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- PDB-2wy1: Crystal structure of rat angiotensinogen in P321 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wy1
タイトルCrystal structure of rat angiotensinogen in P321 space group
要素ANGIOTENSINOGEN
キーワードHORMONE / RENIN / ANGIOTENSIN / HYPERTENSION / GLYCOPROTEIN / VASOCONSTRICTOR / VASOACTIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system ...negative regulation of tissue remodeling / uterine smooth muscle contraction / positive regulation of L-lysine import across plasma membrane / positive regulation of L-arginine import across plasma membrane / renal response to blood flow involved in circulatory renin-angiotensin regulation of systemic arterial blood pressure / establishment of blood-nerve barrier / aldosterone secretion / smooth muscle cell proliferation / regulation of systemic arterial blood pressure by circulatory renin-angiotensin / brain renin-angiotensin system / ovarian follicle rupture / regulation of transmission of nerve impulse / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / Peptide ligand-binding receptors / vasopressin secretion / cell growth involved in cardiac muscle cell development / operant conditioning / regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of norepinephrine secretion / vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of renal output by angiotensin / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / renal system process / peristalsis / drinking behavior / positive regulation of organ growth / artery smooth muscle contraction / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of blood pressure / positive regulation of multicellular organism growth / intracellular sodium ion homeostasis / vasoconstriction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / hormone metabolic process / response to angiotensin / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / organ growth / branching involved in ureteric bud morphogenesis / blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / associative learning / positive regulation of protein metabolic process / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of calcium ion transport / positive regulation of gap junction assembly / cellular response to angiotensin / regulation of cardiac conduction / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to mechanical stimulus / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to salt stress / extracellular matrix organization / positive regulation of endothelial cell migration / ERK1 and ERK2 cascade / regulation of heart rate / response to cold / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / cell-matrix adhesion / positive regulation of cytokine production / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / astrocyte activation / growth factor activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of cell growth / hormone activity / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / vasodilation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / MAPK cascade / response to estradiol / regulation of gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Zhou, A. / Wei, Z. / Carrell, R.W. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: A Redox Switch in Angiotensinogen Modulates Angiotensin Release.
著者: Zhou, A. / Carrell, R.W. / Murphy, M.P. / Wei, Z. / Yan, Y. / Stanley, P.L. / Stein, P.E. / Pipkin, F.B. / Read, R.J.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOTENSINOGEN
B: ANGIOTENSINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1772
ポリマ－99,1772
非ポリマー00
水00
1
A: ANGIOTENSINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5881
ポリマ－49,5881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANGIOTENSINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5881
ポリマ－49,5881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.103, 133.103, 97.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A6 - 402
2112B6 - 402
1212A422 - 500
2212B422 - 500
1314A403 - 421
2314B403 - 421

-
要素

#1: タンパク質 ANGIOTENSINOGEN / SERPIN A8


分子量: 49588.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PSUMO3-RANGT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01015
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 15-20% PEG4000, 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS, PH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 1.045
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20.5 Å / Num. obs: 17386 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0099精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.15→115.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 86.2 / SU ML: 0.667 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.661 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE INITIAL PHASE INFORMATION WAS OBTAINED FROM A GD DERIVATIVE DATASET OF HUMAN ANGIOTENSINOGEN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32728 883 5.1 %RANDOM
Rwork0.27499 ---
obs0.2776 16436 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å2-0.93 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---2.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→115.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6444 0 0 0 6444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9031.9779002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808310861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3495829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48124.457276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.267151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7991534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2921.54173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0241.51668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53226755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3132440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5824.52245
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2401tight positional0.010.05
2B2401tight positional0.010.05
1A3005medium positional0.040.5
2B3005medium positional0.040.5
1A2401tight thermal0.020.5
2B2401tight thermal0.020.5
1A3005medium thermal0.022
2B3005medium thermal0.022
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 55 -
Rwork0.348 1171 -
obs--93.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93740.88640.00074.5398-0.22132.2923-0.04150.1549-0.255-0.1130.09930.07780.14910.1624-0.05780.30920.0558-0.06060.1653-0.08020.06822.8487-59.6097-35.9154
21.9199-0.5998-1.27781.5550.94964.3735-0.14990.08380.1016-0.1755-0.08220.0134-0.3867-0.01010.23210.328-0.0686-0.16840.1244-0.11710.340731.2632-14.5995-7.5091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 450
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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