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Yorodumi- PDB-7kzd: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex wi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7kzd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex with the reduced internal aldimine and with bound Glutarate | ||||||
Components | Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpolysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2021Title: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85. Authors: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7kzd.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7kzd.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7kzd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7kzd_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7kzd_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 7kzd_validation.xml.gz | 141.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7kzd_validation.cif.gz | 197.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/7kzd | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7kz3SC ![]() 7kz5C ![]() 7kz6C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 50983.910 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PLR / ( #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-GUA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: PEG 4000, Sodium Chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.814 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.814 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→48.413 Å / Num. obs: 257845 / % possible obs: 95.92 % / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 6.86 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 25515 / CC1/2: 0.716 / Rrim(I) all: 0.641 / % possible all: 95.28 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7KZ3 Resolution: 1.9→48.413 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.84 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 173.02 Å2 / Biso mean: 39.4364 Å2 / Biso min: 14.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→48.413 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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PDBj




