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- PDB-6are: Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase in complex with two tetr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6are | ||||||
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Title | Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase in complex with two tetrahedral reaction intermediates and ammonium ions | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / thiolase / Claisen Condensation / reaction intermediate / monovalent cation binding | ||||||
Function / homology | ![]() acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / ergosterol biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation / mitochondrion / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Crystallized in the presence of acetyl-CoA, K+, and NH4+. 3 active sites contain Ac-Cys92+CoA: 1 ...Crystallized in the presence of acetyl-CoA, K+, and NH4+. 3 active sites contain Ac-Cys92+CoA: 1 site contains Ac-Cys92+Ac-CoA (alternate conformations). | ||||||
![]() | Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of Aspergillus fumigatus Cytosolic Thiolase: Trapped Tetrahedral Reaction Intermediates and Activation by Monovalent Cations Authors: Marshall, A.C. / Bond, C.S. / Bruning, J.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 596.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 508.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6aqpC ![]() 6arfC ![]() 6argC ![]() 6arlC ![]() 6arrC ![]() 6artC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 41049.887 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C92SCY Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 41007.848 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 1380 molecules ![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-NH4 / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ACO / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Compound details | The protein was co-crystallised with acetyl-CoA. It is an acetoacetyl-CoA thiolase, producing ...The protein was co-crystallised with acetyl-CoA. It is an acetoacetyl-CoA thiolase, producing acetoacetyl-CoA from two molecules of acetyl-CoA. The reaction proceeds via two acetyl transfer steps: (1) Ac-CoA -> enzyme, producing CoA and acetylated enzyme (SCY92), and (2) Ac-enzyme -> Ac-CoA, producing acetoacetyl-CoA. The enzyme is a homotetramer, thus 4 active sites per AU. For two of the active sites (chains A and B), the density indicates that CoA and SCY are present (after (1)). For chain D, the tetrahedral intermediate that occurs during the first acetyl transfer is trapped. To model this we used three separate entities: cys92, an acetyl group, and CoA. Covalent bonds were defined between these during refinement. For chain C, the tetrahedral intermediate that occurs during the second acetyl transfer is trapped. To model this we used cys92, an acetyl group, and acetyl-CoA. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: 25% PEG 3350, 0.2M AmS04, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→31.54 Å / Num. obs: 160937 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 13.03 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.385 / Rpim(I) all: 0.152 / Rrim(I) all: 0.414 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 1171578 / Scaling rejects: 1205 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.87 Å2 / Biso mean: 19.7061 Å2 / Biso min: 1.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.75→31.288 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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