[日本語] English
万見
- PDB-2vak: Crystal structure of the avian reovirus inner capsid protein sigmaA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vak
タイトルCrystal structure of the avian reovirus inner capsid protein sigmaA
要素SIGMA A
キーワードVIRAL PROTEIN / DOUBLE-STRANDED RNA BINDING / RNA
機能・相同性Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / viral capsid / Major inner capsid protein sigma 1
機能・相同性情報
生物種AVIAN ORTHOREOVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Hermo-Parrado, X.L. / Vazquez-Iglesias, L. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization of the Avian Reovirus Double-Stranded RNA-Binding and Core Protein Sigmaa
著者: Hermo-Parrado, X.L. / Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Vazquez-Iglesias, L. / Martinez-Costas, J. / Benavente, J. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2007年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SIGMA A
B: SIGMA A
C: SIGMA A
D: SIGMA A
E: SIGMA A
F: SIGMA A
G: SIGMA A
H: SIGMA A
I: SIGMA A
J: SIGMA A
K: SIGMA A
L: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,95324
ポリマ－561,80012
非ポリマー1,15312
水54,0993003
1
A: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
I: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
10
J: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
11
K: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
12
L: SIGMA A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9132
ポリマ－46,8171
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.210, 129.909, 144.037
Angle α, β, γ (deg.)93.81, 105.05, 98.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
SIGMA A


分子量: 46816.652 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AVIAN ORTHOREOVIRUS (ウイルス) / 株: S1133 / プラスミド: PMALC-S2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: Q9E6F8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
解説: PDB ENTRY 1EJ6 CHAIN D WAS MODIFIED BY CHAINSAW BEFORE MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 MM SODIUM CITRATE, SODIUM PHOSPHATE OR MES NAOH BUFFER PH 5.5 TO 6.5, 0.1 TO 0.6 M AMMONIUM SULPHATE 10 MM TRIS HCL, 1 MM EDTA SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 278 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.954
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→30 Å / Num. obs: 282973 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 74.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EJ6

1ej6


解像度: 2.34→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.919 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REFLECTIONS FOR CALCULATION OF RFREE WERE SELECTED IN THIN SHELLS BASED ON A PREVIOUS 2.5 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS REFLECTIONS FOR CALCULATION OF RFREE WERE SELECTED IN THIN SHELLS BASED ON A PREVIOUS 2.5 A DATASET AND THEN EXTENDED TO THE NEW 2.34 ANGSTROM DATASET RANDOMLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1385 0.5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.211 281587 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å2-1.61 Å2-0.77 Å2
2---0.6 Å20.77 Å2
3----1.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38161 0 60 3003 41224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02239213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.93553538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0154867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.47923.8511828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.333155927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.15715276
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.25798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0230632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.219308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.226560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.23004
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.236225041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.115339275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.102316674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.249514263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.47 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 119 -
Rwork0.277 32494 -
obs--74.69 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る