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- PDB-7kz5: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kz5 | ||||||
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Title | Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex with the plp external aldimine adduct with kanosamine-6-phosphate | ||||||
![]() | Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA | ||||||
Function / homology | ![]() polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85. Authors: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 736.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 608.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kz3SC ![]() 7kz6C ![]() 7kzdC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50983.910 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-O1G / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: PEG 4000, Sodium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.814 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→46.748 Å / Num. obs: 227037 / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 2.2 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04613 / Rpim(I) all: 0.04186 / Rrim(I) all: 0.06249 / Net I/σ(I): 10.49 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3387 / Num. unique obs: 22494 / CC1/2: 0.784 / CC star: 0.937 / Rpim(I) all: 0.3128 / Rrim(I) all: 0.4623 / % possible all: 92.03 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7KZ3 Resolution: 1.6→46.748 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 21.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.4 Å2 / Biso mean: 24.7165 Å2 / Biso min: 8.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→46.748 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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