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Yorodumi- PDB-5yez: Regulatory domain of HypT M206Q mutant from Salmonella typhimurium -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yez | ||||||
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Title | Regulatory domain of HypT M206Q mutant from Salmonella typhimurium | ||||||
Components | Cell density-dependent motility repressor | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / HOCl / HOCl-specific transcription factor / LysR-type transcription regulator / Hypochlorous acid / hypochlorite / regulatory domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Jo, I. / Hong, S. / Ahn, J. / Ha, N.C. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2019 Title: Structural basis for HOCl recognition and regulation mechanisms of HypT, a hypochlorite-specific transcriptional regulator. Authors: Jo, I. / Kim, D. / No, T. / Hong, S. / Ahn, J. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yez.cif.gz | 310 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yez.ent.gz | 253.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5yez_validation.pdf.gz | 458.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5yez_full_validation.pdf.gz | 470.9 KB | Display | |
Data in XML | 5yez_validation.xml.gz | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5yez_validation.cif.gz | 36.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yez | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ydoSC 5ydvC 5ydwC 5yerC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23884.186 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: M206Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Gene: qseD_2, DD95_15310, STMU2UK_04484 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0J5DK07, UniProt: Q7CP75*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.73 Å3/Da / Density % sol: 29.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M sodium citrate (pH 5.6) 2 % (v/v) tacsimate (pH 5.0), and 18% (v/v) PEG 3350. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 20398 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 18.72 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 4.7 % / Num. unique obs: 933 / Rpim(I) all: 0.239 / % possible all: 90.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YDO Resolution: 2.6→49.479 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 27.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.479 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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