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- PDB-2vu2: Biosynthetic thiolase from Z. ramigera. Complex with S-pantethein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vu2
タイトルBiosynthetic thiolase from Z. ramigera. Complex with S-pantetheine-11- pivalate.
要素ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / PHB BIOSYNTHESIS / THIOLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PN5 / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kursula, P. / Merilainen, G. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: The Sulfur Atoms of the Substrate Coa and the Catalytic Cysteine are Required for a Productive Mode of Substrate Binding in Bacterial Biosynthetic Thiolase, a Thioester-Dependent Enzyme.
著者: Merilainen, G. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K. / Kursula, P.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE
B: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE
C: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE
D: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,46612
ポリマ－162,1654
非ポリマー1,3018
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15280 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area60180 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.320, 79.150, 150.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 392 / Label seq-ID: 4 - 392

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE / ACETOACETYL-COA THIOLASE / BIOSYNTHETIC THIOLASE


分子量: 40541.207 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PN5 / (3R)-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxo-4-({3-oxo-3-[(2-sulfanylethyl)amino]propyl}amino)butyl 2,2-dimethylpropanoate


分子量: 362.485 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30N2O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.05 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 57985 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLU

1dlu


解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.829 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.78 / SU B: 21.26 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.982 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28571 2756 5 %RANDOM
Rwork0.23057 ---
obs0.23331 52345 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å2-0.16 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11252 0 78 528 11858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.96115520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.889318684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.70951552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.624.414444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.428151884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9761576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.28476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.25677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.26028
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.04929826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.378312028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95944342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.70553492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4719 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.140.2
2Bmedium positional0.150.2
3Cmedium positional0.140.2
4Dmedium positional0.150.2
1Amedium thermal2.925
2Bmedium thermal3.0925
3Cmedium thermal2.9825
4Dmedium thermal3.2825
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 207
Rwork0.196 3930
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6111-0.6549-0.14122.04850.01131.1113-0.0736-0.1315-0.1680.1690.08470.05850.1371-0.0814-0.011-0.5954-0.00770.0177-0.5389-0.0101-0.554430.452-12.35927.123
21.434-0.72610.12372.2973-0.04381.1453-0.063-0.12220.16770.17760.0666-0.0602-0.15620.0759-0.0036-0.59-0.010.0338-0.53850.0074-0.569411.735312.38167.1108
30.867-1.08740.63121.419-0.4332.78950.2041-0.0053-0.10230.1443-0.1489-0.4286-0.02090.3982-0.05520.26550.065-0.25450.1024-0.04850.071238.1376-2.639861.3454
40.6905-0.6089-0.54371.43810.81063.0938-0.053-0.2721-0.16220.2893-0.24350.66370.057-0.9230.29650.34070.0595-0.07730.4042-0.05320.20317.82663.566662.8863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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