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- PDB-7kt0: DNA Polymerase Mu, dGTP:At Ground State Ternary Complex, 50 mM Mg... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kt0 | ||||||||||||
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Title | DNA Polymerase Mu, dGTP:At Ground State Ternary Complex, 50 mM Mg2+ (60min) | ||||||||||||
![]() |
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![]() | REPLICATION/DNA / time-lapse crystallography / oxidized nucleotide insertion / DNA polymerase mu / double strand break repair / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Jamsen, J.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide. Authors: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 199 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 149.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7kssC ![]() 7kstC ![]() 7ksuC ![]() 7ksvC ![]() 7kswC ![]() 7ksxC ![]() 7ksyC ![]() 7kszC ![]() 7kt1C ![]() 7kt2C ![]() 7kt3C ![]() 7kt4C ![]() 7kt5C ![]() 7kt6C ![]() 7kt7C ![]() 7kt8C ![]() 7kt9C ![]() 7ktaC ![]() 7ktbC ![]() 7ktcC ![]() 7ktdC ![]() 7kteC ![]() 7ktfC ![]() 7ktgC ![]() 7kthC ![]() 7ktiC ![]() 7ktjC ![]() 7ktkC ![]() 7ktlC ![]() 7ktmC ![]() 7ktnC ![]() 4m04S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 40054.434 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 3 types, 3 molecules TPD
#2: DNA chain | Mass: 2740.812 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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#3: DNA chain | Mass: 1190.830 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#4: DNA chain | Mass: 1191.818 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
-Non-polymers , 8 types, 429 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DTT.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-DGT / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Chemical | ChemComp-DTT / | #11: Chemical | ChemComp-EPE / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % / Mosaicity: 0.177 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.36→50 Å / Num. obs: 97735 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 669543 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4M04 Resolution: 1.36→34.284 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.55 Å2 / Biso mean: 24.8486 Å2 / Biso min: 12.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.36→34.284 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 3.0526 Å / Origin y: -3.7205 Å / Origin z: -11.2719 Å
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Refinement TLS group |
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