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- PDB-4i59: Cyclohexylamine Oxidase from Brevibacterium oxydans IH-35A comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i59
タイトルCyclohexylamine Oxidase from Brevibacterium oxydans IH-35A complexed with cyclohexanone
要素Cyclohexylamine Oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / monoamine oxidase / cyclohexylamine oxidase / biocatalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXANONE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cyclohexylamine Oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Mirza, I.A. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Analysis of a Novel Cyclohexylamine Oxidase from Brevibacterium oxydans IH-35A.
著者: Mirza, I.A. / Burk, D.L. / Xiong, B. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Grosse, S. / Lau, P.C. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexylamine Oxidase
B: Cyclohexylamine Oxidase
C: Cyclohexylamine Oxidase
D: Cyclohexylamine Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,09412
ポリマ－204,5604
非ポリマー3,5358
水00
1
A: Cyclohexylamine Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0243
ポリマ－51,1401
非ポリマー8842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclohexylamine Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0243
ポリマ－51,1401
非ポリマー8842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cyclohexylamine Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0243
ポリマ－51,1401
非ポリマー8842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cyclohexylamine Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0243
ポリマ－51,1401
非ポリマー8842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.518, 139.457, 177.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain AAAA,CCCC, using strict)
NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.2492, -0.9448, 0.2128), (-0.9481, -0.2828, -0.1455), (0.1977, -0.1655, -0.9662)187.17, 331.812, 390.993
3given(-0.8581, 0.2796, 0.4306), (0.2831, -0.4421, 0.8511), (0.4284, 0.8523, 0.3003)-52.1363, 122.448, -62.6086
4given(-0.4034, 0.6543, -0.6396), (0.6686, -0.2665, -0.6943), (-0.6247, -0.7077, -0.3299)49.7779, 356.824, 420.353

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要素

#1: タンパク質
Cyclohexylamine Oxidase


分子量: 51139.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium oxydans (バクテリア)
株: IH-35A / 遺伝子: chaA / プラスミド: pSD80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: R4GRV2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CYH / CYCLOHEXANONE / シクロヘキサノン


分子量: 98.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 10% v/v dioxane and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. all: 46823 / Num. obs: 44529 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 104.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.93-3.032.90.288195.3
3.03-3.163.80.261196.8
3.16-3.34.20.219196.5
3.3-3.474.30.184196.2
3.47-3.694.30.136195.8
3.69-3.984.30.112195.5
3.98-4.384.30.089195.1
4.38-5.014.30.078194.6
5.01-6.314.30.082193.7
6.31-504.20.058191.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of holoenzyme (PDB code 4I58)

4i58


解像度: 2.93→48.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 152482.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 4250 10.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 42275 90.2 %-
all-48300 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.1524 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.25 Å20 Å20 Å2
2---10.24 Å20 Å2
3----13.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13728 0 240 0 13968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 570 10.5 %
Rwork0.313 4872 -
obs--68.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6chao.5.parchao.5.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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