PDB-7lax: Pseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase (G150T-2) at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lax

タイトル

Pseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase (G150T-2) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / DJ-1/PfpI superfamily

機能・相同性

DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.198 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lax.cif.gz	109.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lax.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lax_validation.pdf.gz	416.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lax_full_validation.pdf.gz	418.1 KB	表示
XML形式データ	7lax_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7lax_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lax	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9sC 7l9wC 7l9zC 7la0C 7la3C 7lavC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lb9-1 6unf-d 7ldm-1 6und-d 7la3-d 6ni4-1 2r7k-d 6ij9-2 7lav-1 6ni7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isonitrile hydratase InhA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.295, 59.716, 69.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.876, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-375- HOH
2	1	A-484- HOH

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 25% PEG 3350, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100MM TRIS-HCL, PH 8.6, 2 MM Dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.198→35.22 Å / Num. obs: 66132 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.198→1.22 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3293 / CC_1/2: 0.334 / R_rim(I) all: 2.243 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ni4

6ni4

解像度: 1.198→35.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / SU B: 1.309 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1447	1994	3.015 %	random
R_work	0.1241	64138	-	-
all	0.125	-	-	-
obs	-	66132	98.031 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.442 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	-0 Å²	-0.029 Å²
2-	-	0.229 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.221 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.198→35.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1673	0	0	195	1868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.64	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.503	1.572	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.809	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.432	20.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.663	15	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.391	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.167	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.486	1.458	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.481	1.454	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.823	2.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.825	2.202	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.05	1.914	920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.049	1.915	921
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.543	2.726	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.542	2.728	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.109	19.235	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.989	18.823	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.544	3	3832

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.198-1.229	0.257	132	0.271	4501	X-RAY DIFFRACTION	93.8424
1.229-1.263	0.275	128	0.247	4438	X-RAY DIFFRACTION	93.8734
1.263-1.3	0.263	157	0.224	4542	X-RAY DIFFRACTION	99.4497
1.3-1.34	0.239	151	0.193	4390	X-RAY DIFFRACTION	99.3002
1.34-1.383	0.186	134	0.173	4280	X-RAY DIFFRACTION	99.5714
1.383-1.432	0.163	108	0.143	4113	X-RAY DIFFRACTION	99.1311
1.432-1.486	0.14	139	0.121	3934	X-RAY DIFFRACTION	98.8352
1.486-1.547	0.134	120	0.105	3759	X-RAY DIFFRACTION	96.7573
1.547-1.615	0.117	123	0.096	3595	X-RAY DIFFRACTION	95.9732
1.615-1.694	0.13	128	0.091	3486	X-RAY DIFFRACTION	99.8067
1.694-1.786	0.123	96	0.087	3372	X-RAY DIFFRACTION	99.6265
1.786-1.894	0.134	98	0.092	3184	X-RAY DIFFRACTION	99.4847
1.894-2.024	0.118	79	0.092	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.4205
2.024-2.186	0.124	89	0.1	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.0201
2.186-2.394	0.143	66	0.106	2539	X-RAY DIFFRACTION	97.3468
2.394-2.676	0.136	63	0.114	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.8338
2.676-3.089	0.15	60	0.131	2066	X-RAY DIFFRACTION	99.5318
3.089-3.78	0.131	55	0.127	1746	X-RAY DIFFRACTION	98.956
3.78-5.33	0.116	46	0.115	1329	X-RAY DIFFRACTION	97.2419
5.33-35.22	0.159	22	0.163	782	X-RAY DIFFRACTION	99.6283

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