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- PDB-5w1n: Crystal structure of the human astrovirus 2 Oxford serotype capsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1n
タイトルCrystal structure of the human astrovirus 2 Oxford serotype capsid protein spike at 1.35-A resolution
要素Capsid polyprotein VP90
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / icosahedral virus
生物種Human astrovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.348 Å
データ登録者Bogdanoff, W.A. / Perez, E.I. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI095369 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Escape of Human Astrovirus from Antibody Neutralization: Broad Implications for Rational Vaccine Design.
著者: Bogdanoff, W.A. / Perez, E.I. / Lopez, T. / Arias, C.F. / DuBois, R.M.
履歴
登録2017年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein VP90
B: Capsid polyprotein VP90
C: Capsid polyprotein VP90
D: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9264
ポリマ－110,9264
非ポリマー00
水8,359464
1
A: Capsid polyprotein VP90
D: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4632
ポリマ－55,4632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
2
B: Capsid polyprotein VP90
C: Capsid polyprotein VP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4632
ポリマ－55,4632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.630, 71.940, 92.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Capsid polyprotein VP90


分子量: 27731.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human astrovirus 2 (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M HEPES buffer.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033029 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.348→86.517 Å / Num. all: 177824 / Num. obs: 177824 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 10.29 Å2 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.112 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 816628
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.35-1.424.40.3012.1112053251920.1540.3390.3014.893.6
1.42-1.514.50.2053.2109255243000.1050.2310.2056.495.5
1.51-1.614.50.1524.4104811231350.0780.1710.1528.196.8
1.61-1.744.70.1265.2101282217750.0640.1420.1269.997.7
1.74-1.914.80.0986.496831201570.0490.110.0981298.2
1.91-2.1350.0877.290942183310.0420.0970.08714.198.7
2.13-2.4650.0857.581387162640.0410.0940.08515.199
2.46-3.014.90.0777.767593137930.0380.0860.07715.599.1
3.01-4.263.90.0965.740161104090.060.1140.09614.396.7
4.26-43.9742.80.1084.81231344680.080.1360.1081275

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.35 Å43.97 Å
Translation1.35 Å43.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Coot0.8.2モデル構築
iMOSFLM7.1.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KOU

5kou


解像度: 1.348→43.974 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 8967 5.04 %
Rwork0.1561 168830 -
obs0.1575 177797 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.5 Å2 / Biso mean: 16.0348 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.348→43.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6942 0 0 464 7406
Biso mean---21.9 -
残基数----863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9629774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841086
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5832642
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.348-1.36330.21612840.16295347563191
1.3633-1.37940.20713000.15915429572993
1.3794-1.39620.2012810.15135472575394
1.3962-1.41390.18593190.14645498581794
1.4139-1.43250.17672880.13645532582095
1.4325-1.45210.18223070.1425543585095
1.4521-1.47280.18552510.14015607585895
1.4728-1.49480.19182810.13725609589096
1.4948-1.51820.18223090.1345586589596
1.5182-1.54310.16052940.12825607590196
1.5431-1.56970.17383120.12945647595997
1.5697-1.59820.17752920.1315716600897
1.5982-1.6290.18342940.12815683597797
1.629-1.66220.17363500.13185615596597
1.6622-1.69840.17183060.13115659596597
1.6984-1.73790.17863150.13035699601498
1.7379-1.78130.17442880.13525757604598
1.7813-1.82950.16613160.13325678599498
1.8295-1.88330.16543030.13295779608298
1.8833-1.94410.16693030.13165777608098
1.9441-2.01360.14513110.13475767607899
2.0136-2.09420.17872570.14025815607299
2.0942-2.18950.1753110.14555783609499
2.1895-2.3050.1772760.14945845612199
2.305-2.44940.18343110.16175820613199
2.4494-2.63850.18613030.1665811611499
2.6385-2.90390.18793550.16495764611999
2.9039-3.3240.17383120.17545810612298
3.324-4.18740.21242800.19155690597095
4.1874-43.99750.222580.21014485474375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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