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- PDB-7kz6: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 with bound co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kz6
タイトルCrystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 with bound cofactor PMP
要素Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity
類似検索 - 分子機能
: / NTD biosynthesis operon protein NtdA, N-terminal domain / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / KabA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85.
著者: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,66636
ポリマ－203,9364
非ポリマー2,73132
水21,8701214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed ...根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed molecular weight based on Native (non-denaturing) gel electrophoresis analysis.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.530, 66.640, 112.220
Angle α, β, γ (deg.)77.420, 81.060, 88.340
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme / KabA


分子量: 50983.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: kabA, GE376_30835 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JRF5, aspartate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.814 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.88 Å / Num. obs: 213145 / % possible obs: 95.31 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03571 / Rpim(I) all: 0.02951 / Rrim(I) all: 0.04656 / Net I/σ(I): 12.87
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3399 / Num. unique obs: 21216 / CC1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.2905 / Rrim(I) all: 0.4488 / % possible all: 94.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2398精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KZ3

7kz3


解像度: 1.65→46.876 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 10658 5 %
Rwork0.1677 202478 -
obs0.1694 213136 95.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.82 Å2 / Biso mean: 34.9603 Å2 / Biso min: 11.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→46.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14127 0 176 1216 15519
Biso mean--37.19 37.8 -
残基数----1753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01314665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27519736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0762213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3228990
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.65-1.66880.27963530.2348669794
1.6688-1.68840.26863490.2322664195
1.6884-1.7090.2543590.2191681795
1.709-1.73060.24613510.212667695
1.7306-1.75340.2533580.2063680395
1.7534-1.77740.24933480.2014660995
1.7774-1.80280.24773580.2049680595
1.8028-1.82970.26433510.2144666295
1.8297-1.85830.25513570.2066677495
1.8583-1.88880.23583530.1963670295
1.8888-1.92130.23453540.1907672695
1.9213-1.95630.21253600.1853685495
1.9563-1.99390.21633490.1793662195
1.9939-2.03460.2143590.1714681896
2.0346-2.07880.20443580.1686681596
2.0788-2.12720.19873530.1689670595
2.1272-2.18040.22013540.1684672695
2.1804-2.23930.22983560.1721675195
2.2393-2.30520.20493580.1685681496
2.3052-2.37960.21623600.1686684396
2.3796-2.46470.23560.1661675695
2.4647-2.56340.2113560.1679676896
2.5634-2.680.20473570.1701678496
2.68-2.82130.21723570.1766678796
2.8213-2.9980.19943550.1754674595
2.998-3.22950.20693510.1737666895
3.2295-3.55440.17893570.1621677195
3.5544-4.06840.16883540.1443673595
4.0684-5.12480.1643590.1388681296
5.1248-46.8760.18653580.1572679396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6755-0.08840.81472.816-1.30171.32110.12480.18230.4693-0.1558-0.06720.1877-0.6211-0.25820.00170.4220.0574-0.01070.20330.01350.2793-2.175413.6067-16.0539
20.4679-0.3319-0.08961.06180.24041.35730.04090.10470.0178-0.2227-0.11210.0963-0.1703-0.1040.00580.1632-0.0434-0.01870.1962-0.00060.20942.9896-3.3842-8.9213
33.0388-0.18240.84352.24590.39123.1558-0.0952-0.10150.11390.19-0.07230.1546-0.1864-0.28250.09110.1335-0.05770.01120.2167-0.00690.20171.527-1.558115.0034
41.5734-0.03570.55131.16970.74932.9869-0.0667-0.19350.20680.18010.0532-0.028-0.3740.10280.06460.2636-0.0678-0.03630.2395-0.03940.28857.39286.880314.7875
50.7669-0.40470.13740.88260.05611.35470.0113-0.01740.078-0.1036-0.0414-0.0122-0.1730.13310.04280.1258-0.0784-0.00040.15560.00320.17529.3405-3.213-3.1226
62.92-0.0499-1.22870.1558-0.38131.85080.4512-0.04070.4241-0.2052-0.26040.4654-0.5911-0.2624-0.14990.18060.03050.01210.25-0.10480.4131-15.42888.09242.5588
72.051-0.3091-0.34821.53130.14050.8247-0.0754-0.2889-0.0990.1628-0.04270.28010.0689-0.4242-0.19340.1056-0.05470.02860.3054-0.05770.3343-15.3195-4.93967.8936
81.70880.86440.44152.4818-0.08620.4502-0.31590.2936-0.5216-0.37830.1343-0.18250.59020.2354-0.00930.57770.0470.10020.2822-0.0420.359818.1406-45.6977-20.6764
90.5644-0.15090.42231.2590.14341.66530.03070.114-0.079-0.2539-0.13950.10060.32770.24090.12580.23930.0070.0160.24890.00830.212712.8501-25.1431-15.9819
101.0644-0.1178-0.15211.40210.70311.9246-0.0499-0.2381-0.14170.39140.0357-0.01820.64830.3972-0.04140.36180.06130.03270.26370.06380.219120.9294-31.4997.8745
110.2852-0.392-0.19482.0686-0.1171.9804-0.1132-0.1365-0.02990.282-0.02770.42790.2078-0.27230.05950.2416-0.08220.06180.2604-0.00030.32772.5998-22.968.3829
122.0858-0.05680.52141.5690.45042.4632-0.01720.0945-0.01460.03790.1083-0.34040.61690.95080.00220.16150.19870.04510.48450.01620.229334.7415-30.1468-7.7624
131.4386-0.28840.49533.3561-0.26241.8155-0.1798-0.2702-0.20590.48450.2564-0.21830.36960.4836-0.05160.30270.1175-0.01320.52920.04680.262825.3773-19.4116-37.3145
140.7292-0.6907-0.27110.84880.67360.5724-0.1657-0.3092-0.21610.29290.1418-0.12530.36350.0924-0.04040.40330.01120.03570.2910.06920.29543.062-18.9866-39.5374
154.9311-1.6279-1.59692.04670.49821.8568-0.05150.07560.5246-0.03260.0019-0.1093-0.50020.06890.05580.3043-0.1308-0.04340.2343-0.01530.195510.04941.7125-44.3432
160.9424-0.0316-0.00071.7130.4682.4117-0.00390.12110.0032-0.3565-0.0527-0.1061-0.20030.3690.05650.2513-0.08310.02670.20350.03940.212715.5851-7.3207-68.2116
170.7201-0.5584-0.06471.3540.01031.9073-0.0239-0.07360.1272-0.10850.0144-0.0395-0.43340.12930.01770.2541-0.0997-0.02020.15720.00610.18749.13130.8055-55.9427
180.9517-0.27340.00741.2770.2041.9449-0.0789-0.0034-0.2886-0.0975-0.00260.04060.52820.2819-0.02190.28350.00960.05870.14650.03580.262312.0173-27.1877-58.2536
192.64191.02960.24551.10640.0730.04720.0843-0.36760.1640.2023-0.37210.6735-0.1398-0.63820.12910.29850.0959-0.0020.6437-0.13460.4091-31.57635.2298-35.0249
201.1143-0.7863-0.40511.47820.46061.5372-0.1458-0.31290.13620.0181-0.06480.0342-0.5426-0.28240.00910.35890.069-0.03320.2839-0.02480.2104-8.89014.7406-34.2834
211.60670.0502-0.59421.24970.35771.95710.04170.34850.0304-0.3333-0.11840.2279-0.4431-0.6725-0.1250.33270.1129-0.1070.3983-0.05340.2665-16.92844.9927-61.7304
222.56-0.3221-0.36540.91160.46021.9292-0.05980.1592-0.5187-0.1236-0.12780.16050.1448-0.23160.11830.2647-0.0632-0.03870.2565-0.05150.3099-9.0702-11.2222-63.8761
231.3929-0.17-0.40891.7893-0.05372.18340.11220.00210.3568-0.1452-0.08990.0383-0.9576-0.5676-0.14410.58620.2195-0.0510.2554-0.04430.3077-15.504621.1828-47.7441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 47 )A6 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 158 )A48 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 185 )A159 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 229 )A186 - 229
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6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 335 through 358 )A335 - 358
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 67 )B6 - 67
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 102 through 121 )C102 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 122 through 229 )C122 - 229
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 230 through 303 )C230 - 303
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 304 through 443 )C304 - 443
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 5 through 67 )D5 - 67
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 68 through 101 )D68 - 101
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 102 through 262 )D102 - 262
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 263 through 303 )D263 - 303
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 304 through 443 )D304 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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