PDB-7ksz: DNA Polymerase Mu, dGTP:At Pre-Catalytic Ground State Ternary Com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ksz

タイトル

DNA Polymerase Mu, dGTP:At Pre-Catalytic Ground State Ternary Complex, 10 mM Ca2+ (960min)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*A)-3')
DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

キーワード

REPLICATION/DNA / time-lapse crystallography / oxidized nucleotide insertion / DNA polymerase mu / double strand break repair / REPLICATION / REPLICATION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic hypermutation of immunoglobulin genes / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.417 Å

データ登録者

Jamsen, J.A. / Wilson, S.H.

資金援助

米国,

日本, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050158	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	Z01-ES050161	米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K16195	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Watching a double strand break repair polymerase insert a pro-mutagenic oxidized nucleotide.
著者: Jamsen, J.A. / Sassa, A. / Shock, D.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7ksz.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ksz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ksz_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ksz_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7ksz_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7ksz_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/7ksz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kssC 7kstC 7ksuC 7ksvC 7kswC 7ksxC 7ksyC 7kt0C 7kt1C 7kt2C 7kt3C 7kt4C 7kt5C 7kt6C 7kt7C 7kt8C 7kt9C 7ktaC 7ktbC 7ktcC 7ktdC 7kteC 7ktfC 7ktgC 7kthC 7ktiC 7ktjC 7ktkC 7ktlC 7ktmC 7ktnC 4m04S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kt0-d 7ksu-d 4m0a-d 7kta-d 6p1q-d 6vf9-d 6p1r-d 6p1v-d 5vzd-d 7kt8-d 5tyx-d 5vz8-d 5tyw-d 5twp-d 7kte-d 6ak9-d 6p1t-d 7kt5-d 7cod-d 7ksw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (15) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (15)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (4)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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クリスタリン (Crystallins)
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GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*TP*AP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*A)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

46.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.753, 68.778, 110.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / Pol Mu / Terminal transferase 分子量: 40054.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLM, polmu / プラスミド: pGEXM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP87, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPGPCPAPTPAPCPG)-3') 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPA)-3') 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 445分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#10: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.89 % / Mosaicity: 0.137 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 85-90mM HEPES pH 7.5, 17-18% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.417→50 Å / Num. obs: 86531 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.42-1.44	5.1	0.919	4279	0.648	0.44	1.021	1.059	100
1.44-1.47	5.5	0.764	4287	0.754	0.354	0.843	1.063	100
1.47-1.5	5.6	0.644	4258	0.818	0.294	0.709	1.09	99.8
1.5-1.53	5.6	0.513	4289	0.878	0.234	0.565	1.094	99.7
1.53-1.56	5.5	0.432	4252	0.9	0.199	0.477	1.1	99.9
1.56-1.6	5.4	0.359	4278	0.922	0.167	0.397	1.133	99.9
1.6-1.64	5.2	0.285	4273	0.948	0.136	0.316	1.159	99.8
1.64-1.68	4.8	0.233	4296	0.956	0.117	0.262	1.156	99.7
1.68-1.73	5.4	0.204	4300	0.973	0.096	0.225	1.137	100
1.73-1.79	5.8	0.181	4317	0.975	0.082	0.199	1.135	100
1.79-1.85	5.8	0.157	4285	0.981	0.071	0.173	1.134	100
1.85-1.93	5.7	0.134	4321	0.983	0.061	0.147	1.13	100
1.93-2.01	5.6	0.119	4304	0.985	0.055	0.132	1.086	100
2.01-2.12	5.5	0.106	4346	0.986	0.05	0.117	1.087	100
2.12-2.25	5.2	0.095	4296	0.987	0.046	0.106	1.078	99.6
2.25-2.43	4.8	0.084	4356	0.987	0.042	0.094	1.039	99.8
2.43-2.67	6	0.087	4369	0.988	0.039	0.095	1.006	100
2.67-3.06	5.9	0.085	4409	0.989	0.038	0.094	0.986	100
3.06-3.85	5.6	0.082	4429	0.988	0.039	0.091	1	99.9
3.85-50	5.1	0.081	4587	0.986	0.04	0.091	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2-3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4M04

4m04

解像度: 1.417→32.826 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1747	4328	5.01 %
R_work	0.1573	82125	-
obs	0.1582	86453	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.15 Å² / B_iso mean: 21.6426 Å² / B_iso min: 7.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.417→32.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2533	344	63	444	3384
B_iso mean	-	-	31.69	32.87	-
残基数	-	-	-	-	342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3261
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	4525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.371	1231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	528

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.4173-1.4334	0.31	134	0.2845	2553	93
1.4334-1.4503	0.2744	141	0.2386	2685	100
1.4503-1.468	0.2446	146	0.2238	2743	100
1.468-1.4865	0.2343	142	0.214	2699	100
1.4865-1.5061	0.2378	142	0.2035	2697	100
1.5061-1.5267	0.2381	143	0.1926	2725	100
1.5267-1.5485	0.2189	143	0.1917	2727	100
1.5485-1.5717	0.2106	144	0.1747	2719	100
1.5717-1.5962	0.2058	142	0.1721	2689	100
1.5962-1.6224	0.1876	144	0.1639	2737	100
1.6224-1.6504	0.1863	142	0.1589	2692	100
1.6504-1.6804	0.1652	143	0.1482	2732	100
1.6804-1.7127	0.181	144	0.1532	2723	100
1.7127-1.7476	0.1606	143	0.1497	2721	100
1.7476-1.7856	0.1887	144	0.1505	2738	100
1.7856-1.8272	0.1671	144	0.1489	2724	100
1.8272-1.8729	0.1586	143	0.1492	2726	100
1.8729-1.9235	0.1597	142	0.1505	2747	100
1.9235-1.9801	0.1824	142	0.1526	2741	100
1.9801-2.044	0.1853	149	0.152	2732	100
2.044-2.117	0.1575	147	0.1499	2754	100
2.117-2.2018	0.1688	142	0.1429	2744	100
2.2018-2.302	0.1515	148	0.1395	2736	99
2.302-2.4233	0.1518	143	0.1399	2746	100
2.4233-2.5751	0.1655	144	0.1439	2754	100
2.5751-2.7738	0.1641	149	0.1526	2795	100
2.7738-3.0527	0.1653	146	0.1562	2790	100
3.0527-3.494	0.165	147	0.1465	2804	100
3.494-4.4005	0.1376	148	0.1443	2807	99
4.4005-32.826	0.2194	157	0.1846	2945	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7292	-0.1447	0.2043	0.7559	-0.1335	0.9522	-0.0017	0.1355	-0.1332	-0.1036	-0.0443	-0.0861	0.1588	0.1772	0	0.1524	0.0365	-0.0012	0.1477	-0.0226	0.1372	12.1423	-18.8786	-14.3572
2	0.3225	0.013	0.0802	0.3065	0.3418	0.5588	0.0526	0.1191	0.1359	-0.1994	-0.0001	-0.2936	-0.1767	0.1446	0.0001	0.1735	-0.0105	0.0499	0.1911	0.0243	0.2098	17.9138	7.1341	-17.4724
3	1.2052	-0.0401	-0.148	1.4051	0.1209	0.6124	0.0286	0.0257	0.0853	0.0424	-0.0118	-0.0015	-0.021	-0.0298	0.0026	0.0701	0.0027	0.0031	0.0782	0.0082	0.0648	-5.4982	0.8477	-4.9824
4	0.1448	0.1211	0.0589	0.1012	0.0492	0.024	0.0618	0.2884	-0.0707	-0.6464	-0.1085	-0.0697	0.0247	-0.2771	0.0024	0.2978	0.036	-0.0058	0.26	-0.054	0.1322	-0.3828	-15.3189	-31.1424
5	0.0084	-0.0165	-0.0117	0.2108	0.0558	0.0223	0.0807	0.1518	0.035	-0.0859	-0.0902	0.1289	-0.0321	-0.0222	-0.003	0.1745	0.0023	-0.0137	0.2029	0.0143	0.1236	-5.0481	1.1254	-18.6964
6	0.0377	0.0038	0.0183	0.0395	0.0305	0.0299	0.1704	-0.1121	-0.0515	0.1402	-0.0179	0.1284	0.2633	0.0058	0	0.1947	-0.0217	-0.0032	0.1826	0.0237	0.1173	3.1555	5.4359	-17.9192
7	0.082	0.0235	-0.0225	0.4996	-0.3544	0.2518	0.0308	0.1155	-0.0423	-0.1889	0.0039	0.0317	0.2352	-0.1666	0.1439	0.2183	0.0033	-0.0203	0.2519	-0.0826	0.1144	3.2205	-21.8199	-25.7917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 138 through 228)	A	138 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 229 through 287)	A	229 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'A' and resid 288 through 494)	A	288 - 494
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'T' and resid 1 through 4)	T	1 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'T' and resid 5 through 9)	T	5 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'P' and resid 1 through 4)	P	1 - 4
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'D' and resid 1 through 4)	D	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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