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- PDB-4miv: Crystal Structure of Sulfamidase, Crystal Form L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4miv
タイトルCrystal Structure of Sulfamidase, Crystal Form L
要素N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
キーワードHYDROLASE / sulfatase fold / heparan / heparin / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


N-sulfoglucosamine sulfohydrolase / N-sulfoglucosamine sulfohydrolase activity / MPS IIIA - Sanfilippo syndrome A / glycosaminoglycan catabolic process / sulfuric ester hydrolase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / motor behavior / lysosomal lumen / determination of adult lifespan ...N-sulfoglucosamine sulfohydrolase / N-sulfoglucosamine sulfohydrolase activity / MPS IIIA - Sanfilippo syndrome A / glycosaminoglycan catabolic process / sulfuric ester hydrolase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / HS-GAG degradation / motor behavior / lysosomal lumen / determination of adult lifespan / lysosome / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily ...N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sidhu, N.S. / Uson, I. / Schreiber, K. / Proepper, K. / Becker, S. / Sheldrick, G.M. / Gaertner, J. / Kraetzner, R. / Steinfeld, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of sulfamidase provides insight into the molecular pathology of mucopolysaccharidosis IIIA.
著者: Sidhu, N.S. / Schreiber, K. / Propper, K. / Becker, S. / Uson, I. / Sheldrick, G.M. / Gartner, J. / Kratzner, R. / Steinfeld, R.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年6月2日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
B: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
C: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
D: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
E: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
F: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
G: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
H: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,85047
ポリマ－463,2988
非ポリマー10,55239
水8,557475
1
A: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
B: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,92913
ポリマ－115,8242
非ポリマー3,10411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area34860 Å2
手法PISA
2
C: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
D: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,03514
ポリマ－115,8242
非ポリマー3,21112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area34720 Å2
手法PISA
3
E: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
F: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,04510
ポリマ－115,8242
非ポリマー2,2208
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area34080 Å2
手法PISA
4
G: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
H: N-sulphoglucosamine sulphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,84110
ポリマ－115,8242
非ポリマー2,0178
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.930, 211.450, 108.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28B
19A
29C
110A
210D
111A
211E
112A
212F
113A
213G
114A
214H
115B
215C
116B
216D
117B
217E
118B
218F
119B
219G
120B
220H
121B
221C
122B
222D
123B
223E
124B
224F
125B
225G
126B
226H
127C
227D
128C
228E
129C
229F
130C
230G
131C
231H
132C
232D
133C
233E
134C
234F
135C
235G
136C
236H
137D
237E
138D
238F
139D
239G
140D
240H
141D
241E
142D
242F
143D
243G
144D
244H
145E
245F
146E
246G
147E
247H
148E
248F
149E
249G
150E
250H
151F
251G
152F
252H
153F
253G
154F
254H
155G
255H
156G
256H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
21PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
12PROPROSERSERAA22 - 6822 - 68
22PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
13PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
23PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
14PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
24PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
15PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
25PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
16PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
26PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
17PROPROSERSERAA22 - 6922 - 69
27PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
18SERSERGLUGLUAA71 - 50171 - 501
28SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
19SERSERARGARGAA71 - 50371 - 503
29SERSERARGARGCC71 - 50371 - 503
110SERSERASNASNAA71 - 50071 - 500
210SERSERASNASNDD71 - 50071 - 500
111SERSERARGARGAA71 - 50371 - 503
211SERSERARGARGEE71 - 50371 - 503
112SERSERASNASNAA71 - 50071 - 500
212SERSERASNASNFF71 - 50071 - 500
113SERSERASNASNAA71 - 50071 - 500
213SERSERASNASNGG71 - 50071 - 500
114SERSERLEULEUAA71 - 50271 - 502
214SERSERLEULEUHH71 - 50271 - 502
115PROPROSERSERBB22 - 6822 - 68
215PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
116PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
216PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
117PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
217PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
118PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
218PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
119PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
219PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
120PROPROSERSERBB22 - 6922 - 69
220PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
121SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
221SERSERGLUGLUCC71 - 50171 - 501
122SERSERASNASNBB71 - 50071 - 500
222SERSERASNASNDD71 - 50071 - 500
123SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
223SERSERGLUGLUEE71 - 50171 - 501
124SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
224SERSERGLUGLUFF71 - 50171 - 501
125SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
225SERSERGLUGLUGG71 - 50171 - 501
126SERSERGLUGLUBB71 - 50171 - 501
226SERSERGLUGLUHH71 - 50171 - 501
127PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
227PROPROSERSERDD22 - 6822 - 68
128PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
228PROPROSERSEREE22 - 6822 - 68
129PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
229PROPROSERSERFF22 - 6822 - 68
130PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
230PROPROSERSERGG22 - 6822 - 68
131PROPROSERSERCC22 - 6822 - 68
231PROPROSERSERHH22 - 6822 - 68
132SERSERASNASNCC71 - 50071 - 500
232SERSERASNASNDD71 - 50071 - 500
133SERSERSERSERCC71 - 50471 - 504
233SERSERSERSEREE71 - 50471 - 504
134SERSERASNASNCC71 - 50071 - 500
234SERSERASNASNFF71 - 50071 - 500
135SERSERASNASNCC71 - 50071 - 500
235SERSERASNASNGG71 - 50071 - 500
136SERSERLEULEUCC71 - 50271 - 502
236SERSERLEULEUHH71 - 50271 - 502
137PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
237PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
138PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
238PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
139PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
239PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
140PROPROSERSERDD22 - 6922 - 69
240PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
141SERSERASNASNDD71 - 50071 - 500
241SERSERASNASNEE71 - 50071 - 500
142SERSERGLUGLUDD71 - 50171 - 501
242SERSERGLUGLUFF71 - 50171 - 501
143SERSERGLUGLUDD71 - 50171 - 501
243SERSERGLUGLUGG71 - 50171 - 501
144SERSERASNASNDD71 - 50071 - 500
244SERSERASNASNHH71 - 50071 - 500
145PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
245PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
146PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
246PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
147PROPROSERSEREE22 - 6922 - 69
247PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
148SERSERASNASNEE71 - 50071 - 500
248SERSERASNASNFF71 - 50071 - 500
149SERSERASNASNEE71 - 50071 - 500
249SERSERASNASNGG71 - 50071 - 500
150SERSERLEULEUEE71 - 50271 - 502
250SERSERLEULEUHH71 - 50271 - 502
151PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
251PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
152PROPROSERSERFF22 - 6922 - 69
252PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
153SERSERGLUGLUFF71 - 50171 - 501
253SERSERGLUGLUGG71 - 50171 - 501
154SERSERGLUGLUFF71 - 50171 - 501
254SERSERGLUGLUHH71 - 50171 - 501
155PROPROSERSERGG22 - 6922 - 69
255PROPROSERSERHH22 - 6922 - 69
156SERSERASNASNGG71 - 50071 - 500
256SERSERASNASNHH71 - 50071 - 500

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
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27
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30
31
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38
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41
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56
詳細The biological unit is a dimer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A and B; C and D; E and F; and G and H

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase / Sulfoglucosamine sulfamidase / Sulphamidase


分子量: 57912.199 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGSH, HSS / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51688, N-sulfoglucosamine sulfohydrolase

-
糖 , 2種, 28分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 486分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AUTHORS STATE THAT THE CYS->FGP CONFLICT IS DUE TO A NATURAL REACTION THAT FIRST CHANGED CYS TO A ...AUTHORS STATE THAT THE CYS->FGP CONFLICT IS DUE TO A NATURAL REACTION THAT FIRST CHANGED CYS TO A FORMYLGLYCINE RESIDUE. THE LATTER THEN APPARENTLY PICKED UP A PHOSPHATE FROM THE PURIFICATION BUFFER TO BECOME FGP
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 200 mM MgCl2 and 100 mM Bis-Tris buffer, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月23日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.9 Å / Num. obs: 333757 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 54.586 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.4-2.460.5611.32439852438994.7
2.46-2.530.4311.72448082460197.5
2.53-2.60.3572.08429892374597.5
2.6-2.680.2962.52414282296196.5
2.68-2.770.2582.95394112224195.9
2.77-2.870.1963.73367902125995.5
2.87-2.980.164.62365412052796
2.98-3.10.1265.65373642033397.9
3.1-3.230.17.06353261932197.3
3.23-3.390.0818.44334061834696.7
3.39-3.580.06410.22307131721095.4
3.58-3.790.05511.7278301606794.4
3.79-4.060.04414.28274671512094.3
4.06-4.380.04115.83259331403594.1
4.38-4.80.03717.09231121275292.8
4.8-5.360.03616.53197861154692.8
5.36-6.190.03616.91183281036894.6
6.19-7.590.03218.7716273878294.9
7.59-10.730.02920.8611540663292.8
10.730.0322.626168352289.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.45 Å48.87 Å
Translation2.45 Å48.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DA+データ収集
XDSデータ削減
精密化解像度: 2.4→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.212 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.7789 / SU B: 21.746 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.4565 / SU Rfree: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 8462 4.8 %RANDOM
Rwork0.2157 166273 --
obs0.2173 174735 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.76 Å2 / Biso mean: 64.5717 Å2 / Biso min: 15.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.39 Å20 Å20.57 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29985 0 662 475 31122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01931707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0228097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6831.96943459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5533.00164240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.39653837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.81223.2431446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.552154357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.43315197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.24723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02136187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.027717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2121.6215411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2121.6215410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3022.42819206
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A19720.11
12B19720.11
21A19860.07
22C19860.07
31A19940.09
32D19940.09
41A15510.1
42E15510.1
51A19170.06
52F19170.06
61A19660.1
62G19660.1
71A14600.11
72H14600.11
81A253500.08
82B253500.08
91A261220.06
92C261220.06
101A252340.09
102D252340.09
111A219030.07
112E219030.07
121A233130.09
122F233130.09
131A232420.08
132G232420.08
141A220060.1
142H220060.1
151B19650.11
152C19650.11
161B20130.11
162D20130.11
171B15590.1
172E15590.1
181B18990.09
182F18990.09
191B19990.1
192G19990.1
201B14210.15
202H14210.15
211B254630.09
212C254630.09
221B257580.07
222D257580.07
231B213650.1
232E213650.1
241B235780.08
242F235780.08
251B231030.09
252G231030.09
261B221570.09
262H221570.09
271C20030.07
272D20030.07
281C15120.1
282E15120.1
291C18980.04
292F18980.04
301C19620.09
302G19620.09
311C14210.11
312H14210.11
321C251960.09
322D251960.09
331C219300.08
332E219300.08
341C232640.09
342F232640.09
351C233380.08
352G233380.08
361C220360.1
362H220360.1
371D15720.09
372E15720.09
381D19360.06
382F19360.06
391D20330.09
392G20330.09
401D14500.12
402H14500.12
411D210840.1
412E210840.1
421D233070.09
422F233070.09
431D229440.09
432G229440.09
441D218870.09
442H218870.09
451E15650.09
452F15650.09
461E15590.1
462G15590.1
471E12170.13
472H12170.13
481E201950.1
482F201950.1
491E202720.09
492G202720.09
501E194580.1
502H194580.1
511F18970.07
512G18970.07
521F14440.12
522H14440.12
531F217890.09
532G217890.09
541F208040.09
542H208040.09
551G14250.14
552H14250.14
561G203270.1
562H203270.1
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree1.26 1 -
Rwork0.397 12653 -
all-12654 -
obs--97.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36380.00840.13560.4968-0.30951.54860.0176-0.1621-0.06680.12190.0990.33010.0618-0.3911-0.11650.19520.03970.10550.41910.07180.411319.9673130.149153.1102
25.2213-1.39421.88482.4998-0.84813.52030.0180.00780.56610.20030.11840.063-0.6338-0.2116-0.13640.38540.12690.15320.3162-0.01760.430627.7022149.82953.7096
31.9210.2590.78311.70170.14461.3960.01860.04250.0521-0.11210.08250.3428-0.1164-0.1748-0.10110.14380.02420.03280.27030.04920.29231.2769135.162731.6529
49.6951.6116-5.01582.6695-0.96277.36320.02780.08340.819-0.2938-0.18270.2044-1.13510.01560.15490.34230.0338-0.06020.17470.05610.35649.8326145.830335.501
51.4206-0.08130.15630.9853-0.33052.7605-0.0533-0.22940.20170.2762-0.0425-0.2551-0.32590.4410.09580.1999-0.0233-0.02550.30980.00690.26270.0903130.254753.7551
69.7336-3.5318-3.10522.13510.48323.20770.17750.0925-0.5673-0.0182-0.08280.08120.42490.0062-0.09480.33140.0114-0.00960.22210.0350.263462.2297110.54754.1072
71.27670.156-0.29512.6699-0.40481.83860.0377-0.01820.0101-0.2655-0.0126-0.05780.1150.1222-0.02520.1020.00760.01210.18990.02050.155459.4067125.404331.8801
812.37513.66486.52874.92553.11333.81180.67060.063-0.7885-0.0419-0.3248-0.07170.3103-0.0735-0.34580.2652-0.01760.01880.2527-0.00450.262240.7328114.834235.7293
91.3216-0.21120.07340.8278-0.082.00580.08410.1593-0.0479-0.1447-0.0821-0.32160.07990.3256-0.00210.16450.0390.10620.37050.03840.373697.9199130.134293.4268
105.38212.862.43043.05170.45422.61630.33050.08530.6288-0.0293-0.20380.0281-0.32850.1439-0.12670.46490.04320.29620.30910.0810.570690.2304149.700993.1103
111.3249-0.2410.5381.7989-0.46971.48830.0509-0.02610.04170.19260.0065-0.2654-0.15650.1313-0.05740.13590.01050.04180.26420.01680.31287.1002134.8645115.3558
129.7976-3.8252-5.65925.12516.01717.70190.869-0.28130.5158-0.1103-0.6473-0.2916-0.8218-0.3482-0.22170.8408-0.2882-0.17380.35790.14790.40468.5939145.4207111.8182
131.4053-0.2539-0.35021.0944-0.05641.41270.07910.41550.1356-0.2209-0.02560.2633-0.1265-0.362-0.05350.18960.0594-0.01250.41730.04540.282847.7098129.808794.5121
144.75991.6662-3.36372.7405-0.13423.1037-0.09620.2498-0.3097-0.03590.0177-0.02150.3096-0.14070.07850.3420.0385-0.0980.3158-0.03830.316555.9005110.192894.1039
151.759-0.4649-0.9061.96710.55681.36780.06820.0531-0.05850.1489-0.016-0.00350.0601-0.0191-0.05220.10910.0269-0.00140.21020.01780.178559.1879125.0783115.8008
167.6295-1.10074.55035.7846-1.9313.02360.23530.2892-0.60020.11460.00250.00770.13620.1743-0.23790.17610.0340.08830.31430.00650.371977.9988114.1896110.7326
173.19881.0956-1.62621.5995-0.24891.8695-0.21980.5299-0.02140.0479-0.02210.2416-0.3542-0.82430.24190.96950.0065-0.13120.6132-0.13440.430822.027475.4247103.1248
1811.0778-0.82624.44672.34850.51016.23710.01560.71331.127-0.06260.04870.1873-0.6818-0.5359-0.06421.2560.0819-0.15130.45930.14920.684728.842395.423597.8541
192.3761-0.2002-1.54013.2405-0.00792.7942-0.32481.1296-0.1499-0.37160.01170.1482-0.313-0.94390.31320.9137-0.1939-0.11730.9491-0.13220.3833.377774.366281.3518
2010.74071.7165-5.99530.2802-0.83659.9128-0.68891.5591.2823-0.09390.21770.2456-0.83420.39310.47121.4253-0.3455-0.33030.74240.22570.517251.142686.420580.9099
212.95540.1323-0.00141.04550.22770.8561-0.4439-0.02940.23440.17770.0918-0.2595-0.24620.33290.35211.0223-0.1566-0.18980.42870.06450.459571.613478.9025103.3684
229.7146-2.5508-2.72491.98060.19243.01-0.1825-0.0958-1.21430.15820.06430.07970.06760.19930.11821.0093-0.0551-0.00140.35660.08080.561864.738659.7516109.5144
232.5858-0.1941-0.26722.6065-1.38551.7933-0.30070.5457-0.2616-0.0145-0.0191-0.2133-0.13950.27790.31980.8423-0.2231-0.01680.5164-0.09550.413961.687667.191184.4056
2410.22657.80860.44576.74032.92498.7424-0.34750.237-1.53240.0357-0.0155-0.96870.8037-0.49320.3630.826-0.14420.1770.3998-0.19230.786143.410156.80991.8213
251.87320.08980.77581.2649-0.26712.92870.3278-0.1689-0.4515-0.1407-0.10680.19751.3891-0.5775-0.2211.2778-0.1477-0.15370.37520.01650.441849.197377.927243.6366
263.99-4.0063.68754.2826-4.40556.3789-0.3108-0.25760.74440.24810.0922-0.5339-0.0159-0.32690.21860.7299-0.0327-0.0570.4231-0.13690.393854.983296.710451.0529
272.0934-0.18780.97823.20310.43052.93620.30930.4167-0.0815-0.4557-0.2227-0.03811.02160.4351-0.08650.98770.3173-0.01420.41830.00110.316466.875787.244129.5743
286.60674.0171-2.30167.7522-2.73651.16670.1599-0.14970.8981-0.2711-0.2219-0.1660.1750.22720.0620.81390.40290.08110.60770.15240.57881.966896.220842.7426
291.1874-0.12190.3710.9235-0.16612.35270.32620.00040.0968-0.0947-0.3256-0.18160.76140.8971-0.00061.06350.49-0.04580.74260.07580.514494.393477.018462.7613
303.083-2.8969-1.44743.2518-0.5677.80470.5751-0.3235-0.176-0.79210.09430.37031.43911.3719-0.66942.24280.6286-0.26550.5876-0.22020.67988.634357.266956.1921
311.82750.04280.15022.89640.61591.85980.19350.3534-0.0947-0.3773-0.1106-0.37440.98810.983-0.08291.35630.7389-0.01970.95360.01830.44693.211777.552838.1308
322.8154-2.4543.81694.7448-3.06055.52940.62680.7373-0.57280.77490.0377-0.03350.97020.674-0.66452.04820.6641-0.39540.9029-0.30530.717675.8766.130732.0079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 327
2X-RAY DIFFRACTION2A328 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3A359 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4A478 - 505
5X-RAY DIFFRACTION5B22 - 327
6X-RAY DIFFRACTION6B328 - 358
7X-RAY DIFFRACTION7B359 - 477
8X-RAY DIFFRACTION8B478 - 502
9X-RAY DIFFRACTION9C21 - 327
10X-RAY DIFFRACTION10C328 - 358
11X-RAY DIFFRACTION11C359 - 477
12X-RAY DIFFRACTION12C478 - 504
13X-RAY DIFFRACTION13D21 - 327
14X-RAY DIFFRACTION14D328 - 358
15X-RAY DIFFRACTION15D359 - 477
16X-RAY DIFFRACTION16D478 - 501
17X-RAY DIFFRACTION17E22 - 327
18X-RAY DIFFRACTION18E328 - 358
19X-RAY DIFFRACTION19E359 - 477
20X-RAY DIFFRACTION20E478 - 504
21X-RAY DIFFRACTION21F22 - 327
22X-RAY DIFFRACTION22F328 - 358
23X-RAY DIFFRACTION23F359 - 477
24X-RAY DIFFRACTION24F478 - 502
25X-RAY DIFFRACTION25G22 - 327
26X-RAY DIFFRACTION26G328 - 358
27X-RAY DIFFRACTION27G359 - 477
28X-RAY DIFFRACTION28G478 - 501
29X-RAY DIFFRACTION29H22 - 327
30X-RAY DIFFRACTION30H328 - 358
31X-RAY DIFFRACTION31H359 - 477
32X-RAY DIFFRACTION32H478 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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