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- PDB-7l4z: Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l4z
タイトルStructure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with cyclic peptide
要素
  • ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / COVID-19 / spike / RBD / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Christie, M. / Mackay, J.P. / Passioura, T. / Payne, R.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1194941 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Cyclic Peptide Ligands to the SARS-CoV-2 Spike Protein Using mRNA Display.
著者: Norman, A. / Franck, C. / Christie, M. / Hawkins, P.M.E. / Patel, K. / Ashhurst, A.S. / Aggarwal, A. / Low, J.K.K. / Siddiquee, R. / Ashley, C.L. / Steain, M. / Triccas, J.A. / Turville, S. / ...著者: Norman, A. / Franck, C. / Christie, M. / Hawkins, P.M.E. / Patel, K. / Ashhurst, A.S. / Aggarwal, A. / Low, J.K.K. / Siddiquee, R. / Ashley, C.L. / Steain, M. / Triccas, J.A. / Turville, S. / Mackay, J.P. / Passioura, T. / Payne, R.J.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Spike protein S1
D: Spike protein S1
A: Spike protein S1
C: Spike protein S1
E: Spike protein S1
S: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
T: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
R: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
U: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
V: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,25017
ポリマ－138,70210
非ポリマー1,5487
水00
1
B: Spike protein S1
S: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9623
ポリマ－27,7402
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
2
D: Spike protein S1
T: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1834
ポリマ－27,7402
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
3
A: Spike protein S1
R: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1834
ポリマ－27,7402
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
4
C: Spike protein S1
U: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9623
ポリマ－27,7402
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
5
E: Spike protein S1
V: ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9623
ポリマ－27,7402
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)284.920, 284.920, 156.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
33
43
53

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRPHEPHE(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC333 - 33815 - 20
121VALVALARGARG(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC341 - 35523 - 37
131ARGARGVALVAL(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC357 - 36739 - 49
141ASNASNVALVAL(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC370 - 40152 - 83
151GLYGLYGLUGLU(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC404 - 40686 - 88
161GLNGLNPROPRO(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC409 - 52191 - 203
171VALVALCYSCYS(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AC524 - 525206 - 207
181NAGNAGNAGNAG(chain 'A' and (resid 331 or resid 333 through 339...AO602
211THRTHRPHEPHE(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB333 - 33815 - 20
221VALVALARGARG(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB341 - 35523 - 37
231ARGARGVALVAL(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB357 - 36739 - 49
241ASNASNVALVAL(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB370 - 40152 - 83
251GLYGLYGLUGLU(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB404 - 40686 - 88
261GLNGLNPROPRO(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB409 - 52191 - 203
271VALVALCYSCYS(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DB524 - 525206 - 207
281NAGNAGNAGNAG(chain 'D' and (resid 331 or resid 333 through 339...DM602
112THRTHRVALVAL(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA333 - 34115 - 23
122ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA34426
132PHEPHEVALVAL(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA347 - 36729 - 49
142ASNASNPROPRO(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA370 - 38452 - 66
152LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA387 - 40169 - 83
162GLYGLYARGARG(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA404 - 45486 - 136
172ARGARGGLUGLU(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA457 - 471139 - 153
182CYSCYSGLUGLU(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA480 - 484162 - 166
192CYSCYSVALVAL(chain 'B' and (resid 333 through 342 or resid 344...BA488 - 524170 - 206
212THRTHRVALVAL(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE333 - 34115 - 23
222ALAALAALAALA(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE34426
232PHEPHEVALVAL(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE347 - 36729 - 49
242ASNASNPROPRO(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE370 - 38452 - 66
252LEULEUVALVAL(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE387 - 40169 - 83
262GLYGLYARGARG(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE404 - 45486 - 136
272ARGARGGLUGLU(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE457 - 471139 - 153
282CYSCYSGLUGLU(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE480 - 484162 - 166
292CYSCYSVALVAL(chain 'E' and (resid 333 through 342 or resid 344...EE488 - 524170 - 206
113DTYDTYASNASN(chain 'R' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))RH1 - 102 - 11
123ILEILEARGARG(chain 'R' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))RH13 - 1414 - 15
213DTYDTYASNASN(chain 'S' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))SF1 - 102 - 11
223ILEILEARGARG(chain 'S' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))SF13 - 1414 - 15
313DTYDTYASNASN(chain 'T' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))TG1 - 102 - 11
323ILEILEARGARG(chain 'T' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))TG13 - 1414 - 15
413DTYDTYASNASN(chain 'U' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))UI1 - 102 - 11
423ILEILEARGARG(chain 'U' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))UI13 - 1414 - 15
513DTYDTYASNASN(chain 'V' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))VJ1 - 102 - 11
523ILEILEARGARG(chain 'V' and (resid 0 through 11 or resid 13 through 15 or resid 16))VJ13 - 1414 - 15

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 25951.219 Da / 分子数: 5 / 断片: Receptor-binding domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質・ペプチド
ACE-DTY-LYS-ALA-GLY-VAL-VAL-TYR-GLY-TYR-ASN-ALA-TRP-ILE-ARG-CYS-NH2


分子量: 1789.090 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000, 12% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.96→48.85 Å / Num. obs: 21115 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 119.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.96→4.28 Å / 冗長度: 19.3 % / Num. unique obs: 4246 / CC1/2: 0.959 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.96→48.39 Å / SU ML: 0.452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.4092 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 1059 5.05 %
Rwork0.2566 19924 -
obs0.2578 20983 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 157.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.96→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8596 0 98 0 8694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00428968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.737312207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04851288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.74155139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.96-4.140.34061320.32942395X-RAY DIFFRACTION96.75
4.14-4.360.32421140.28262447X-RAY DIFFRACTION98.35
4.36-4.630.2751510.24612476X-RAY DIFFRACTION99.28
4.63-4.990.27631440.24322492X-RAY DIFFRACTION99.81
4.99-5.490.27991420.25842479X-RAY DIFFRACTION99.66
5.49-6.280.27811460.26822495X-RAY DIFFRACTION99.77
6.28-7.910.27911030.25632556X-RAY DIFFRACTION99.92
7.91-48.390.26311270.23562584X-RAY DIFFRACTION99.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 328 through 526)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 331 through 533)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 328 through 526)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 331 through 532)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 333 through 533)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'S' and resid 0 through 15)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'T' and resid 0 through 15)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'R' and resid 0 through 15)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'U' and resid 0 through 15)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'V' and resid 0 through 15)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る