55780.07690.318-6.1372-14.175826.9951
41.55950.0615-0.45062.70010.09246.9088-0.1884-0.4844-0.02980.19170.41570.59620.4633-0.9136-0.15070.23920.04450.02050.55440.02540.4787-19.1072-1.40354.6269
53.54931.02423.06115.8359-0.60493.53950.396-0.33250.2170.6312-0.40690.9011-1.262-0.6933-0.08281.06720.17080.01050.5946-0.12431.0291-5.4515.624925.025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 9:61)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 62:180)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 181:313)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 314:360)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq 4:15)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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