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- PDB-6h40: High resolution structure of MeT1 from Mycobacterium hassiacum in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h40
タイトルHigh resolution structure of MeT1 from Mycobacterium hassiacum in complex with 3-methoxy-1,2-propanediol.
要素Methyltransferase domain protein
キーワードTRANSFERASE / 3-O-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


MMP 1-O-methyltransferase / chondroitin sulfate biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-3-methoxypropane-1,2-diol / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / MMP 1-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.053 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Ripoll-Rozada, J.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
SFRH/BPD/108004/2015 ポルトガル
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Biosynthesis of mycobacterial methylmannose polysaccharides requires a unique 1-O-methyltransferase specific for 3-O-methylated mannosides.
著者: Ripoll-Rozada, J. / Costa, M. / Manso, J.A. / Maranha, A. / Miranda, V. / Sequeira, A. / Ventura, M.R. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,38810
ポリマ－25,4451
非ポリマー9439
水5,044280
1
A: Methyltransferase domain protein
ヘテロ分子

A: Methyltransferase domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,77720
ポリマ－50,8912
非ポリマー1,88618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+4/31
Buried area4920 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.134, 113.134, 41.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-840-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase domain protein


分子量: 25445.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
遺伝子: C731_4163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K5B7F3

-
非ポリマー , 6種, 289分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FW5 / (2~{S})-3-methoxypropane-1,2-diol / (S)-3-メトキシ-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 20% (wt/vol) PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979295 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979295 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.053→97.977 Å / Num. obs: 138507 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.053→1.071 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G7D

6g7d


解像度: 1.053→48.988 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 9.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1197 6989 5.05 %
Rwork0.1081 --
obs0.1087 138501 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.053→48.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1703 0 60 280 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1092550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.684670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0533-1.06530.23742320.25184266X-RAY DIFFRACTION98
1.0653-1.07780.22362520.21334331X-RAY DIFFRACTION100
1.0778-1.0910.17121920.18834349X-RAY DIFFRACTION99
1.091-1.10480.18372450.16714363X-RAY DIFFRACTION100
1.1048-1.11930.18032080.15614402X-RAY DIFFRACTION100
1.1193-1.13460.16632230.14974370X-RAY DIFFRACTION100
1.1346-1.15090.15942380.13974331X-RAY DIFFRACTION100
1.1509-1.1680.13752380.13194404X-RAY DIFFRACTION100
1.168-1.18630.14022240.12484345X-RAY DIFFRACTION100
1.1863-1.20570.1222290.10844409X-RAY DIFFRACTION100
1.2057-1.22650.13632020.10434364X-RAY DIFFRACTION100
1.2265-1.24880.1082370.10414402X-RAY DIFFRACTION100
1.2488-1.27290.11262280.0964363X-RAY DIFFRACTION100
1.2729-1.29880.11082610.09194361X-RAY DIFFRACTION100
1.2988-1.32710.10142430.08994386X-RAY DIFFRACTION100
1.3271-1.3580.0982050.09284383X-RAY DIFFRACTION100
1.358-1.39190.10382290.09024399X-RAY DIFFRACTION100
1.3919-1.42960.10912220.08724414X-RAY DIFFRACTION100
1.4296-1.47160.09992090.07924424X-RAY DIFFRACTION100
1.4716-1.51910.08872290.07444388X-RAY DIFFRACTION100
1.5191-1.57340.09272200.07524403X-RAY DIFFRACTION100
1.5734-1.63640.09082650.084334X-RAY DIFFRACTION100
1.6364-1.71090.10112360.08634417X-RAY DIFFRACTION100
1.7109-1.80110.09612270.08914401X-RAY DIFFRACTION100
1.8011-1.9140.09992580.09394377X-RAY DIFFRACTION100
1.914-2.06170.10222650.09574410X-RAY DIFFRACTION100
2.0617-2.26920.11332050.0934401X-RAY DIFFRACTION99
2.2692-2.59760.10742790.1054354X-RAY DIFFRACTION99
2.5976-3.27260.14262460.12084451X-RAY DIFFRACTION100
3.2726-49.04150.13492420.12574510X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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