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- PDB-7kss: DNA Polymerase Mu, dGTP:Ct Pre-Catalytic Ground State Ternary Com... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kss | ||||||||||||
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Title | DNA Polymerase Mu, dGTP:Ct Pre-Catalytic Ground State Ternary Complex, 10 mM Ca2+ (20min) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | REPLICATION / Time-Lapse Crystallography / Oxidized Nucleotide Insertion / DNA Polymerase Mu / Double Strand Break Repair | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jamsen, J.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide. Authors: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 184.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kstC ![]() 7ksuC ![]() 7ksvC ![]() 7kswC ![]() 7ksxC ![]() 7ksyC ![]() 7kszC ![]() 7kt0C ![]() 7kt1C ![]() 7kt2C ![]() 7kt3C ![]() 7kt4C ![]() 7kt5C ![]() 7kt6C ![]() 7kt7C ![]() 7kt8C ![]() 7kt9C ![]() 7ktaC ![]() 7ktbC ![]() 7ktcC ![]() 7ktdC ![]() 7kteC ![]() 7ktfC ![]() 7ktgC ![]() 7kthC ![]() 7ktiC ![]() 7ktjC ![]() 7ktkC ![]() 7ktlC ![]() 7ktmC ![]() 7ktnC ![]() 4m04S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 40054.434 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 3 types, 3 molecules TPD
#2: DNA chain | Mass: 2716.787 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
---|---|
#3: DNA chain | Mass: 1190.830 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#4: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 398 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / | #8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Chemical | ChemComp-DGT / | #10: Chemical | ChemComp-EPE / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.19 % / Mosaicity: 0.349 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Aug 17, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 71579 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.203 / Χ2: 1.122 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 497661 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4M04 Resolution: 1.503→41.839 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68 Å2 / Biso mean: 26.204 Å2 / Biso min: 12.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.503→41.839 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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