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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lcl | ||||||
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Title | Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y mutant | ||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation | ||||||
Function / homology | ![]() poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marshall, A.C. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase. Authors: Marshall, A.C. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 491.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 66.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 93.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lbzC ![]() 7lcaC ![]() 7ld2C ![]() 7ldcC ![]() 7ldtC ![]() 7lduC ![]() 7ldvC ![]() 7ldwC ![]() 1qflS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41578.367 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Q183Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-COA / #4: Chemical | ChemComp-NH4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.83 % / Mosaicity: 0.2 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 Details: 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2018 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.295→46.62 Å / Num. obs: 87824 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.933 / Rmerge(I) obs: 0.601 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.645 / Net I/σ(I): 4.1 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 6.8 %
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1qfl Resolution: 2.295→44.62 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 27.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.63 Å2 / Biso mean: 41.0842 Å2 / Biso min: 5.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.295→44.62 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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