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- PDB-7ldc: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldc
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E mutant
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,20818
ポリマ－166,1774
非ポリマー4,03114
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20010 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area48010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.725, 79.554, 151.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 3 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 3 and (name N or name...
41(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA310
12PROPROLEULEU(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 39210 - 399
13PROPROLEULEU(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 39210 - 399
14PROPROLEULEU(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 39210 - 399
15PROPROLEULEU(chain A and ((resid 3 and (name N or name...AA3 - 39210 - 399
21PROPROPROPRO(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB310
22PROPROLEULEU(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB3 - 39210 - 399
23PROPROLEULEU(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB3 - 39210 - 399
24PROPROLEULEU(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB3 - 39210 - 399
25PROPROLEULEU(chain B and ((resid 3 and (name N or name...BB3 - 39210 - 399
31PROPROPROPRO(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC310
32PROPROSERSER(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC3 - 39110 - 398
33PROPROSERSER(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC3 - 39110 - 398
34PROPROSERSER(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC3 - 39110 - 398
35PROPROSERSER(chain C and ((resid 3 and (name N or name...CC3 - 39110 - 398
41PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 3910 - 46
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD4047
43PROPROSERSER(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
44PROPROSERSER(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
45PROPROSERSER(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
46PROPROSERSER(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
47PROPROSERSER(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398

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要素

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41544.305 Da / 分子数: 4 / 変異: Q183Y/Y218E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / Mosaicity: 0.26 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.44 M (NH4)2SO4, 1.76 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月14日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34.71 Å / Num. obs: 69005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.376 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.409 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 455151 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.566.32.2142769144110.3070.9522.4150.9100
11.99-34.716.60.13442576460.9850.0550.1458.995.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.83 Å34.71 Å
Translation7.83 Å34.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl

1qfl


解像度: 2.5→34.71 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 3450 5 %
Rwork0.2194 65516 -
obs0.2214 68966 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.97 Å2 / Biso mean: 46.1226 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11070 0 242 535 11847
Biso mean--71.21 42.05 -
残基数----1553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56315559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9284020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032039
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6718X-RAY DIFFRACTION9.112TORSIONAL
12B6718X-RAY DIFFRACTION9.112TORSIONAL
13C6718X-RAY DIFFRACTION9.112TORSIONAL
14D6718X-RAY DIFFRACTION9.112TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.5-2.53430.31671370.31932620
2.5343-2.57050.37311620.31552605
2.5705-2.60880.32821340.31272569
2.6088-2.64960.40191490.29772590
2.6496-2.6930.31711580.2922596
2.693-2.73940.31521410.29552576
2.7394-2.78920.32971450.27662598
2.7892-2.84280.30721330.25932629
2.8428-2.90080.29891390.24362631
2.9008-2.96390.27931380.25252577
2.9639-3.03280.2821410.25072597
3.0328-3.10860.29291420.24122620
3.1086-3.19260.29381450.23472579
3.1926-3.28640.30151480.2192619
3.2864-3.39240.2771230.21282611
3.3924-3.51360.23711260.20432658
3.5136-3.65410.19721170.20072616
3.6541-3.82020.24231320.19382651
3.8202-4.02130.22421330.1892604
4.0213-4.27280.2011400.16712632
4.2728-4.60210.21031270.16632646
4.6021-5.06390.20941000.17392678
5.0639-5.79370.2431370.20752665
5.7937-7.28840.251590.21672635
7.2884-34.710.22931440.21372714
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10460.11160.01820.9359-0.12390.9798-0.0352-0.0624-0.10760.15320.0204-0.0294-0.0676-0.13110.01350.16420.04340.03310.2308-0.0150.249327.172-4.19910.724
27.47762.6485-0.80223.8659-0.43292.9004-0.13420.0738-0.54350.16550.2063-0.62530.08560.1572-0.02770.18050.0759-0.05850.2460.0390.195341.708-18.28112.029
36.38822.0365-4.06642.887-2.92513.7915-0.3069-1.1725-0.71310.2522-0.1734-0.2707-0.37070.44670.53230.46050.0867-0.10090.47680.0580.528837.479-26.02219.411
41.1097-0.75420.00242.9684-0.72116.00960.2309-0.1137-0.15140.28440.1080.2871-0.13290.2184-0.2956-0.06930.0572-0.0020.2099-0.01690.315531.474-12.4456.024
53.38111.25790.57253.0245-0.76342.12970.09520.292-0.0699-0.15250.19910.00590.102-0.2841-0.32870.1440.03410.03430.1875-0.02940.247823.811-14.53-4.447
62.87880.9532-3.65553.3153-2.78182.0257-0.1589-0.0914-0.5912-0.1105-0.02260.24580.7001-0.03770.20630.2759-0.0209-0.01940.26480.05780.432526.978-24.496-0.888
75.6294-1.68390.95194.51480.33551.2431-0.00710.1795-0.0846-0.158-0.0772-0.3081-0.04220.00210.06890.2058-0.02140.02470.14890.02850.172332.794-17.549-0.237
81.8629-0.14610.51081.17330.1051.2046-0.0335-0.17080.00930.16630.03540.046-0.0674-0.0136-0.01220.18240.04610.04880.20970.01310.196814.6754.63810.722
96.27083.05460.61889.0062-0.09641.876-0.1073-0.09560.29090.52920.25540.5543-0.0885-0.1545-0.14810.16690.07710.08820.2886-0.02690.1730.58719.82611.334
104.32922.99643.3335.56384.07574.9194-0.3275-0.82240.35960.39770.20240.39080.1074-0.65660.14250.51580.12160.08750.45060.08020.5024.32526.48919.564
111.91160.6212-0.15063.42460.85142.715-0.01330.00520.1173-0.06620.0917-0.2211-0.22720.2138-0.07850.14140.0807-0.00780.12130.06740.264714.98814.4520.68
123.652-0.04813.32272.38061.94549.3405-0.08660.03090.5647-0.1999-0.2587-0.23910.14850.30610.29880.25950.02850.06540.2089-0.0060.35114.84524.899-0.983
135.9732-0.72940.71894.0391-0.12331.23010.16850.02310.1596-0.1347-0.06780.2039-0.12220.0128-0.10970.1654-0.00110.05640.18610.00120.17219.13318.022-0.114
143.80860.6746-1.66852.461-1.78333.58270.16140.0856-0.4055-0.0658-0.0968-0.01760.7112-0.1584-0.00810.58680.0218-0.13530.2513-0.04680.314730.522-14.03263.168
151.14690.14980.39641.6658-1.48822.67230.10830.0209-0.14520.1593-0.11660.0447-0.02340.11150.01920.46290.0542-0.01940.277-0.06140.240423.187-3.50156.965
163.78410.1798-0.41874.6610.02051.28390.09020.05610.0629-0.357-0.014-0.31590.0530.0095-0.0990.60720.0676-0.06520.3813-0.0420.125144.13-0.97855.473
174.02492.2137-3.55964.6917-3.59286.6261-0.07840.19540.0113-0.6251-0.0177-0.42940.12130.46510.06440.45950.0325-0.07760.4424-0.07460.340243.458-3.01756.801
180.6375-0.1911-0.16733.1101-1.57980.86750.0563-0.16860.13180.1396-0.0807-0.21130.03320.06130.04810.5689-0.0561-0.10260.4332-0.05820.349540.8574.38971.784
195.9658-0.9125-1.41624.74331.94461.7458-0.1266-0.23-0.36760.11610.0123-0.1281-0.14270.22560.13330.5826-0.0022-0.10070.26840.01770.280943.104-2.82868.492
201.3211-0.3259-0.2291.8541.31033.06640.133-0.0726-0.02650.3426-0.19030.22270.2273-0.25980.06120.4787-0.0250.04930.32440.0290.247515.1544.23958.716
216.87954.6010.74755.20880.1342.3646-0.04990.35050.033-0.0832-0.10780.9751-0.3307-0.98540.15240.41440.21820.04290.7226-0.08380.9052-4.37810.83558.61
221.73433.16713.30687.10537.76638.5055-0.3062-0.32560.32140.2692-0.83532.15660.2597-0.80181.14590.6290.16540.14340.9041-0.05091.111-8.4884.1350.638
233.84050.76850.15463.1929-0.17530.54250.0038-0.3818-0.20210.2613-0.19860.68530.2067-0.40980.19540.5181-0.01230.14240.4648-0.02660.41822.6740.30269.874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:171 )A3 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 172:213 )A172 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 214:234 )A214 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 235:266 )A235 - 266
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 267:303 )A267 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 304:330 )A304 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 331:392 )A331 - 392
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 3:171 )B3 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 172:213 )B172 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 214:234 )B214 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 235:303 )B235 - 303
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 304:330 )B304 - 330
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 331:392 )B331 - 392
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 3:55 )C3 - 55
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 56:145 )C56 - 145
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 146:213 )C146 - 213
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 214:266 )C214 - 266
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 267:330 )C267 - 330
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 331:391 )C331 - 391
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 3:171 )D3 - 171
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 172:213 )D172 - 213
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 214:234 )D214 - 234
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 235:391 )D235 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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