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- PDB-7kz3: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kz3
タイトルCrystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex with the internal aldimine
要素Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / NTD biosynthesis operon protein NtdA, N-terminal domain / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85.
著者: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,17775
ポリマ－204,8484
非ポリマー4,32971
水25,8701436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed ...根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed molecular weight based on Native (non-denaturing) gel electrophoresis analysis.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.460, 66.680, 111.830
Angle α, β, γ (deg.)81.080, 77.410, 88.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme / KabA


分子量: 51212.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LLP is a modified residue between K and PLP as internal aldimine.
由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: kabA, GE376_30835 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JRF5, aspartate transaminase
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.814 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→46.2441 Å / Num. obs: 251426 / % possible obs: 93.56 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03018 / Rpim(I) all: 0.02732 / Rrim(I) all: 0.04084 / Net I/σ(I): 16.29
反射 シェル解像度: 1.55→1.605 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.2868 / Mean I/σ(I) obs: 2.87 / Num. unique obs: 25082 / CC1/2: 0.845 / CC star: 0.957 / Rpim(I) all: 0.2606 / % possible all: 93.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2398精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K2B

4k2b


解像度: 1.55→46.2441 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1809 12569 5 %
Rwork0.1496 238844 -
obs0.1512 251413 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.17 Å2 / Biso mean: 25.3163 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→46.2441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14208 0 278 1436 15922
Biso mean--36.83 34.39 -
残基数----1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01914791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6919828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1242221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2859031
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.55-1.56760.25184170.2126792394
1.5676-1.58610.24114220.2022800693
1.5861-1.60540.22994150.1995790094
1.6054-1.62570.22254250.1918807393
1.6257-1.64710.21514180.1809792794
1.6471-1.66970.2094240.1775806894
1.6697-1.69350.21144200.1802797294
1.6935-1.71880.23524170.1802792994
1.7188-1.74570.19984220.1717801294
1.7457-1.77430.20974170.1681791894
1.7743-1.80490.21584220.1672801794
1.8049-1.83770.20714170.1593793994
1.8377-1.87310.20674170.1561792193
1.8731-1.91130.18044190.1489795493
1.9113-1.95290.19234190.1498795893
1.9529-1.99830.17734110.1485781693
1.9983-2.04830.17924130.1504783492
2.0483-2.10360.18084100.1487780091
2.1036-2.16550.18814130.1465784192
2.1655-2.23540.1814050.1413770891
2.2354-2.31530.16774100.1385777291
2.3153-2.4080.17364100.142780392
2.408-2.51760.19384140.149786792
2.5176-2.65030.17094160.1511790692
2.6503-2.81640.19024180.1547794194
2.8164-3.03380.18944240.152807795
3.0338-3.3390.16824320.1467819596
3.339-3.8220.15494330.1339822597
3.822-4.81450.15154380.1256832198
4.8145-46.24410.17974310.1539822197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3487-0.0979-0.76611.16091.13411.52330.21830.1475-0.4728-0.1574-0.07280.0270.43240.21280.06470.30290.0469-0.02350.1871-0.04010.24951.2384-13.5585-15.8576
20.9675-0.2934-0.0780.76480.23730.36210.12330.159-0.0934-0.2546-0.1011-0.0934-0.01030.0676-0.01490.28570.02160.04310.2417-0.00080.16136.61472.6449-18.753
31.3185-1.83430.19196.2275-1.28790.88390.07830.0059-0.1852-0.1228-0.11240.6025-0.0608-0.1561-0.00330.1503-0.0294-0.04060.2078-0.04110.1754-16.24954.21-11.256
41.02710.12970.33450.71910.16821.1533-0.0229-0.2472-0.14860.1090.01420.03850.1399-0.09250.04160.1125-0.03950.02680.17050.03260.1494-7.8079-1.475212.6823
51.0539-0.375-0.04290.51150.01250.67310.0277-0.0065-0.1059-0.0714-0.030.07630.0512-0.09280.00690.1046-0.03530.00380.0972-0.00770.1171-9.51263.0085-3.046
63.54730.01341.40931.07680.47491.79920.2704-0.2203-0.53210.0086-0.0172-0.08920.41050.0986-0.17360.15710.0258-0.01090.16420.03280.211515.1477-8.1382.556
71.0487-0.3588-0.2280.8770.32950.6507-0.053-0.14880.0310.0270.0483-0.15940.00210.20790.02150.0849-0.0203-0.00060.18080.00450.152914.92234.76227.9033
82.78290.35650.35221.80731.03342.0566-0.0075-0.1731-0.18050.2451-0.0397-0.39570.15980.36470.03580.14580.0114-0.01240.29910.05130.232832.0839-3.7672-38.2254
91.1947-0.30740.17251.0777-0.2790.7555-0.1326-0.22550.07980.15780.0351-0.15860.00650.15720.09380.20630.0158-0.0050.247-0.01440.139615.7588-1.4944-35.9307
100.8247-0.06050.17710.79380.10840.96690.00030.1749-0.0136-0.1357-0.0227-0.08420.12560.2644-0.01150.13880.01310.040.20170.02380.114916.4678-7.6975-62.9971
112.7659-0.2522-0.10870.28080.04441.3988-0.06530.20610.3899-0.1198-0.0472-0.0525-0.22770.05640.05130.1901-0.048-00.16850.04270.198.60510.8106-63.7969
120.7566-0.24470.24571.49040.02361.09030.0097-0.0123-0.17990.0251-0.0020.03010.33630.1982-0.03030.19310.05510.04740.15640.02570.171714.8397-21.4533-47.322
131.08080.6373-0.01992.23170.48140.5811-0.23430.2040.3884-0.37260.06190.0623-0.3392-0.04470.12530.3975-0.0005-0.06410.19620.02030.3108-17.7145.7285-20.4825
142.8061-1.48350.67791.3243-0.49880.61850.12680.23420.0022-0.2523-0.18240.09270.0121-0.08320.05050.27010.058-0.0120.2188-0.02820.1605-18.478123.2665-21.3323
152.0426-2.5924-0.16465.81550.92411.1829-0.1236-0.02680.1910.12980.0621-0.5716-0.12580.17880.0310.173-0.06120.0010.1652-0.00670.2381-2.638428.4067-6.393
161.12730.01310.15181.0471-0.29770.6517-0.076-0.30430.18990.20570.03780.0434-0.3072-0.1791-0.05310.24060.0598-0.020.2095-0.07160.176-20.725831.48367.8702
170.4264-0.30380.42642.7616-0.81591.7084-0.0731-0.14420.11910.0962-0.0354-0.3235-0.06620.09570.06020.1375-0.031-0.01710.1532-0.02890.1726-2.64222.90218.4812
181.3977-0.29210.14830.7015-0.23191.0432-0.0513-0.08490.0059-0.00960.04650.2122-0.2222-0.3668-0.04860.19730.0745-0.02170.2142-0.04090.2219-34.61130.3699-7.8126
191.58010.2078-0.96012.84590.53612.2378-0.0414-0.14320.11630.1650.15570.4129-0.2721-0.44390.06930.20030.04920.03610.26970.01080.236-27.546916.1541-39.3149
202.73260.5357-0.39634.4441.0943.30120.0043-0.22170.21280.258-0.00090.4117-0.10370.143-0.07270.28290.06350.00630.3018-0.03580.2261-22.914924.3155-32.4743
211.1354-1.16410.06483.1226-1.19050.8997-0.1434-0.22160.140.18330.16840.0211-0.11180.1032-0.030.23820.0087-0.03270.2274-0.05070.1703-3.618718.8993-39.2078
223.37-1.22450.74861.1744-0.25751.2702-0.14870.0074-0.35840.07130.08910.19870.09670.0330.00880.1936-0.0220.03510.1510.02830.1822-10.5688-1.898-43.8199
230.6429-0.1061-0.04070.542-0.16941.42460.02410.0973-0.0036-0.1006-0.06050.0716-0.0141-0.11580.03670.1604-0.0245-0.02090.1289-0.01430.1725-15.98346.5832-67.8656
240.6346-0.3595-0.08230.86310.16860.5308-0.0213-0.036-0.0219-0.01530.00730.05980.0412-0.05650.01610.1124-0.03040.00810.09650.00870.1198-11.344.7647-52.1997
251.3263-0.1458-0.55463.7507-1.55361.8114-0.0190.11430.2164-0.25430.19960.4201-0.1011-0.2399-0.1580.2188-0.0016-0.050.13250.02290.2373-20.25130.9101-59.6605
260.9657-0.05160.11481.78160.17161.03180.03490.12030.187-0.27680.0003-0.105-0.13510.1032-0.03020.1934-0.0298-0.00640.11170.03190.2103-8.289928.6268-62.9611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 47 )A5 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 101 )A48 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 121 )A102 - 121
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 229 )A122 - 229
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 230 through 334 )A230 - 334
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 335 through 358 )A335 - 358
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 359 through 443 )A359 - 443
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 47 )B5 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 48 through 121 )B48 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 122 through 262 )B122 - 262
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 263 through 303 )B263 - 303
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 304 through 443 )B304 - 443
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 5 through 67 )C5 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 68 through 101 )C68 - 101
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 102 through 121 )C102 - 121
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 122 through 262 )C122 - 262
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 263 through 303 )C263 - 303
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 304 through 443 )C304 - 443
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 5 through 47 )D5 - 47
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 48 through 67 )D48 - 67
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 68 through 101 )D68 - 101
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 102 through 121 )D102 - 121
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 122 through 229 )D122 - 229
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 230 through 334 )D230 - 334
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 335 through 366 )D335 - 366
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 367 through 443 )D367 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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