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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l04 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Adeno-Associated Virus Porcine Origin capsid protein in complex with Importin-alpha 2 | |||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Complex / transport / Nuclear Localization | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / T=1 icosahedral viral capsid / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / T=1 icosahedral viral capsid / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / structural molecule activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hoad, M. / Forwood, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Adeno-Associated Virus Porcine Origin capsid protein in complex with Importin-alpha 2 著者: Hoad, M. / Forwood, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6bw0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1265.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M Na citrate, 0.01M DTT, 0.1M HEPES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→44.67 Å / Num. obs: 33929 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.888 / Num. unique obs: 3034 / CC1/2: 0.759 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6bw0 解像度: 2.26→44.67 Å / SU ML: 0.278 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3607 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→44.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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