PDB-5l0v: human POGLUT1 in complex with 2F-glucose modified EGF(+) and UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l0v

タイトル

human POGLUT1 in complex with 2F-glucose modified EGF(+) and UDP

要素

EGF(+)
Protein O-glucosyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / transferase glycosyltransferase GT-B glucosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

EGF-domain serine glucosyltransferase / EGF-domain serine xylosyltransferase / EGF-domain serine glucosyltransferase activity / EGF-domain serine xylosyltransferase activity / muscle tissue development / regulation of gastrulation / : / UDP-xylosyltransferase activity / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / UDP-glucosyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.305 Å

データ登録者

Li, Z. / Rini, J.M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of Notch O-glucosylation and O-xylosylation by mammalian protein-O-glucosyltransferase 1 (POGLUT1).
著者: Li, Z. / Fischer, M. / Satkunarajah, M. / Zhou, D. / Withers, S.G. / Rini, J.M.

履歴

登録	2016年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年3月24日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l0v.cif.gz	263.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l0v.ent.gz	212.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5l0v_validation.pdf.gz	814.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l0v_full_validation.pdf.gz	814.5 KB	表示
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CIF形式データ	5l0v_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l0v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5l0rC 5l0sC 5l0tC 5l0uC 5ub5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l0t-d 6i5w-d 4i59-1 7c0t-1 4i58-4 7c0z-1 4h3q-d 7c0l-2 2vak-12 6y82-d 1nkq-2 3nho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein O-glucosyltransferase 1

B: EGF(+)

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.810, 74.890, 83.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Protein O-glucosyltransferase 1 / CAP10-like 46 kDa protein / hCLP46 / KTEL motif-containing protein 1 / Myelodysplastic syndromes ...CAP10-like 46 kDa protein / hCLP46 / KTEL motif-containing protein 1 / Myelodysplastic syndromes relative protein / O-glucosyltransferase Rumi homolog / hRumi / Protein O-xylosyltransferase 分子量: 42077.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: POGLUT1, C3orf9, CLP46, KTELC1, MDSRP, MDS010, UNQ490/PRO1006 プラスミド: PB-T-PAF / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8NBL1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, protein xylosyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	EGF(+) 分子量: 4255.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#1: タンパク質

Protein O-glucosyltransferase 1 / CAP10-like 46 kDa protein / hCLP46 / KTEL motif-containing protein 1 / Myelodysplastic syndromes ...

分子量: 42077.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: POGLUT1, C3orf9, CLP46, KTELC1, MDSRP, MDS010, UNQ490/PRO1006
プラスミド: PB-T-PAF / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBL1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, protein xylosyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

EGF(+)

分子量: 4255.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pMal / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#7: 糖

ChemComp-SHG / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₁FO₅

-
非ポリマー , 4種, 585分子

#4: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 10mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.305→50 Å / Num. obs: 103515 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 15.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 19.57
反射シェル	冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / CC_1/2: 0.783 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.305→35.81 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1739	5192	5.02 %	0
R_work	0.1585	-	-	-
obs	0.1593	103505	96.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.56 Å² / B_iso mean: 25.2504 Å² / B_iso min: 9.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.305→35.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3224	0	167	582	3973
B_iso mean	-	-	36	32.76	-
残基数	-	-	-	-	396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	4719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.631	1306

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3051-1.32	0.2867	176	0.2669	3374	3550	100
1.32-1.3355	0.2677	179	0.2581	3389	3568	100
1.3355-1.3518	0.2711	172	0.2566	3304	3476	100
1.3518-1.3689	0.2659	192	0.2448	3382	3574	100
1.3689-1.3869	0.2185	172	0.2341	3358	3530	100
1.3869-1.4059	0.2504	162	0.226	3404	3566	100
1.4059-1.426	0.2297	167	0.222	3355	3522	100
1.426-1.4473	0.2402	172	0.2141	3386	3558	100
1.4473-1.4699	0.208	161	0.1993	3441	3602	100
1.4699-1.494	0.2138	174	0.1972	3353	3527	100
1.494-1.5198	0.2244	165	0.189	3393	3558	100
1.5198-1.5474	0.203	156	0.1855	3364	3520	100
1.5474-1.5772	0.2021	188	0.1769	3395	3583	100
1.5772-1.6094	0.1907	174	0.1741	3411	3585	100
1.6094-1.6444	0.1893	191	0.1644	3370	3561	100
1.6444-1.6826	0.1761	166	0.16	3382	3548	100
1.6826-1.7247	0.1913	201	0.1586	3367	3568	100
1.7247-1.7713	0.1831	186	0.1609	3399	3585	100
1.7713-1.8234	0.1744	204	0.1568	3375	3579	100
1.8234-1.8823	0.1765	151	0.1586	2976	3127	98
1.8823-1.9496	0.1567	88	0.156	1676	1764	57
1.9496-2.0276	0.1793	131	0.1531	3136	3267	99
2.0276-2.1199	0.1681	177	0.149	3394	3571	100
2.1199-2.2316	0.1472	196	0.1442	3414	3610	100
2.2316-2.3714	0.149	152	0.1404	2761	2913	80
2.3714-2.5545	0.1587	207	0.1405	3396	3603	100
2.5545-2.8114	0.1502	187	0.1483	3084	3271	90
2.8114-3.218	0.1483	168	0.152	3496	3664	100
3.218-4.0535	0.1646	180	0.1397	3120	3300	90
4.0535-35.8239	0.1768	197	0.1515	3658	3855	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.892	-1.4345	0.593	1.6285	-0.6875	1.9734	-0.0923	-0.1867	-0.093	0.0806	0.1637	0.2045	0.0641	-0.3926	-0.0765	0.1423	-0.032	0.0311	0.2059	0.0011	0.1089	3.0913	30.8531	34.1471
2	0.9677	-0.2551	0.3149	1.8606	-1.1369	2.9048	0.0429	-0.0732	-0.1176	-0.0109	0.0034	-0.18	0.5418	0.4491	-0.0445	0.2377	0.1488	-0.021	0.2833	-0.0051	0.2109	31.3095	12.6479	31.4719
3	2.3712	0.6448	0.2442	2.6468	-0.1977	2.2222	-0.0319	-0.0835	-0.0278	0.0801	0.043	-0.1196	0.234	0.4004	-0.0077	0.1234	0.0785	-0.0022	0.1772	-0.0114	0.112	27.1627	20.7657	28.2825
4	1.4374	-0.6319	0.4921	0.7538	-0.1318	1.4538	0.0366	0.038	-0.0674	-0.0291	0.0184	0.0271	0.0887	0.0233	-0.0511	0.0809	-0.0033	0.0181	0.0674	-0.0133	0.0853	13.724	28.0283	16.938
5	3.3022	0.4796	-0.1981	1.251	1.2472	2.4009	0.288	0.9785	-0.6563	-0.2788	-0.2662	0.2175	0.2267	0.0194	0.022	0.1739	0.0154	-0.0298	0.1952	-0.0892	0.1681	8.4361	23.4523	2.1038
6	1.5156	-0.1301	0.1479	0.8086	-0.0807	1.5099	0.0098	0.0188	-0.0836	-0.0182	0.0028	0.0609	0.056	-0.075	-0.0181	0.0913	-0.0061	0.0025	0.0753	-0.0081	0.1083	7.8837	30.3972	17.1737
7	2.348	-1.3677	0.5345	8.6765	0.3478	2.4797	0.056	0.1271	-0.4005	-0.1533	-0.0834	0.5912	0.1878	-0.3464	0.0235	0.1146	-0.0408	0.0134	0.1844	-0.0343	0.1982	-6.8756	30.0584	16.4143
8	2.0735	-1.0446	5.7547	1.3869	-0.3366	5.8959	-0.268	-0.3541	0.5797	0.1578	0.0362	0.0863	-0.383	-0.2454	0.217	0.1713	-0.0062	0.0259	0.1293	-0.0112	0.198	4.278	41.6125	25.3084
9	2.2731	-1.9071	0.8432	3.9447	-0.7366	1.665	-0.1467	-0.2313	0.0263	0.3049	0.1381	-0.3979	0.1205	0.3942	0.0153	0.1636	0.0604	-0.0178	0.2629	-0.0097	0.1532	29.4898	22.307	35.1364
10	5.9661	-2.9114	0.6688	2.003	1.1422	6.4583	-0.1174	-0.1501	-0.6354	0.1286	0.0681	0.5378	0.5813	0.0747	0.0548	0.2766	0.0211	0.0426	0.2165	-0.0616	0.3008	20.4576	13.4307	10.6008
11	2.45	0.7181	-0.4581	5.0743	0.7871	2.7845	-0.0377	0.0348	-0.2883	-0.2275	-0.0061	-0.1321	0.241	0.2214	0.032	0.2109	0.0638	0.0241	0.2183	-0.0543	0.2231	27.134	16.9538	6.7167
12	3.8697	-0.2306	-1.919	1.4825	1.5481	6.4491	0.0851	-0.0399	0.5626	-0.3608	0.8222	-1.0631	-0.6738	1.3582	-0.8708	0.342	-0.1028	0.1324	0.5419	-0.2425	0.5034	35.48	23.9347	5.9482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 68 )	A	30 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 104 )	A	69 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 139 )	A	105 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 140 through 227 )	A	140 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 228 through 248 )	A	228 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 249 through 311 )	A	249 - 311
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 312 through 331 )	A	312 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 332 through 349 )	A	332 - 349
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 350 through 385 )	A	350 - 385
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B	1 - 7
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 8 through 26 )	B	8 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 27 through 40 )	B	27 - 40

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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