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- PDB-7ktc: DNA Polymerase Mu, 8-oxodGTP:Ct Product State Ternary Complex, 10... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ktc | ||||||||||||
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Title | DNA Polymerase Mu, 8-oxodGTP:Ct Product State Ternary Complex, 10 mM Mn2+ (120min) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | REPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Nucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jamsen, J.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide. Authors: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 147.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kssC ![]() 7kstC ![]() 7ksuC ![]() 7ksvC ![]() 7kswC ![]() 7ksxC ![]() 7ksyC ![]() 7kszC ![]() 7kt0C ![]() 7kt1C ![]() 7kt2C ![]() 7kt3C ![]() 7kt4C ![]() 7kt5C ![]() 7kt6C ![]() 7kt7C ![]() 7kt8C ![]() 7kt9C ![]() 7ktaC ![]() 7ktbC ![]() 7ktdC ![]() 7kteC ![]() 7ktfC ![]() 7ktgC ![]() 7kthC ![]() 7ktiC ![]() 7ktjC ![]() 7ktkC ![]() 7ktlC ![]() 7ktmC ![]() 7ktnC ![]() 4m04S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 40054.434 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 3 types, 3 molecules TPD
#2: DNA chain | Mass: 2716.787 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#3: DNA chain | Mass: 1536.036 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 7 types, 419 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/PPV.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-NA / | ||||||||||
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#6: Chemical | ChemComp-MN / #7: Chemical | ChemComp-EPE / | #8: Chemical | ChemComp-DTT / | #9: Chemical | ChemComp-PPV / | #10: Chemical | ChemComp-EDO / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.9 % / Mosaicity: 0.279 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 54399 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 319975 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4M04 Resolution: 1.653→35.02 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.34 Å2 / Biso mean: 18.2024 Å2 / Biso min: 3.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.653→35.02 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 4.3257 Å / Origin y: -4.5534 Å / Origin z: -13.6359 Å
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Refinement TLS group |
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