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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ld2 | ||||||
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Title | Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y mutant, RbCl soak | ||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetoacetyl-CoA thiolase / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation | ||||||
Function / homology | ![]() poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marshall, A.C. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase. Authors: Marshall, A.C. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 485.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 60.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 82.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7lbzC ![]() 7lcaC ![]() 7lclC ![]() 7ldcC ![]() 7ldtC ![]() 7lduC ![]() 7ldvC ![]() 7ldwC ![]() 1qflS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41578.367 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Q183Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 533 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/RB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-COA / #4: Chemical | ChemComp-RB / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.39 % / Mosaicity: 0.12 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 Details: 0.4 M (NH4)2SO4, 0.5 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95374 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→34.83 Å / Num. obs: 49092 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.912 / Rmerge(I) obs: 0.359 / Rpim(I) all: 0.233 / Rrim(I) all: 0.429 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 163344 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1qfl Resolution: 2.8→34.83 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.81 Å2 / Biso mean: 48.8062 Å2 / Biso min: 2.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→34.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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