PDB-7lav: Pseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase (G150T-1) at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lav

タイトル

Pseudomonas fluorescens G150T isocyanide hydratase (G150T-1) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / DJ-1/PfpI superfamily

機能・相同性

: / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.149 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lav.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lav.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lav_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lav_full_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示
XML形式データ	7lav_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	7lav_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7lav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9sC 7l9wC 7l9zC 7la0C 7la3C 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ldm-1 6ni4-1 6unf-d 6und-d 3noo-d 7ldo-1 6npq-d 7ldi-1 6foq-1 7la3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isonitrile hydratase InhA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.295, 59.716, 69.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.876, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-376- HOH
2	1	A-483- HOH

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24224.699 Da / 分子数: 1 / 変異: G150T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100MM TRIS-HCL, PH 8.6, 2 MM dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.149→39.5 Å / Num. obs: 74206 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.149→1.17 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3528 / CC_1/2: 0.366 / R_rim(I) all: 1.72 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0266	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NI4

6ni4

解像度: 1.149→39.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.986 / SU B: 1.237 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1425	2238	3.016 %	random
R_work	0.1272	71968	-	-
all	0.128	-	-	-
obs	-	74206	97.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.127 Å²	-0 Å²	-0.129 Å²
2-	-	0.029 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.152 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.149→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1673	0	0	195	1868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.641	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.573	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.811	5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.343	20.097	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.601	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.422	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	939
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.142	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.362	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.175	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.523	1.437	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.516	1.434	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.005	2.169	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.007	2.171	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.99	1.899	932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.989	1.901	933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.629	2.706	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.628	2.707	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.283	18.96	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.028	18.529	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.558	3	3882

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.149-1.179	0.307	161	0.283	5135	X-RAY DIFFRACTION	94.4197
1.179-1.212	0.254	144	0.263	4990	X-RAY DIFFRACTION	94.081
1.212-1.247	0.259	144	0.245	5052	X-RAY DIFFRACTION	96.6518
1.247-1.285	0.228	170	0.216	4822	X-RAY DIFFRACTION	97.064
1.285-1.327	0.224	169	0.201	4752	X-RAY DIFFRACTION	97.2145
1.327-1.374	0.189	129	0.17	4578	X-RAY DIFFRACTION	97.4938
1.374-1.425	0.189	133	0.147	4490	X-RAY DIFFRACTION	98.1529
1.425-1.484	0.133	143	0.124	4240	X-RAY DIFFRACTION	96.9905
1.484-1.55	0.13	128	0.101	4004	X-RAY DIFFRACTION	95.7368
1.55-1.625	0.128	133	0.094	3963	X-RAY DIFFRACTION	98.6275
1.625-1.713	0.14	130	0.093	3759	X-RAY DIFFRACTION	98.8561
1.713-1.817	0.131	111	0.089	3607	X-RAY DIFFRACTION	98.883
1.817-1.942	0.116	104	0.096	3368	X-RAY DIFFRACTION	98.9174
1.942-2.097	0.102	79	0.096	3080	X-RAY DIFFRACTION	97.1402
2.097-2.297	0.118	90	0.101	2828	X-RAY DIFFRACTION	96.6545
2.297-2.568	0.134	66	0.112	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.451
2.568-2.963	0.145	76	0.124	2337	X-RAY DIFFRACTION	99.4232
2.963-3.626	0.135	55	0.129	1953	X-RAY DIFFRACTION	98.4314
3.626-5.115	0.124	48	0.111	1480	X-RAY DIFFRACTION	95.0249
5.115-39.5	0.11	25	0.161	879	X-RAY DIFFRACTION	99.7793

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