PDB-6are: Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase in complex with two tetr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6are

タイトル

Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase in complex with two tetrahedral reaction intermediates and ammonium ions

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase
Acetyl-CoA acetyltransferase, acetylated enzyme

キーワード

TRANSFERASE / thiolase / Claisen Condensation / reaction intermediate / monovalent cation binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosterol biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

Model details

Crystallized in the presence of acetyl-CoA, K+, and NH4+. 3 active sites contain Ac-Cys92+CoA: 1 ...

データ登録者

Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structure of Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Trapped Tetrahedral Reaction Intermediates and Activation by Monovalent Cations
著者: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B.

履歴

登録	2017年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6are.ent.gz	495.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6are.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6are ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6are	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aqpC 6arfC 6argC 6arlC 6arrC 6artC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o99-d 2vu2-d 5f38-d 6arl-d 6aqp-d 4w61-1 2wkt-d 4w61-3 6l2g-d 4o9c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (12)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
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脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase, acetylated enzyme

B: Acetyl-CoA acetyltransferase, acetylated enzyme

C: Acetyl-CoA acetyltransferase

D: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.360, 106.590, 110.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase, acetylated enzyme 分子量: 41049.887 Da / 分子数: 2 / 変異: C92SCY / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G04000 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WCL5, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase 分子量: 41007.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G04000 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WCL5, acetyl-CoA C-acetyltransferase

#1: タンパク質

Acetyl-CoA acetyltransferase, acetylated enzyme

分子量: 41049.887 Da / 分子数: 2 / 変異: C92SCY / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G04000 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WCL5, acetyl-CoA C-acetyltransferase

#2: タンパク質

Acetyl-CoA acetyltransferase

分子量: 41007.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G04000 / プラスミド: pET-57-DEST / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WCL5, acetyl-CoA C-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 1380分子

#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 天然 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	The protein was co-crystallised with acetyl-CoA. It is an acetoacetyl-CoA thiolase, producing ...The protein was co-crystallised with acetyl-CoA. It is an acetoacetyl-CoA thiolase, producing acetoacetyl-CoA from two molecules of acetyl-CoA. The reaction proceeds via two acetyl transfer steps: (1) Ac-CoA -> enzyme, producing CoA and acetylated enzyme (SCY92), and (2) Ac-enzyme -> Ac-CoA, producing acetoacetyl-CoA. The enzyme is a homotetramer, thus 4 active sites per AU. For two of the active sites (chains A and B), the density indicates that CoA and SCY are present (after (1)). For chain D, the tetrahedral intermediate that occurs during the first acetyl transfer is trapped. To model this we used three separate entities: cys92, an acetyl group, and CoA. Covalent bonds were defined between these during refinement. For chain C, the tetrahedral intermediate that occurs during the second acetyl transfer is trapped. To model this we used cys92, an acetyl group, and acetyl-CoA.
Has protein modification	Y

構成要素の詳細

The protein was co-crystallised with acetyl-CoA. It is an acetoacetyl-CoA thiolase, producing ...

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M AmS04, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月25日

放射

モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→31.54 Å / Num. obs: 160937 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.03 Å² / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.385 / R_pim(I) all: 0.152 / R_rim(I) all: 0.414 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 1171578 / Scaling rejects: 1205

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.75-1.78	7.1	1.971	56041	7929	0.368	0.793	2.126	1	99
9.59-31.54	6.3	0.202	6361	1013	0.956	0.085	0.219	8.7	97.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.34 Å	107.47 Å
Translation	6.34 Å	107.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
MOSFLM		データ収集
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→31.288 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	8013	4.98 %
R_work	0.1944	152876	-
obs	0.1963	160889	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.87 Å² / B_iso mean: 19.7061 Å² / B_iso min: 1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→31.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11358	0	215	1362	12935
B_iso mean	-	-	43.94	25.78	-
残基数	-	-	-	-	1588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.984	16187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.93	4296

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.3479	236	0.3441	5052	5288	99
1.7699-1.7907	0.3515	283	0.3292	5055	5338	99
1.7907-1.8125	0.3416	276	0.3144	5044	5320	99
1.8125-1.8355	0.3349	270	0.3079	5057	5327	99
1.8355-1.8596	0.3239	283	0.3002	5002	5285	99
1.8596-1.8851	0.3221	280	0.2839	5053	5333	99
1.8851-1.912	0.3001	275	0.2727	5015	5290	99
1.912-1.9406	0.314	242	0.2587	5162	5404	99
1.9406-1.9709	0.263	287	0.247	5014	5301	99
1.9709-2.0032	0.2743	276	0.2417	5081	5357	99
2.0032-2.0377	0.2771	255	0.2479	5077	5332	99
2.0377-2.0748	0.2941	287	0.2477	5038	5325	99
2.0748-2.1147	0.2833	265	0.2364	5073	5338	100
2.1147-2.1578	0.2517	250	0.2289	5089	5339	99
2.1578-2.2047	0.2563	256	0.2154	5107	5363	100
2.2047-2.256	0.2439	267	0.2149	5089	5356	100
2.256-2.3124	0.2724	250	0.2037	5142	5392	100
2.3124-2.3749	0.2325	258	0.1962	5105	5363	100
2.3749-2.4448	0.2657	280	0.1908	5061	5341	100
2.4448-2.5237	0.2242	283	0.1859	5105	5388	100
2.5237-2.6138	0.2118	256	0.1803	5109	5365	100
2.6138-2.7184	0.2375	301	0.1836	5070	5371	100
2.7184-2.842	0.2454	249	0.1831	5160	5409	100
2.842-2.9918	0.2144	254	0.1742	5134	5388	100
2.9918-3.179	0.2083	251	0.1641	5122	5373	100
3.179-3.4242	0.1872	277	0.1542	5157	5434	100
3.4242-3.7683	0.1833	266	0.1411	5136	5402	100
3.7683-4.3124	0.1507	257	0.1268	5154	5411	100
4.3124-5.4285	0.1615	260	0.1242	5191	5451	100
5.4285-31.2926	0.1414	283	0.1383	5222	5505	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7818	-0.7745	-0.0838	0.8823	-0.0189	3.7905	0.0236	0.0871	0.0416	-0.0477	-0.0393	0.0142	-0.0708	-0.105	0.0178	0.0143	-0.0063	0.0012	0.0114	-0.0254	0.1493	-29.9118	9.9714	108.8251
2	0.9508	-0.0238	-0.0252	0.5946	-0.1841	0.3103	-0.0284	-0.1403	0.0191	0.0442	0.0194	0.0628	-0.0371	-0.0253	0.0095	0.0562	0.0191	0.02	0.0339	-0.006	0.1117	-23.6811	15.5078	118.6397
3	1.8561	0.6268	-0.5663	2.8292	0.3815	2.3715	-0.1243	-0.1372	-0.4388	-0.0784	-0.0382	-0.0252	0.4329	0.0278	0.1229	0.0379	-0.0174	0.0019	0.0934	0.0489	0.2956	-42.4935	4.8747	113.6453
4	0.8547	-0.1522	0.0181	0.7039	0.0545	0.4721	-0.0063	-0.0052	0.1863	0.0017	0.0144	0.0957	-0.0765	-0.0896	-0.0067	0.0664	0.0145	-0.0005	0.0373	-0.0104	0.1665	-30.8675	24.703	111.2104
5	1.3326	0.3027	-1.1948	1.5281	-1.9233	3.0753	-0.0703	0.0329	0.1453	-0.003	0.0109	-0.1409	0.0575	-0.1106	0.0142	0.0201	-0.0024	-0.0128	0.0496	-0.0092	0.1569	1.7134	15.7547	118.0434
6	0.9901	-0.1499	0.2264	0.3125	0.0665	0.4903	-0.0479	-0.202	-0.0504	0.042	0.034	-0.0244	0.0236	-0.0243	0.0069	0.0492	0.0137	0.0244	-0.039	0.0173	0.1489	-7.1315	6.7081	119.8201
7	1.9197	0.3799	-0.0125	2.9103	-0.3449	1.0798	-0.0389	-0.361	-0.1228	0.3156	0.0084	-0.2107	0.0222	0.1087	0.0402	0.0849	0.0431	-0.0152	0.1083	0.0326	0.122	7.3609	0.5911	127.7665
8	0.5151	-0.1563	0.2073	0.7754	0.1783	0.27	-0.015	0.0885	-0.0363	-0.0842	0.0285	-0.0846	0.0526	0.0926	-0.0126	0.0679	-0.0052	0.0274	0.0456	-0.0045	0.1417	2.9554	5.0128	107.3601
9	1.3384	0.4016	-0.3238	0.7841	0.3067	2.2222	-0.0291	-0.005	0.2884	0.0537	-0.0228	0.0698	-0.1116	-0.1291	0.0329	0.0958	0.0165	0.014	0.2691	0.0328	0.1023	-39.8274	2.4311	167.5369
10	1.1809	-0.0319	-0.7341	0.5649	-0.1832	1.0255	-0.0712	0.1489	-0.0375	-0.067	0.0174	-0.0027	0.1013	0.0032	0.0587	0.1021	-0.0086	0.0136	0.2776	0.0211	0.0893	-29.4196	-5.5225	159.169
11	1.6937	0.2891	0.0642	0.8931	-0.0901	1.1031	-0.0485	0.3115	-0.086	-0.0938	0.062	0.0909	0.124	-0.238	-0.0094	0.1003	-0.031	0.0142	0.3129	0.0146	0.0901	-45.9506	-12.4966	162.2516
12	1.0109	0.5944	-0.1751	1.2586	-0.6754	1.5014	-0.0956	-0.2158	-0.1142	0.127	0.0184	-0.1035	0.1801	0.2887	0.0471	0.0813	0.0699	0.0203	0.4159	0.0691	0.1035	-14.1069	-10.2746	169.7488
13	0.888	-0.2309	-0.0598	0.826	-0.52	1.044	0.0211	0.0093	0.1433	0.0107	-0.0498	-0.0676	-0.0511	0.1731	0.023	0.1142	-0.0221	0.0191	0.2662	0.0352	0.1193	-21.1481	1.8605	163.2974
14	2.0115	-0.087	-0.0074	0.7951	0.0967	1.0775	-0.0511	-0.3768	0.3782	0.0847	0.1042	-0.11	-0.1184	0.4623	-0.0258	0.1543	-0.0645	-0.0243	0.462	-0.0341	0.1518	-7.9782	4.2193	175.5636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 43 )	A	0 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 195 )	A	44 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 196 through 216 )	A	196 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 398 )	A	217 - 398
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 43 )	B	0 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 44 through 195 )	B	44 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 196 through 256 )	B	196 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 257 through 398 )	B	257 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 68 )	C	1 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 69 through 175 )	C	69 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 176 through 398 )	C	176 - 398
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 0 through 68 )	D	0 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 69 through 175 )	D	69 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 176 through 398 )	D	176 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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