PDB-7la3: Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-3) at 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7la3

タイトル

Pseudomonas fluorescens G150A isocyanide hydratase (G150A-3) at 274K, Refmac5-refined

要素

Isonitrile hydratase InhA

キーワード

LYASE / DJ-1/PfpI superfamily

機能・相同性

DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like / regulation of DNA-templated transcription / Isonitrile hydratase InhA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.349 Å

データ登録者

Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM139978	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM123159	米国

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2021
タイトル: Reproducibility of protein x-ray diffuse scattering and potential utility for modeling atomic displacement parameters.
著者: Su, Z. / Dasgupta, M. / Poitevin, F. / Mathews, I.I. / van den Bedem, H. / Wall, M.E. / Yoon, C.H. / Wilson, M.A.

履歴

登録	2021年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7la3.cif.gz	219.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7la3.ent.gz	174 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7la3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7la3_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7la3_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	7la3_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	7la3_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/7la3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7l9qC 7l9sC 7l9wC 7l9zC 7la0C 7lavC 7laxC 7lb9C 7lbhC 7lbiC 7lcxC 7ld6C 7ld7C 7ldbC 7ldiC 7ldmC 7ldoC 6ni5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ldb-d 7l9q-d 6ni7-d 6ni4-1 7la0-d 7ld6-d 7lcx-d 3noq-d 7lb9-1 6npq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isonitrile hydratase InhA

B: Isonitrile hydratase InhA

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.318, 58.245, 69.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.744, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isonitrile hydratase InhA 分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア) 株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Isonitrile hydratase InhA

分子量: 24194.674 Da / 分子数: 2 / 変異: G150A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (バクテリア)
株: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / 遺伝子: inhA, PFL_4109 / プラスミド: pet15b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4K977

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 23% PEG 3350, 100MM TRIS-HCL PH 8.6, 200 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 2 MM DITHIOTHREITOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 274 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.349→39.17 Å / Num. obs: 85576 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.349→1.38 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4083 / CC_1/2: 0.264 / R_rim(I) all: 1.384 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NI5

6ni5

解像度: 1.349→39.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 2.533 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1554	2602	3.065 %	random
R_work	0.1201	82293	-	-
all	0.121	-	-	-
obs	-	84895	91.948 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.249 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.261 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.349→39.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	0	323	3697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.643	6299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.423	1.573	9971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.379	5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.001	20.782	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.206	15	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.215	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.537	1.585	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.529	1.582	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.952	2.379	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.955	2.381	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.191	1.992	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.191	1.994	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.738	2.852	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.738	2.854	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.108	19.914	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.027	19.631	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.53	3	8866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.349-1.384	0.334	176	0.297	5658	X-RAY DIFFRACTION	85.6304
1.384-1.422	0.313	191	0.263	5893	X-RAY DIFFRACTION	92.6168
1.422-1.463	0.237	191	0.233	5855	X-RAY DIFFRACTION	93.6783
1.463-1.508	0.216	183	0.194	5718	X-RAY DIFFRACTION	93.7858
1.508-1.558	0.209	153	0.169	5258	X-RAY DIFFRACTION	89.6603
1.558-1.612	0.198	169	0.142	5246	X-RAY DIFFRACTION	91.9199
1.612-1.673	0.18	153	0.127	5303	X-RAY DIFFRACTION	96.0056
1.673-1.741	0.158	159	0.102	5023	X-RAY DIFFRACTION	95.3099
1.741-1.819	0.152	174	0.096	4805	X-RAY DIFFRACTION	94.7479
1.819-1.907	0.137	133	0.086	4585	X-RAY DIFFRACTION	94.4923
1.907-2.011	0.129	148	0.082	4343	X-RAY DIFFRACTION	94.2497
2.011-2.132	0.133	140	0.089	3980	X-RAY DIFFRACTION	91.4539
2.132-2.279	0.127	97	0.086	3486	X-RAY DIFFRACTION	84.2464
2.279-2.462	0.125	134	0.088	3605	X-RAY DIFFRACTION	94.5625
2.462-2.696	0.125	104	0.1	3308	X-RAY DIFFRACTION	93.8394
2.696-3.014	0.142	88	0.115	2988	X-RAY DIFFRACTION	92.4835
3.014-3.479	0.147	71	0.119	2564	X-RAY DIFFRACTION	90.2706
3.479-4.258	0.151	47	0.107	2012	X-RAY DIFFRACTION	83.1583
4.258-6.008	0.143	62	0.118	1685	X-RAY DIFFRACTION	90.1445
6.008-39.17	0.13	29	0.146	978	X-RAY DIFFRACTION	90.5575

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関連情報:EMDBヘッダ

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