[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-1m3z: Biosynthetic thiolase, C89A mutant, complexed with acetyl coenzyme A -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1m3z | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Biosynthetic thiolase, C89A mutant, complexed with acetyl coenzyme A | ||||||
![]() | Acetyl-CoA acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / thiolase fold | ||||||
Function / homology | ![]() poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: The catalytic cycle of biosynthetic thiolase: A conformational journey of an acetyl group through four binding modes and two oxyanion holes Authors: Kursula, P. / Ojala, J. / Lambeir, A.-M. / Wierenga, R.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 314.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 255 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 97.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1m1oC ![]() 1m1tC ![]() 1m3kC ![]() 1m4sC ![]() 1m4tC ![]() 1dluS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 40509.145 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C89A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ACO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: lithium sulphate, ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.09785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→50 Å / Num. all: 148799 / Num. obs: 148799 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.95 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 17964 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 93.3 |
Reflection | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.08 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 93.3 % / Rmerge(I) obs: 0.353 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1DLU Resolution: 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.871 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Num. reflection obs: 141952 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
|