PDB-2vu1: Biosynthetic thiolase from Z. ramigera. Complex of with O-panthet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vu1

タイトル

Biosynthetic thiolase from Z. ramigera. Complex of with O-pantheteine- 11-pivalate.

要素

ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / PHB BIOSYNTHESIS / THIOLASE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Kursula, P. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: The Sulfur Atoms of the Substrate Coa and the Catalytic Cysteine are Required for a Productive Mode of Substrate Binding in Bacterial Biosynthetic Thiolase, a Thioester-Dependent Enzyme.
著者: Merilainen, G. / Schmitz, W. / Wierenga, R.K. / Kursula, P.

履歴

登録	2008年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Advisory / Data collection カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年7月10日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vu1.cif.gz	313.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vu1.ent.gz	255.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vu1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vtzC 2vu0C 2vu2C 1dlu 1dlv 1dm3 1m1o 1m1t 1m3k 1m3z 1m4s 1m4t 1nl7 1ou6 1qfl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ss6-1 4n44-1 6arg-d 1m3z-d 1qfl-d 5xyj-1 1m4s-d 1wl5-1 1ou6-d 2vtz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (13) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

B: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

C: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

D: ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.298, 78.737, 148.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	THR	THR	A	A	2 - 392	2 - 392
2	SER	SER	B	B	1 - 392	1 - 392
3	THR	THR	C	C	2 - 392	2 - 392
4	PRO	PRO	D	D	3 - 392	3 - 392

#1: タンパク質	ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE / ACETOACETYL-COA THIOLASE / BIOSYNTHETIC THIOLASE 分子量: 40557.211 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZOOGLOEA RAMIGERA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-OPI / PANTOTHENYL-AMINOETHANOL-11-PIVALIC ACID 分子量: 346.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀N₂O₆
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.41 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 / 詳細: pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.8416
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8416 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→20 Å / Num. obs: 284637 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.51→1.55 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0028	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 3.782 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24726	2742	1 %	RANDOM
R_work	0.21543	-	-	-
obs	0.21574	271302	92.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11311	0	74	1096	12481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	11726
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.709	1.962	15894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.031	3	19187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.031	5.055	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.817	24.317	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.48	15	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.579	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	13458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	9059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	5819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	6465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.273	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.279	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.373	2	7768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	3	12288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.763	4	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.901	5	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4519 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.25	0.3
medium positional	0.29	0
medium positional	0.3	0
medium positional	0.32	0
medium thermal	1.55	5
medium thermal	1.49	0
medium thermal	1.67	0
medium thermal	1.69	0

LS精密化シェル

解像度: 1.51→1.549 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.392	133
R_work	0.351	13045

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.767	-0.2447	-0.031	0.801	-0.0779	0.3146	-0.0197	-0.0457	-0.0868	0.0475	0.037	-0.022	0.0326	-0.0254	-0.0173	-0.1197	0.0016	0.0164	-0.0993	0.004	-0.1085	30.9258	-12.7969	6.1236
2	0.7425	-0.2398	0.072	0.894	0.0686	0.2819	-0.0274	-0.0374	0.0831	0.0526	0.0374	-0.0256	-0.0273	0.022	-0.0099	-0.1211	0.0022	0.0101	-0.1012	-0.0021	-0.0986	11.2109	12.5651	6.0619
3	0.5952	-0.1667	0.0896	1.2198	-0.0365	1.1657	0.0597	0.0292	-0.0269	0.1821	-0.0331	-0.1953	-0.0117	0.115	-0.0266	0.3327	0.0464	-0.1271	0.1152	-0.0077	0.0107	38.7631	-2.9649	61.2725
4	0.7574	-0.327	-0.1303	1.6569	0.4931	1.4502	0.0514	0.0129	-0.088	0.2888	-0.2351	0.4956	0.0533	-0.4663	0.1838	0.3296	0.0285	0.0022	0.2867	-0.0862	0.1403	7.3601	3.7797	63.0355
5	1.9406	0.0266	0.451	4.2588	-0.2578	2.0974	-0.3207	-0.311	-0.009	0.7488	0.2976	0.0434	-0.0992	-0.0906	0.0231	0.1796	0.1346	-0.01	0.0928	-0.0029	-0.0601	21.3203	0.0683	34.0973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1393
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	141 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1393
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	141 - 392
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	141 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	141 - 392
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	130 - 140
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	130 - 140
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	130 - 140
14	X-RAY DIFFRACTION	5	D	130 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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