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- PDB-6aqp: Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Acetylated enzyme in co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aqp | ||||||
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Title | Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Acetylated enzyme in complex with CoA and potassium ions | ||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / thiolase / Claisen condensation / reaction intermediate / monovalent cation binding | ||||||
Function / homology | ![]() acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / ergosterol biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrion / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Crystallized in the presence of acetyl-CoA, K+, and NH4+. 3 active sites contain Ac-Cys92+CoA: 1 ...Crystallized in the presence of acetyl-CoA, K+, and NH4+. 3 active sites contain Ac-Cys92+CoA: 1 site contains Ac-Cys92+Ac-CoA (alternate conformations). | ||||||
![]() | Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Trapped Tetrahedral Reaction Intermediates and Activation by Monovalent Cations Authors: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 632.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 538 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 6.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 6.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 84.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 132.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6areC ![]() 6arfC ![]() 6argC ![]() 6arlC ![]() 6arrC ![]() 6artC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41049.887 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: AFUA_8G04000 / Plasmid: pET-57-DEST / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 2623 molecules ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-ACO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.88 % / Mosaicity: 0.86 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 23% PEG 3350, 0.2M AmS04, 0.2M KCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→48.1 Å / Num. obs: 149532 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 13.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 11.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.63 Å2 / Biso mean: 22.4351 Å2 / Biso min: 2.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→47.907 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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