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Yorodumi- PDB-3onw: Structure of a G-alpha-i1 mutant with enhanced affinity for the R... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3onw | ||||||
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Title | Structure of a G-alpha-i1 mutant with enhanced affinity for the RGS14 GoLoco motif. | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / RGS14 GoLoco / Rosetta / protein design / affinity enhancement / Ras-like domain / all-helical domain / GoLoco motif / arginine finger / lipoprotein / transducer / guanine nucleotide dissociation inhibitor / GTP binding / nucleotide binding / ADP-ribosylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information zygote asymmetric cell division / negative regulation of synaptic plasticity / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / GDP-dissociation inhibitor activity / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of neurogenesis / spindle organization / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway ...zygote asymmetric cell division / negative regulation of synaptic plasticity / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activating protein binding / GDP-dissociation inhibitor activity / nucleocytoplasmic transport / positive regulation of neurogenesis / spindle organization / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / long-term memory / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activator activity / negative regulation of MAP kinase activity / learning / Regulation of insulin secretion / chromosome segregation / G protein-coupled receptor binding / long-term synaptic potentiation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / visual learning / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / PML body / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / spindle pole / G alpha (z) signalling events / spindle / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / mitotic cell cycle / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / microtubule binding / microtubule / response to oxidative stress / dendritic spine / Extra-nuclear estrogen signaling / postsynaptic density / nuclear body / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / dendrite / nucleolus / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Bosch, D. / Kimple, A.J. / Sammond, D.W. / Miley, M.J. / Machius, M. / Kuhlman, B. / Willard, F.S. / Siderovski, D.P. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Structural Determinants of Affinity Enhancement between GoLoco Motifs and G-Protein {alpha} Subunit Mutants. Authors: Bosch, D.E. / Kimple, A.J. / Sammond, D.W. / Muller, R.E. / Miley, M.J. / Machius, M. / Kuhlman, B. / Willard, F.S. / Siderovski, D.P. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Structure-based protocol for identifying mutations that enhance protein-protein binding affinities Authors: Sammond, D.W. / Eletr, Z.M. / Purbeck, C. / Kimple, R.J. / Siderovski, D.P. / Kuhlman, B. #2: Journal: Nature / Year: 2002 Title: Structural determinants for GoLoco-induced inhibition of nucleotide release by Galpha subunits Authors: Kimple, R.J. / Kimple, M.E. / Betts, L. / Sondek, J. / Siderovski, D.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3onw.cif.gz | 303.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3onw.ent.gz | 249.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3onw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3onw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3onw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 3onw_validation.xml.gz | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3onw_validation.cif.gz | 36.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/3onw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2om2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37416.637 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q147L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GNAI1 / Plasmid: pLICHis / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P63096, EC: 3.6.5.1 #2: Protein/peptide | Mass: 4093.621 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: The RGS14 GoLoco motif peptide was synthesized according to the human RGS14 sequence, identical to that used in PDB entries 1KJY and 2OM2. References: UniProt: O43566 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: Hanging drops were a 1:1 mixture of protein-peptide complex in buffer (10 mM Tris pH 7.5, 1 mM magnesium chloride, 5% (w/v) glycerol, 5 mM DTT) and well solution (1.9 M ammonium sulfate, 100 ...Details: Hanging drops were a 1:1 mixture of protein-peptide complex in buffer (10 mM Tris pH 7.5, 1 mM magnesium chloride, 5% (w/v) glycerol, 5 mM DTT) and well solution (1.9 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 5.0, 200 mM magnesium chloride, 10% (w/v) glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 30, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→28.88 Å / Num. all: 45328 / Num. obs: 45328 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 27.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.38→2.4 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OM2 chain A Resolution: 2.38→95.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 15.463 / SU ML: 0.166 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.254 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→95.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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