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- PDB-7kz6: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 with bound co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kz6 | ||||||
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Title | Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 with bound cofactor PMP | ||||||
![]() | Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA | ||||||
Function / homology | ![]() polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85. Authors: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 740.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 612.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 75.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 110.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kz3SC ![]() 7kz5C ![]() 7kzdC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50983.910 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PMP / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: PEG 4000, Sodium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.814 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→46.88 Å / Num. obs: 213145 / % possible obs: 95.31 % / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03571 / Rpim(I) all: 0.02951 / Rrim(I) all: 0.04656 / Net I/σ(I): 12.87 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.709 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3399 / Num. unique obs: 21216 / CC1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / Rpim(I) all: 0.2905 / Rrim(I) all: 0.4488 / % possible all: 94.74 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KZ3 Resolution: 1.65→46.876 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 19.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.82 Å2 / Biso mean: 34.9603 Å2 / Biso min: 11.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→46.876 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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