PDB-2wxx: Crystal structure of mouse angiotensinogen in the oxidised form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wxx

タイトル

Crystal structure of mouse angiotensinogen in the oxidised form

要素

ANGIOTENSINOGEN

キーワード

HORMONE / GLYCOPROTEIN / HYPERTENSION / VASOCONSTRICTOR / RENIN / SERPINS / VASOACTIVE / ANGIOTENSIN

機能・相同性

機能・相同性情報

renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / ovarian follicle rupture / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / type 2 angiotensin receptor binding / vasopressin secretion ...renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / ovarian follicle rupture / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / type 2 angiotensin receptor binding / vasopressin secretion / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Peptide ligand-binding receptors / vascular associated smooth muscle cell proliferation / G alpha (q) signalling events / regulation of renal output by angiotensin / peristalsis / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / drinking behavior / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of organ growth / G alpha (i) signalling events / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / organ growth / branching involved in ureteric bud morphogenesis / blood vessel development / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to salt stress / extracellular matrix organization / astrocyte activation / response to cold / positive regulation of cytokine production / cell-matrix adhesion / angiotensin-activated signaling pathway / kidney development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / MAPK cascade / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Zhou, A. / Wei, Z. / Carrell, R.W. / Read, R.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: A Redox Switch in Angiotensinogen Modulates Angiotensin Release.
著者: Zhou, A. / Carrell, R.W. / Murphy, M.P. / Wei, Z. / Yan, Y. / Stanley, P.L. / Stein, P.E. / Pipkin, F.B. / Read, R.J.

履歴

登録	2009年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2wxx.ent.gz	547.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wxx_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wxx_full_validation.pdf.gz	485 KB	表示
XML形式データ	2wxx_validation.xml.gz	64.4 KB	表示
CIF形式データ	2wxx_validation.cif.gz	82.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/2wxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/2wxx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wxwC 2wxyC 2wxzC 2wy0C 2wy1C 2x0bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bzq-3 2zc5-2 6c1w-2 6iwe-d 5huq-2 3szz-d 1nkq-1 6h40-1 6foq-4 6c1w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (8) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ANGIOTENSINOGEN

B: ANGIOTENSINOGEN

C: ANGIOTENSINOGEN

D: ANGIOTENSINOGEN

198 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ANGIOTENSINOGEN

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ANGIOTENSINOGEN

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ANGIOTENSINOGEN

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ANGIOTENSINOGEN

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.367, 99.416, 425.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	C
4	1	B
1	2	B
2	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	8 - 18
2	1	1	1	D	8 - 18
3	1	1	1	C	8 - 18
4	1	1	1	B	8 - 18
1	1	2	1	B	1 - 8
2	1	2	1	C	1 - 8
1	1	3	1	A	28 - 115
2	1	3	1	B	28 - 115
3	1	3	1	C	28 - 115
4	1	3	1	D	28 - 115
1	2	3	2	A	131 - 139
2	2	3	2	B	131 - 139
3	2	3	2	C	131 - 139
4	2	3	2	D	131 - 139
1	3	3	1	A	140 - 156
2	3	3	1	B	140 - 156
3	3	3	1	C	140 - 156
4	3	3	1	D	140 - 156
1	4	3	2	A	157 - 167
2	4	3	2	B	157 - 167
3	4	3	2	C	157 - 167
4	4	3	2	D	157 - 167
1	5	3	1	A	168 - 186
2	5	3	1	B	168 - 186
3	5	3	1	C	168 - 186
4	5	3	1	D	168 - 186
1	6	3	4	A	448 - 451
2	6	3	4	B	448 - 451
3	6	3	4	C	448 - 451
4	6	3	4	D	448 - 451
1	7	3	1	A	280 - 311
2	7	3	1	B	280 - 311
3	7	3	1	C	280 - 311
4	7	3	1	D	280 - 311
1	8	3	2	A	312 - 319
2	8	3	2	B	312 - 319
3	8	3	2	C	312 - 319
4	8	3	2	D	312 - 319
1	9	3	1	A	320 - 328
2	9	3	1	B	320 - 328
3	9	3	1	C	320 - 328
4	9	3	1	D	320 - 328
1	10	3	2	A	329 - 340
2	10	3	2	B	329 - 340
3	10	3	2	C	329 - 340
4	10	3	2	D	329 - 340
1	11	3	2	A	344 - 400
2	11	3	2	B	344 - 400
3	11	3	2	C	344 - 400
4	11	3	2	D	344 - 400
1	12	3	1	A	422 - 447
2	12	3	1	B	422 - 447
3	12	3	1	C	422 - 447
4	12	3	1	D	422 - 447
1	13	3	1	A	188 - 260
2	13	3	1	B	188 - 260
3	13	3	1	C	188 - 260
4	13	3	1	D	188 - 260
1	14	3	6	A	401 - 421
2	14	3	6	B	401 - 421
3	14	3	6	C	401 - 421
4	14	3	6	D	401 - 421
1	15	3	4	A	122 - 130
2	15	3	4	B	122 - 130
3	15	3	4	C	122 - 130
4	15	3	4	D	122 - 130
1	16	3	1	A	116 - 121
2	16	3	1	B	116 - 121
3	16	3	1	C	116 - 121
4	16	3	1	D	116 - 121

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	ANGIOTENSINOGEN / SERPIN A8 分子量: 49606.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PSUMO3-MANGT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P11859
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 18-25% PEG4000, 0.2NH4F, 0.1M TRIS-HCL, PH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.053
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.053 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→213.2 Å / Num. obs: 36592 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0099	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.95→213.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 48.663 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.525 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	1850	5.1 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.225	34681	84.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→213.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12915	0	0	0	12915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	13240
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.977	1.974	18050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.805	3	21533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.496	5	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.674	24.638	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.712	15	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.87	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	14626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.302	1.5	8375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.033	1.5	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.552	2	13554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.392	3	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.7	4.5	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	114	tight positional	0.05	0.05
1	4	B	114	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	114	tight positional	0.05	0.05
1	2	D	114	tight positional	0.14	0.05
2	1	B	128	tight positional	0.1	0.05
2	2	C	128	tight positional	0.1	0.05
3	1	A	3973	tight positional	0.3	0.05
3	2	B	3973	tight positional	0.38	0.05
3	3	C	3973	tight positional	0.31	0.05
3	4	D	3973	tight positional	0.31	0.05
3	1	A	758	medium positional	0.39	0.5
3	2	B	758	medium positional	0.46	0.5
3	3	C	758	medium positional	0.41	0.5
3	4	D	758	medium positional	0.35	0.5
3	1	A	76	loose positional	0.37	5
3	2	B	76	loose positional	0.65	5
3	3	C	76	loose positional	0.41	5
3	4	D	76	loose positional	0.46	5
1	1	A	114	tight thermal	0.02	0.5
1	4	B	114	tight thermal	0.02	0.5
1	3	C	114	tight thermal	0.02	0.5
1	2	D	114	tight thermal	0.03	0.5
2	1	B	128	tight thermal	0.02	0.5
2	2	C	128	tight thermal	0.02	0.5
3	1	A	3973	tight thermal	0.16	0.5
3	2	B	3973	tight thermal	0.18	0.5
3	3	C	3973	tight thermal	0.13	0.5
3	4	D	3973	tight thermal	0.13	0.5
3	1	A	758	medium thermal	0.17	2
3	2	B	758	medium thermal	0.15	2
3	3	C	758	medium thermal	0.12	2
3	4	D	758	medium thermal	0.12	2
3	1	A	76	loose thermal	0.3	10
3	2	B	76	loose thermal	0.17	10
3	3	C	76	loose thermal	0.47	10
3	4	D	76	loose thermal	0.36	10

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	99	-
R_work	0.316	1853	-
obs	-	-	61.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3033	-0.7259	0.9687	1.4605	-1.2489	4.8886	-0.022	0.1118	-0.0602	-0.0362	0.0955	-0.1653	0.4286	0.6298	-0.0735	0.1141	-0.0646	-0.0507	0.4597	-0.1087	0.3079	-35.8442	6.1469	-134.0841
2	3.0705	0.0721	0.2892	2.3057	0.8171	4.7234	0.0382	0.5482	0.1184	-0.0926	-0.0695	0.3343	-0.0708	-0.0627	0.0312	0.032	0.0887	-0.0269	0.4339	0.1026	0.2318	-11.0999	3.8542	-78.102
3	2.0751	0.9845	-1.279	2.987	-1.9795	4.9987	0.0887	-0.0263	-0.2784	0.4169	-0.1929	-0.0675	0.0047	-0.0635	0.1042	0.468	0.0422	-0.114	0.3922	0.0025	0.3062	-4.4336	-9.7759	-23.7391
4	1.6053	-0.7658	1.61	2.8044	-0.4048	10.0376	-0.0805	-0.1493	0.2879	-0.5095	-0.1004	-0.1009	-2.0979	-0.4058	0.1809	1.2219	-0.0303	0.1228	0.4016	0.0386	0.4428	-2.4112	-41.328	28.1467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	417 - 450
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	417 - 450
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	31 - 403
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	418 - 450
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	8 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	31 - 403
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	417 - 450

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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