PDB-7kt2: DNA Polymerase Mu, dGTP:At Product State Ternary Complex, 50 mM M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kt2

タイトル

DNA Polymerase Mu, dGTP:At Product State Ternary Complex, 50 mM Mn2+ (225min)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

キーワード

REPLICATION/DNA / time-lapse crystallography / oxidized nucleotide insertion / DNA polymerase mu / double strand break repair / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.499 Å

データ登録者

Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050158	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050161	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K16195	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide.
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kt2.cif.gz	184.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kt2.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kt2_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kt2_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	7kt2_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7kt2_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/7kt2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kssC 7kstC 7ksuC 7ksvC 7kswC 7ksxC 7ksyC 7kszC 7kt0C 7kt1C 7kt3C 7kt4C 7kt5C 7kt6C 7kt7C 7kt8C 7kt9C 7ktaC 7ktbC 7ktcC 7ktdC 7kteC 7ktfC 7ktgC 7kthC 7ktiC 7ktjC 7ktkC 7ktlC 7ktmC 7ktnC 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tyv-d 7ktf-d 6p1r-d 6ipf-d 6vf9-d 5vzc-d 7kt9-d 6p1n-d 5tyb-d 7kt4-d 6vez-d 4lzg-d 5tye-d 6p1w-d 5tyx-d 7ksv-d 6ak9-d 5vzb-d 7kte-d 7ktg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (15) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (15)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (3)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*G)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

47.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.893, 68.866, 110.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPAPTPAPCPG)-3') 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPAPG)-3') 分子量: 1520.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 355分子

#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 % / Mosaicity: 0.184 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.499→50 Å / Num. obs: 73665 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.012 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	5.5	0.805	3495	0.787	0.362	0.886	0.971	97
1.53-1.55	5.7	0.726	3612	0.814	0.325	0.797	0.992	98.8
1.55-1.58	5.9	0.632	3624	0.854	0.279	0.692	1.014	99.8
1.58-1.62	6	0.553	3648	0.882	0.244	0.606	1.043	100
1.62-1.65	5.7	0.436	3649	0.917	0.198	0.48	1.014	99.8
1.65-1.69	5.4	0.356	3654	0.935	0.168	0.394	1.013	100
1.69-1.73	6.3	0.311	3660	0.963	0.134	0.339	1.034	100
1.73-1.78	6.7	0.264	3643	0.975	0.109	0.286	1.006	100
1.78-1.83	6.7	0.208	3668	0.983	0.086	0.225	1.002	100
1.83-1.89	6.6	0.169	3652	0.989	0.07	0.183	1.02	100
1.89-1.96	6.5	0.137	3679	0.992	0.058	0.149	0.994	100
1.96-2.04	6.4	0.111	3686	0.994	0.047	0.121	0.994	99.9
2.04-2.13	6.2	0.088	3678	0.995	0.038	0.096	1.025	100
2.13-2.24	6	0.073	3710	0.996	0.032	0.08	1	100
2.24-2.38	5.4	0.06	3675	0.997	0.029	0.067	0.985	99.9
2.38-2.56	6.6	0.056	3709	0.997	0.023	0.061	0.997	99.9
2.56-2.82	6.8	0.052	3718	0.998	0.021	0.056	1.008	100
2.82-3.23	6.6	0.046	3746	0.998	0.019	0.05	0.96	100
3.23-4.07	6.1	0.041	3800	0.998	0.018	0.045	1.088	99.9
4.07-50	5.9	0.04	3959	0.996	0.018	0.044	1.073	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M04

4m04

解像度: 1.499→34.958 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	3677	5 %
R_work	0.1679	69913	-
obs	0.1689	73590	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.89 Å² / B_iso mean: 27.2252 Å² / B_iso min: 10.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.499→34.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2519	366	57	345	3287
B_iso mean	-	-	28.81	35.62	-
残基数	-	-	-	-	343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.107	4425
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.455	1196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	504

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4991-1.5188	0.2826	126	0.2597	2499	94
1.5188-1.5397	0.2645	136	0.2499	2617	98
1.5397-1.5617	0.2824	139	0.2283	2628	99
1.5617-1.585	0.2375	141	0.2177	2670	100
1.585-1.6097	0.232	141	0.2118	2666	100
1.6097-1.6361	0.2225	140	0.2072	2672	100
1.6361-1.6643	0.2267	142	0.1925	2681	100
1.6643-1.6946	0.2225	139	0.1907	2648	100
1.6946-1.7272	0.2031	141	0.1786	2681	100
1.7272-1.7624	0.1969	141	0.1712	2674	100
1.7624-1.8008	0.2129	140	0.1706	2657	100
1.8008-1.8426	0.1725	141	0.1642	2674	100
1.8426-1.8887	0.1988	141	0.161	2683	100
1.8887-1.9398	0.2091	144	0.1704	2710	100
1.9398-1.9969	0.1721	138	0.1673	2662	100
1.9969-2.0613	0.2079	143	0.1614	2693	100
2.0613-2.135	0.1882	142	0.1612	2708	100
2.135-2.2204	0.2008	143	0.1581	2685	100
2.2204-2.3215	0.1724	142	0.1524	2697	100
2.3215-2.4438	0.1804	142	0.1535	2686	100
2.4438-2.5969	0.1804	142	0.1582	2744	100
2.5969-2.7973	0.1943	143	0.1656	2704	100
2.7973-3.0787	0.1734	144	0.1681	2725	100
3.0787-3.5238	0.1832	145	0.161	2767	100
3.5238-4.4382	0.1523	147	0.1499	2768	100
4.4382-34.958	0.2067	154	0.1827	2914	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7463	-0.4483	-0.1727	1.001	0.2088	0.7475	0.1172	0.1238	0.1545	-0.0489	-0.0694	-0.1073	-0.0126	0.0306	0.0128	0.1449	0.0045	0.0151	0.1399	0.0203	0.1046	3.393	-3.3538	-9.8986
2	0.3135	0.1366	-0.2236	0.0626	-0.0942	0.1553	0.1928	0.4262	-0.0136	-0.474	-0.1835	0.0114	-0.1217	-0.1363	0.0022	0.3074	0.0538	-0.0263	0.3637	-0.0164	0.1406	-2.9866	-6.2709	-24.2768
3	0.0081	0.0165	0.0117	0.0081	0.01	0.0222	0.263	-0.0394	0.0587	-0.038	-0.1049	0.1718	0.2082	-0.0374	-0	0.2778	0.0164	0.0282	0.3124	0.0866	0.2765	2.4789	3.5633	-16.5502
4	0.0748	-0.1167	0.0345	0.6072	-0.423	0.3443	0.0232	0.1423	-0.1057	-0.3495	-0.0359	0.1835	0.3686	-0.3976	0.3509	0.3358	0.0194	-0.0393	0.3892	-0.1335	0.1686	3.2901	-22.0235	-25.8504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 138 through 494)	A	138 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'T' and resid 1 through 9)	T	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'P' and resid 1 through 5)	P	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 4)	D	1 - 4

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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