PDB-5ttj: Crystal Structure of Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ttj

タイトル

Crystal Structure of Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida

要素

Amine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / nicotine degradation / flavoenzyme / monoamine oxidase family / PHBH fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tararina, M.A. / Janda, K.D. / Allen, K.N.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)	DA041839	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008541	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis Provides Mechanistic Insight into Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida.
著者: Tararina, M.A. / Janda, K.D. / Allen, K.N.

履歴

登録	2016年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ttj.cif.gz	353.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ttj.ent.gz	287.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ttj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tjrC 5ttkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c49-2 7kho-2 7kho-1 2dh3-1 7khn-d 4i59-1 2dh2-d 5ttk-1 4xj0-1 6cr0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amine oxidase

B: Amine oxidase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amine oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.973, 61.564, 92.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Amine oxidase 分子量: 53665.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain S16) (バクテリア) 株: S16 / 遺伝子: PPS_4081 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: F8G0P2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.56 % 解説: long, rectangular, yellow plate-shaped crystals of approximately 0.1 mm by 0.2 mm by 0.8 mm dimensions
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 4% v/v 2-propanol, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0 and 20% w/v polyethylene glycol (PEG)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→92.27 Å / Num. obs: 38640 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / CC_1/2: 0.91 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	位相決定
PHENIX	1.10.1_2155	モデル構築

精密化

解像度: 2.2→92.188 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	1095	2.94 %
R_work	0.1748	-	-
obs	0.1764	37193	95.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→92.188 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6743	0	106	249	7098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	9503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.446	4041
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.3002	0.3066	127	0.2255	4410	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3002-2.4214	0.3214	128	0.2159	4477	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4214-2.5732	0.2978	147	0.2069	4447	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5732-2.7718	0.2929	130	0.2018	4586	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7718-3.0508	0.2607	141	0.1984	4542	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0508-3.4923	0.2301	143	0.1712	4514	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4923-4.3999	0.171	136	0.1423	4502	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3999-92.2692	0.1953	143	0.1535	4620	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6364	-0.2044	0.2924	0.396	-0.3474	0.7922	-0.0004	0.0367	-0.0555	0.0149	-0.0779	-0.0594	0.115	0.0075	0.0581	0.23	-0.0118	-0.0204	0.0727	-0.0126	0.1993	-36.2654	-7.4145	-20.2499
2	2.36	0.5514	0.6474	2.0758	1.1407	0.7447	0.0054	0.2633	0.1985	-0.2668	0.0377	-0.2118	-0.2055	0.3153	-0.041	0.3263	-0.0065	0.1176	0.5817	0.1476	0.3708	-22.8377	1.6537	-45.9997
3	0.578	0.004	0.1984	0.7406	-0.3267	0.9076	0.0611	0.2898	-0.0027	-0.0946	-0.0743	-0.1191	0.4459	0.4718	0.0583	0.3689	0.096	-0.0026	0.2794	0.0647	0.3015	-24.0785	-13.6643	-23.1518
4	0.8062	-0.025	0.2737	0.64	-0.0968	1.0293	-0.0569	0.2144	0.145	-0.0477	-0.27	-0.196	0.1295	0.4572	0.0649	0.2339	0.0298	-0.0034	0.0827	0.062	0.2486	-29.7175	-1.7909	-27.8169
5	0.568	0.0456	0.069	0.3449	-0.369	0.4122	-0.0254	0.1605	0.0002	0.0313	0.0214	0.0448	-0.1242	-0.5697	-0.0417	0.1756	0.0592	-0.0128	0.3995	-0.0211	0.2126	8.1773	8.0075	-38.565
6	1.5295	0.0731	-0.5588	0.3922	-0.2514	0.3307	0.1064	-0.1162	0.1834	0.2426	0.035	0.0851	-0.2011	-0.2198	-0.1256	0.2718	0.0495	0.0048	0.2432	-0.0218	0.2346	17.47	10.291	-23.0251
7	0.9034	-0.5506	0.0137	2.4615	0.4704	0.9326	-0.0784	-0.1627	0.0677	0.4657	-0.0998	0.1036	-0.224	-0.4208	0.0902	0.552	-0.0103	0.1268	0.556	-0.0085	0.3017	0.8721	6.7675	-2.227
8	1.0348	-0.1771	-0.6744	0.3375	-0.0161	0.9787	-0.1046	-0.0477	-0.1142	0.3185	-0.0389	0.221	0.3069	-0.4307	0.0871	0.3528	-0.1752	0.1094	0.483	-0.014	0.3233	3.4377	-12.8899	-14.7037
9	1.2371	-0.2532	0.4831	1.5138	0.1391	0.2267	0.0421	-0.0561	0.0309	0.4024	-0.1055	0.3842	0.0389	-0.5921	0.0904	0.3216	-0.1035	0.1476	0.6764	-0.0654	0.3655	-1.1188	-1.3632	-12.9889
10	0.3852	0.0518	0.1704	0.461	-0.1762	0.481	-0.0794	0.0615	0.0094	0.0549	0.0312	0.1385	-0.0846	-0.6877	0.139	0.1917	0.0275	-0.0267	0.4332	-0.0078	0.2251	7.883	5.6762	-35.286
11	0.2863	0.089	-0.0712	0.5724	-0.2417	0.7855	-0.0575	0.3141	-0.0599	0.2007	0.1565	0.3009	-0.1374	-0.3935	0.1687	0.0493	0.037	0.0391	0.8166	-0.0654	0.3383	-3.3288	6.7695	-27.9445
12	0.9475	0.5946	-0.3695	2.9778	0.3118	1.0468	-0.171	0.1696	0.2769	0.0227	0.0226	0.4379	-0.3511	-0.3112	-0.0088	0.4492	0.1016	0.1022	0.6959	-0.0154	0.415	-7.496	19.7644	-15.6779
13	0.3303	0.235	-0.2044	0.4258	-0.1656	0.7412	-0.016	0.0595	-0.0611	0.133	0.0149	0.1289	0.112	-0.7356	0.0191	0.16	-0.043	0.0026	0.5603	-0.0263	0.2255	2.06	0.4691	-31.2037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 51 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 270 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 403 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 404 through 483 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 47 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 136 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 137 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 167 through 204 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 205 through 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 238 through 293 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 294 through 371 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 372 through 403 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 404 through 482 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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