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- PDB-6arg: Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Apo enzyme in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6arg | ||||||
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Title | Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Apo enzyme in complex with rubidium ions | ||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / thiolase / Claisen Condensation / monovalent cation binding | ||||||
Function / homology | ![]() acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / ergosterol biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrion / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Trapped Tetrahedral Reaction Intermediates and Activation by Monovalent Cations Authors: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 505 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 107.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6aqpC ![]() 6areC ![]() 6arfC ![]() 6arlC ![]() 6arrC ![]() 6artC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41007.848 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / Gene: AFUA_8G04000 / Plasmid: pET-57-DEST / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-RB / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.55 % / Mosaicity: 0.8 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / Details: 24% PEG 3350, 0.15M RbCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2017 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→36.2 Å / Num. obs: 144987 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 17.77 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 9.2 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.66 Å2 / Biso mean: 32.843 Å2 / Biso min: 6.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.782→36.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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