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- PDB-7kzd: Crystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kzd
タイトルCrystal structure of KabA from Bacillus cereus UW85 in complex with the reduced internal aldimine and with bound Glutarate
要素Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / Kanosamine / Biosynthesis / Aminotransferase / KabA
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / NTD biosynthesis operon protein NtdA, N-terminal domain / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTARIC ACID / Chem-PLR / KabA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Snapshots along the catalytic path of KabA, a PLP-dependent aminotransferase required for kanosamine biosynthesis in Bacillus cereus UW85.
著者: Prasertanan, T. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R.
履歴
登録2020年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
E: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
F: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
G: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
H: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,12066
ポリマ－407,8718
非ポリマー5,24958
水29,3101627
1
A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed ...根拠: gel filtration, The data suggest that KabA is of high purity and is a tetramer in solution using size exclusion chromatography to estimate molecular weight corresponded to the observed molecular weight based on Native (non-denaturing) gel electrophoresis analysis
  • 103 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,31117
ポリマ－101,9682
非ポリマー1,34315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
2
B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,55921
ポリマ－101,9682
非ポリマー1,59219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
3
E: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
H: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,12514
ポリマ－101,9682
非ポリマー1,15712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area34670 Å2
手法PISA
4
F: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
G: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,12514
ポリマ－101,9682
非ポリマー1,15712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area34760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.940, 93.580, 106.890
Angle α, β, γ (deg.)108.840, 92.330, 90.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme / KabA


分子量: 50983.910 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: kabA, GE376_30835 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JRF5, aspartate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE


分子量: 233.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H12NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID


分子量: 132.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, Sodium Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.814 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.413 Å / Num. obs: 257845 / % possible obs: 95.92 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 6.86
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 25515 / CC1/2: 0.716 / Rrim(I) all: 0.641 / % possible all: 95.28

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2398精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KZ3

7kz3


解像度: 1.9→48.413 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 12881 5 %
Rwork0.2071 244573 -
obs0.2092 257454 95.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.02 Å2 / Biso mean: 39.4364 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→48.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28358 0 220 1639 30217
Biso mean--59.66 39.15 -
残基数----3504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00729121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89839188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.30917876
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.92160.35144190.3015798695
1.9216-1.94420.31524300.2798817195
1.9442-1.96790.31734250.2687807896
1.9679-1.99280.31434310.2751817496
1.9928-2.0190.3024280.2595815996
2.019-2.04670.3074270.2539810096
2.0467-2.07590.29024270.2466812095
2.0759-2.10690.28494270.2431811696
2.1069-2.13990.29424310.2356818196
2.1399-2.17490.27174290.228816296
2.1749-2.21240.28734290.2296813996
2.2124-2.25270.28094280.2245812796
2.2527-2.2960.26754330.2186822896
2.296-2.34290.28034300.2258816896
2.3429-2.39380.28074290.2241815896
2.3938-2.44950.26994290.2171815396
2.4495-2.51070.26734280.2227814096
2.5107-2.57860.26694300.2156817696
2.5786-2.65450.26164300.2141815796
2.6545-2.74020.26014310.2131819296
2.7402-2.83810.2674310.2144817696
2.8381-2.95170.25664330.2151822897
2.9517-3.0860.25814310.2123819196
3.086-3.24870.24344320.2042820096
3.2487-3.45220.21794300.1908817896
3.4522-3.71860.2324270.187810496
3.7186-4.09270.20294300.1732817996
4.0927-4.68450.19474320.1671819496
4.6845-5.90030.2264320.1889821097
5.9003-48.4130.24324320.2047802895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9013-0.0472-0.86423.38420.01513.7836-0.0207-0.4169-0.41980.34950.02020.4457-0.0761-0.7011-0.00450.2672-0.01910.05760.43390.03860.3985-12.5569-5.134117.4492
22.0045-0.17710.26770.8547-0.01071.4796-0.0626-0.0457-0.10180.0243-0.07540.04380.0611-0.01140.08860.22520.02090.01680.16830.00760.28018.6836-0.19275.78
30.8610.01980.09973.52630.59683.50870.11380.4194-0.4149-0.4639-0.15690.24650.283-0.08020.04110.34080.0243-0.04510.2854-0.10140.38051.4931-5.4029-15.1403
42.8163-0.3739-0.37721.52350.51952.51290.01010.0359-0.39750.0154-0.0298-0.06120.20670.16280.0030.23420.01670.00490.1370.02190.265713.9447-7.3655-0.334
52.1986-0.68110.34581.3306-0.09031.36360.06050.24710.1067-0.2128-0.15360.237-0.1408-0.22570.01190.26250.041-0.03510.2251-0.01610.2774-7.818410.5841-2.6715
64.50970.1939-0.25721.85650.05573.63180.0576-0.3122-0.22370.184-0.05290.4390.0029-0.45680.01210.2472-0.05330.01730.29490.06080.369934.304440.337317.4491
71.56170.06490.50720.7056-0.30791.13660.00490.0246-0.0139-0.0442-0.07430.1162-0.0952-0.1262-0.00910.20950.04310.00110.1480.00910.195555.440246.45865.8203
82.3148-1.0863-0.16253.9424-0.03334.0245-0.0170.2726-0.1687-0.3596-0.11650.3855-0.0523-0.30550.05170.31050.0976-0.06970.3645-0.0460.23849.260247.6867-14.835
92.0779-0.76710.05641.1729-0.00820.97570.15340.376-0.0568-0.2181-0.15480.1926-0.0722-0.1411-0.00640.25130.027-0.04440.2383-0.0060.267346.166648.5572-4.069
103.82681.1199-2.47622.67030.41044.776-0.3028-0.0643-0.12260.10710.0881-0.6762-0.3080.48420.18220.3135-0.1101-0.05590.3325-0.01210.609145.16218.869719.4823
111.96150.09070.70670.88130.16751.6334-0.0349-0.10410.02530.01570.0558-0.1616-0.11620.37030.02340.2701-0.0079-0.01490.32420.00650.309531.30339.007612.4997
121.4877-0.15810.26691.92040.63260.9319-0.04440.5104-0.0264-0.36020.086-0.3669-0.17010.75910.04350.3398-0.07820.06260.7041-0.02730.398439.54836.9462-5.4433
134.60662.11192.36213.20950.0013.9977-0.13260.49840.3904-0.3640.08060.1702-0.487-0.07910.07670.3870.04530.01190.30850.05110.329418.582414.6153-6.7242
140.025-0.03110.1481.81740.24461.76050.06840.1994-0.26790.04440.0405-0.65490.0990.90950.4040.19890.0954-0.09110.5663-0.05930.535846.3175-1.271513.1674
153.37320.03291.43262.04040.05681.70930.17190.936-0.6447-0.4008-0.1176-0.23530.09540.1389-0.31540.48280.2467-0.04110.7618-0.26390.686539.042-11.458-5.1844
161.726-0.944-0.07181.88910.44482.4243-0.03060.3435-0.4564-0.021-0.0402-0.27730.1660.46380.18670.22680.092-0.05470.51380.00920.550248.1414-7.697913.3092
179.3365.78695.50495.39661.07716.9342-0.78630.5529-0.1885-0.87730.34870.0551-0.587-0.46580.34621.12190.32890.07371.5573-0.12050.43432.3094-2.47357.1273
182.70150.60190.63073.2756-0.18383.1548-0.1231-0.21370.59310.5990.035-0.4492-0.52850.4860.04170.4234-0.0597-0.04030.3971-0.0990.498991.040265.594423.1513
190.96210.7719-0.46061.45420.28220.6960.0729-0.15470.14530.0945-0.0871-0.01530.02290.12540.0490.23890.0423-0.0190.2721-0.02840.160872.570954.919317.494
201.0507-0.35360.30191.3440.10221.46320.07030.55450.0479-0.2195-0.0004-0.2697-0.17470.5616-0.05220.266-0.05460.02870.50970.01870.241783.557555.4291-5.8005
214.53672.63221.7952.5438-0.56864.7178-0.07660.35720.3528-0.2510.21490.4112-0.3515-0.4302-0.15090.32140.05630.01140.30720.04880.307264.586461.8251-6.5865
223.3463-1.1055-0.22361.86090.35530.9380.05040.3564-0.06480.0317-0.0436-0.30020.03450.2629-0.02730.1928-0.0003-0.03220.2902-0.03540.269593.163647.399713.0941
234.39890.19590.93812.8687-0.70560.3984-0.06851.1596-0.4612-0.42480.1556-0.01670.09650.4185-0.18860.28390.0886-0.08690.5693-0.17170.552188.386937.2664-5.1253
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331.4640.7850.58030.92820.31582.08180.05-0.2419-0.22590.0912-0.18840.01750.0704-0.03210.14590.2832-0.0403-0.0110.19680.0380.351110.323928.6811-42.4246
340.0393-0.11920.04081.2009-0.24692.74870.1653-0.4619-0.62930.3311-0.3147-0.39420.23740.26130.22550.3781-0.0933-0.10250.42510.18130.445523.31230.1474-29.0944
350.62150.4985-0.71690.5285-0.20661.11240.0479-0.1209-0.43030.0748-0.1627-0.23980.1020.01960.00080.2287-0.0392-0.04510.17850.06870.342311.077425.6371-41.7823
362.060.880.67511.33030.29321.21280.1794-0.4357-0.03970.2981-0.1856-0.3044-0.04750.1474-0.00570.2582-0.0744-0.06090.26180.03820.351530.085643.026-43.2993
372.14230.39180.59762.26410.91671.74930.2739-0.47580.04040.2802-0.1379-0.386-0.10240.282-0.22740.2826-0.1275-0.07870.31660.08440.387932.598846.5589-40.3653
382.1439-1.3253-0.37763.20490.29842.7131-0.07250.35570.5606-0.62530.00270.389-0.3286-0.3710.04160.32350.0427-0.06320.29960.08710.4366-22.028853.2212-67.723
391.6185-0.15210.03760.6449-0.39731.19510.0185-0.06820.07680.0735-0.0306-0.0724-0.076-0.12770.00180.2206-0.0009-0.01790.1905-0.04680.2294-5.279441.9602-51.1962
400.58190.45440.15171.167-0.49962.2913-0.0383-0.38290.1020.22140.00840.1476-0.1985-0.55640.00910.2620.0533-0.00410.4753-0.07880.2316-17.493742.9737-39.6481
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421.45550.32790.34741.6242-0.06330.8030.1021-0.2244-0.14720.0935-0.0490.1890.0686-0.1999-0.09610.1853-0.0099-0.00870.28010.01340.2254-23.009131.0871-54.2453
439.4678-2.9223-4.37145.35084.06393.6747-1.73910.22910.61291.51820.6626-1.5152-0.27290.06221.10091.3936-0.04210.19830.52360.30921.1459-8.210932.4429-51.0951
440.6872-0.505-0.78155.5574-1.38782.0251-0.15720.00060.3684-0.08110.08970.3999-0.7683-0.73020.02230.35050.1472-0.05330.5376-0.03520.6288-68.87046.5558-64.2333
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472.1409-0.81531.05051.48260.2743.8607-0.0232-0.14730.56090.4169-0.0783-0.0989-0.22250.1850.12570.4283-0.06670.02850.2868-0.07050.3841-42.38162.0026-37.7071
480.59070.04160.6262.2549-0.09071.66880.0197-0.1422-0.0102-0.0441-00.64330.1637-0.6220.04240.2306-0.0363-0.00610.4005-0.02690.4223-69.9127-13.8679-58.0901
491.4350.19981.05662.044-0.04810.85410.1852-0.3612-0.20550.2011-0.08770.28450.4938-0.428600.3009-0.13460.02660.57740.01160.431-67.5018-22.022-49.9038
502-3.03729.10940.6234-1.86975.6080.0496-0.0405-0.04470.2892-0.0714-0.19510.153-0.1155-0.00171.5035-0.09270.19510.74960.48910.9456-55.3528-14.9009-51.3347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 67 )A6 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 158 )A68 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 159 through 229 )A159 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 230 through 303 and resid 501)A230 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 304 through 443 )A304 - 443
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 67 )B5 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 68 through 158 )B68 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 159 through 185 )B159 - 185
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 186 through 443 and resid 501)B186 - 443
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 47 )C6 - 47
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 48 through 158 )C48 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 159 through 262 and resid 502)C159 - 262
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 263 through 303 )C263 - 303
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 304 through 378 )C304 - 378
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 379 through 407 )C379 - 407
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 408 through 443 )C408 - 443
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 501 through 501 )C502
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 6 through 67 )D6 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 68 through 121 )D68 - 121
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 122 through 262 and resid 502)D122 - 262
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 263 through 303 )D263 - 303
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 304 through 378 )D304 - 378
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 379 through 415 )D379 - 415
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 416 through 443 )D416 - 443
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 501 through 501 )D502
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 7 through 47 )E7 - 47
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 48 through 168 )E48 - 168
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 169 through 211 )E169 - 211
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 212 through 303 and resid 501)E212 - 303
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 304 through 443 )E304 - 443
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 7 through 47 )F7 - 47
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 48 through 101 )F48 - 101
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 102 through 168 )F102 - 168
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 169 through 211 )F169 - 211
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 212 through 303 and resid 501)F212 - 303
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 304 through 401 )F304 - 401
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 402 through 443 )F402 - 443
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 5 through 67 )G5 - 67
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 68 through 168 )G68 - 168
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 169 through 262 and resid 501)G169 - 262
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 263 through 303 )G263 - 303
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 304 through 443 )G304 - 443
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 502 through 502 )F502
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 6 through 47 )H6 - 47
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 48 through 175 )H48 - 175
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 176 through 262 and resid 501)H176 - 262
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 263 through 303 )H263 - 303
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 304 through 378 )H304 - 378
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 379 through 443 )H379 - 443
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'E' and (resid 502 through 502 )E502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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