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万見
- PDB-7lbt: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lbt
タイトルCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードGENE REGULATION/INHIBITOR / BET / ERK5 / dual BRD-kinase inhibitor / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VYJ / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Karim, M.R. / Bikowitz, M.J. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Bromodomain-containing protein 3
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9128
ポリマ－52,3574
非ポリマー2,5554
水1,40578
1
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,0891
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,0891
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,0891
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7282
ポリマ－13,0891
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.290, 165.190, 108.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))
21(chain B and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))
31(chain C and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))
41(chain D and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))AA308 - 3673 - 62
12GLUGLUMETMET(chain A and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))AA369 - 41064 - 105
13PHEPHEPROPRO(chain A and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))AA412 - 416107 - 111
21LEULEUGLYGLY(chain B and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))BB308 - 3673 - 62
22GLUGLUMETMET(chain B and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))BB369 - 41064 - 105
23PHEPHEPROPRO(chain B and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))BB412 - 416107 - 111
31LEULEUGLYGLY(chain C and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))CC308 - 3673 - 62
32GLUGLUMETMET(chain C and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))CC369 - 41064 - 105
33PHEPHEPROPRO(chain C and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))CC412 - 416107 - 111
41LEULEUGLYGLY(chain D and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))DD308 - 3673 - 62
42GLUGLUMETMET(chain D and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))DD369 - 41064 - 105
43PHEPHEPROPRO(chain D and (resid 308 through 367 or resid 369 through 410 or resid 412 through 416))DD412 - 416107 - 111

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要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13089.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物
ChemComp-VYJ / 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 638.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H46N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1. ...詳細: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.4 Å / Num. obs: 24881 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.421 % / Biso Wilson estimate: 27.984 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 13.52 / Num. measured all: 184642 / Scaling rejects: 36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.777.510.673.7413586184218090.8930.71998.2
2.77-2.857.4840.6153.9513247179817700.90.66198.4
2.85-2.937.5030.5164.612762172617010.9230.55498.6
2.93-3.027.5080.4645.0412621170616810.9340.49898.5
3.02-3.127.5050.3865.912211164516270.9520.41598.9
3.12-3.237.5090.2927.811826158915750.9680.31399.1
3.23-3.357.4680.2289.7211336152815180.9790.24599.3
3.35-3.497.4940.17312.8910904146614550.9880.18699.2
3.49-3.647.4780.14315.2510663143914260.9920.15499.1
3.64-3.827.4590.12217.2710129136413580.9930.13199.6
3.82-4.037.4220.10718.979648130713000.9960.11599.5
4.03-4.277.4580.09720.959047121912130.9960.10499.5
4.27-4.567.3140.08922.38528117011660.9960.09699.7
4.56-4.937.4250.08223.717952107410710.9970.08899.7
4.93-5.47.3540.08621.977450101410130.9970.09299.9
5.4-6.047.2950.11716.8665959059040.9940.12699.9
6.04-6.977.2950.10118.7859168148110.9960.10999.6
6.97-8.547.1360.05828.7449816986980.9990.062100
8.54-12.086.8470.03741.137525505480.9990.0499.6
12.08-19.46.2780.03437.7214883252370.9990.03872.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L9L

7l9l


解像度: 2.7→19.4 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 996 4 %
Rwork0.1931 23880 -
obs0.1947 24876 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.46 Å2 / Biso mean: 26.7621 Å2 / Biso min: 13.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→19.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3651 0 188 78 3917
Biso mean--49.55 18.73 -
残基数----441
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1272X-RAY DIFFRACTION6.744TORSIONAL
12B1272X-RAY DIFFRACTION6.744TORSIONAL
13C1272X-RAY DIFFRACTION6.744TORSIONAL
14D1272X-RAY DIFFRACTION6.744TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.84190.33451400.2696335098
2.8419-3.01940.29521390.254334399
3.0194-3.25150.32381400.2513336099
3.2515-3.57680.22521420.1896339999
3.5768-4.09020.20031410.1692340099
4.0902-5.13730.18341440.15083456100
5.1373-19.40.18881500.16773572100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.3268 Å / Origin y: -26.4237 Å / Origin z: -0.7802 Å
111213212223313233
T0.1604 Å2-0.0082 Å2-0.0111 Å2-0.1819 Å2-0.0084 Å2--0.1736 Å2
L0.1409 °2-0.0251 °2-0.0461 °2-0.278 °2-0.2251 °2--0.3884 °2
S-0.0059 Å °-0.0162 Å °0.0061 Å °0.0432 Å °0.0125 Å °-0.0119 Å °-0.0601 Å °-0.0542 Å °-0.0075 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA306 - 416
2X-RAY DIFFRACTION1allB308 - 416
3X-RAY DIFFRACTION1allC307 - 416
4X-RAY DIFFRACTION1allD306 - 416
5X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allQ1 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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