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Yorodumi- PDB-5ttj: Crystal Structure of Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ttj | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida | |||||||||
Components | Amine oxidase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / nicotine degradation / flavoenzyme / monoamine oxidase family / PHBH fold | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Tararina, M.A. / Janda, K.D. / Allen, K.N. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2016 Title: Structural Analysis Provides Mechanistic Insight into Nicotine Oxidoreductase from Pseudomonas putida. Authors: Tararina, M.A. / Janda, K.D. / Allen, K.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ttj.cif.gz | 353.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ttj.ent.gz | 287.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ttj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5ttj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53665.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (strain S16) (bacteria) Strain: S16 / Gene: PPS_4081 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: F8G0P2 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 31.56 % Description: long, rectangular, yellow plate-shaped crystals of approximately 0.1 mm by 0.2 mm by 0.8 mm dimensions |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 4% v/v 2-propanol, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0 and 20% w/v polyethylene glycol (PEG) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→92.27 Å / Num. obs: 38640 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / CC1/2: 0.91 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.2→92.188 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 24.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→92.188 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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